Программное обеспечение SimBiology® расширяет вычислительную среду MATLAB® для анализа фармакокинетического (PK) модели использования данных. Программное обеспечение позволяет вам сделать следующее:
Создайте модели — Использование мастер типовой конструкции. Также расширьте любую модель с фармакодинамическим (PD) компоненты модели или создайте более высокие модели точности. См. Модель для получения дополнительной информации.
Подходящие данные — нелинейная Подгонка, модели смешанных эффектов к данным и оценка фиксированные и случайные эффекты или подгонка данные с помощью нелинейного метода наименьших квадратов. Для получения дополнительной информации смотрите, Анализируют Данные Используя Модели.
Сгенерируйте диагностические графики — Для получения дополнительной информации, смотрите, Анализируют Данные Используя Модели.
Программное обеспечение позволяет вам работать с различными образцовыми структурами, таким образом позволяя вам попробовать многоуровневые модели, чтобы видеть, какой приводит к лучшим результатам.
Можно импортировать табличные данные в рабочий стол SimBiology или рабочее пространство MATLAB. Поддерживаемыми типами файлов является .xls, .csv и .txt. Можно указать, что данные находятся в отформатированном файле NONMEM®. Процесс импорта интерпретирует столбцы согласно определениям NONMEM. Для получения дополнительной информации смотрите Импортирующие Данные.
С рабочего стола SimBiology можно отфильтровать необработанные данные, чтобы подавить выбросы, визуализировать данные с помощью общих графиков (таких как plot, semilog, scatter или stairs), и выполнить основной статистический анализ. Также можно использовать функции, чтобы обработать и визуализировать данные в командной строке. Для примера при импорте данных NONMEM смотрите, Импортируют Данные от NONMEM-файла-формата Используя Рабочий стол SimBiology.
SimBiology обеспечивает расширяемую среду моделирования. Можно сделать любое следующее:
Создайте модель PK с помощью мастера типовой конструкции, чтобы задать количество отсеков, пути введения и типа устранения.
Расширьте любую модель с фармакодинамическим (PD) компоненты модели или создайте более высокие модели точности.
Создайте или загрузите свой собственный SimBiology или модель SBML.
Для получения дополнительной информации смотрите то, Что Модель?.
Выполните и человека и подгонки генеральной совокупности к сгруппированным продольным данным:
Отдельная подгонка — Подходящие данные с помощью метода нелинейного метода наименьших квадратов, задайте преобразования параметра, оцените параметры и вычислите невязки и предполагаемую содействующую ковариационную матрицу. Для рабочего процесса командной строки смотрите Подходящий Рабочий процесс для sbiofit. Для рабочего стола SimBiology сочтите целесообразным Данные.
Подгонка генеральной совокупности — Подходящие данные, задайте преобразования параметра и оцените фиксированные эффекты и случайные источники изменения на параметрах с помощью нелинейных моделей смешанных эффектов. Для рабочего процесса командной строки смотрите Нелинейные Смешанные Эффекты Моделировать Рабочий процесс. Для рабочего стола сочтите целесообразным Данные.
Подгонка генеральной совокупности использование стохастического алгоритма — Подходящие данные, задайте преобразования параметра и оцените фиксированные эффекты и случайные источники изменения на параметрах, с помощью алгоритма Стохастической максимизации ожидания приближения (SAEM). SAEM более устойчив относительно начальных значений. Эта функциональность ослабляет предположение о постоянном ошибочном отклонении. Задайте nlmefitsa как имя функции оценки, когда вы запустите sbiofitmixed или в Подходящей задаче Данных рабочего стола.
Кроме того, можно включить опцию ProgressPlot, чтобы получить живую обратную связь на состоянии оценки параметра.
Следующие примеры показывают, как оценить фармакокинетические параметры в командной строке.
Для настольного примера смотрите Оценку Фармакокинетические Параметры Используя Рабочий стол SimBiology.
Подтверждения для данных в файле tobramycin.txt расположены в папке /matlab/toolbox/simbio/simbiodemos. Набор данных обеспечивается доктором Леоном Аэронсом (laarons@fs1.pa.man.ac.uk).
Данные в файле tobramycin.txt были загружены с веб-сайта Средства Ресурса для кинетики Генеральной совокупности (более не активный) http://depts.washington.edu/rfpk/service/datasets/index.html. Источник финансирования: NIH/NIBIB предоставляют P41-EB01975.
Исходный набор данных был изменен можно следующим образом:
Комментарии заголовка были удалены.
Файл был преобразован в разграниченный вкладкой формат.
Отсутствующие значения в столбце HT обозначались с "." вместо 100000000.000.
[1] Исходная Публикация: Aarons L, Vozeh S, Wenk M, Вайс П и Фоллэт Ф. “Фармакокинетика генеральной совокупности tobramycin”. Бром J Clin Фармакол. 1 989 сентябрей; 28 (3):305–14.