Анализ выражения

Идентифицируйте, визуализируйте и классифицируйте дифференцированно выраженные гены и профили выражения

Функции

mattestВыполните 2D демонстрационный t-тест, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов от двух экспериментальных условий или фенотипов
mafdrОцените положительный ложный уровень открытия для нескольких тестирование гипотезы
mavolcanoplotСоздайте значение по сравнению с отношением экспрессии гена (изменение сгиба) график рассеивания данных микромассивов
mairplotСоздайте интенсивность по сравнению с графиком рассеивания отношения данных микромассивов
maboxplotСоздайте диаграмму для микроданных массива
maloglogСоздайте loglog график микроданных массива
mapcaplotСоздайте график Анализа главных компонентов (PCA) микроданных массива
nbintestНепарный тест гипотезы для данных о количестве с размерами небольшой выборки
redbluecmapСоздайте красно-синюю палитру
redgreencmapСоздайте красно-зеленую палитру
probesetplotПостройте зонд Affymetrix установленные значения интенсивности
metafeaturesМетагенный алгоритм аттрактора для разработки функции использование взаимного информационно-основанного изучения
rankfeaturesОцените ключевые возможности по критериям отделимости класса
randfeaturesСгенерируйте рандомизированное подмножество функций
knnimputeПрипишите недостающие данные с помощью метода ближайшего соседа
crossvalindСгенерируйте индексы для наборов обучающих данных и наборов тестов
classperfОцените производительность классификатора

Классы

DataMatrixОбъект Create DataMatrix
DataMatrix objectСтруктура информации, описывающей данные и метаданные, полученные от экспериментов с микромассивом, таким образом, что она может быть проиндексирована относительно генных идентификаторов, идентификаторов проб и образцов
bioma.ExpressionSetСодержите данные из эксперимента экспрессии гена микромассивов
bioma.data.ExptDataСодержите значения данных из эксперимента микромассивов
bioma.data.MetaDataСодержите метаданные из эксперимента микромассивов
bioma.data.MIAMEСодержите информацию об эксперименте из эксперимента экспрессии гена микромассивов
NegativeBinomialTestНепарный результат испытаний гипотезы
HeatMapОбъект, содержащий матрицу и тепловую карту, отображает свойства
clustergramОбъект, содержащий иерархические аналитические данные о кластеризации

Темы

Данные об экспрессии гена управления в объектах

Обзор объектов для Данных об Экспрессии гена Микромассивов

Представление значений данных выражения в объектах DataMatrix

Создайте объекты DataMatrix, получите и установите свойства и данные о доступе.

Представление значений данных выражения в объектах ExptData

Создайте объекты ExptData, используйте свойства и методы и данные о доступе.

Представление метаданных выборки и функции в объектах MetaData

Создайте объекты MetaData, используйте свойства и методы и данные о доступе.

Представление информации об эксперименте в объекте MIAME

Создайте объекты MIAME, используйте свойства и методы и данные о доступе.

Представление всех данных в объекте ExpressionSet

Создайте объекты ExpressionSet, используйте свойства и методы и данные о доступе.

Аналитические инструменты микроданных массива

Среда MATLAB® широко используется в анализе микроданных массива, включая чтение, фильтрацию, нормализацию и визуализацию микроданных массива.

Статистическое изучение и визуализация

Можно классифицировать и идентифицировать функции в наборах данных, настроить эксперименты перекрестной проверки и сравнить различные методы классификации.

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте