mapcaplot
Создайте график Анализа главных компонентов (PCA) данных микромассивов
Описание
mapcaplot( создает 2D графики рассеивания основных компонентов data)data. Если вы строите основные компоненты, вы можете:
Выберите основные компоненты для x, и оси y от выпадающего описывают ниже каждый график рассеивания.
Кликните по точке данных, чтобы отобразить ее метку.
Выберите подмножество точек данных путем перетаскивания поля вокруг них. Точки в выбранной области и соответствующие точки в других осях затем подсвечены. Метки выбранных точек данных появляются в поле списка.
Выберите метку в поле списка, чтобы подсветить соответствующую точку данных в графике. Нажмите и содержите Ctrl или Shift, чтобы выбрать несколько точек данных.
Экспортируйте генные метки и индексы к рабочей области MATLAB®.
Примеры
Создайте график PCA микроданных массива
Создайте график PCA визуализировать гены, включенные во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания дрожжей (Saccharomyces cerevisiae).
Загрузите файл данных, который содержит отфильтрованные микроданные массива дрожжей. Данные прибывают из эксперимента (DeRisi и др., 1997), который использовал микромассивы ДНК, чтобы изучить временную экспрессию гена этих генов. Уровни экспрессии были измерены в семи моментах времени во время сдвига diauxic.
load filteredyeastdataЭтот MAT-файл включает три переменные:
yeastvalues — Матрица A данных об экспрессии гена из Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации до дыхания
genes — Массив ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues
\times Вектор временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues
Выполните PCA на данных о выражении и постройте результат.
mapcaplot(yeastvalues, genes)
Выберите подмножество точек данных путем перетаскивания поля вокруг них. Точки данных подсвечены, и их соответствующие метки появляются в Selected Data. Можно затем экспортировать выбранные данные в рабочую область путем выбора Export.
Входные параметры
Ссылки
[1] DeRisi, J.L., Iyer, V.R., и Браун, отделение связи (1997). Исследование метаболического и генетического управления экспрессии гена по геномной шкале. Наука 278, 680–686s.
Смотрите также
clustergram | mattest | mavolcanoplot | pca