proteinpropplot

Постройте свойства последовательности аминокислот

Синтаксис

proteinpropplot (SeqAA)
proteinpropplot(SeqAA, ...'PropertyTitle', PropertyTitleValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA, ...'Startat', StartatValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA, ...'Endat', EndatValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA, ...'Smoothing', SmoothingValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA, ...'EdgeWeight', EdgeWeightValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA, ...'WindowLength', WindowLengthValue, ...)

Аргументы

SeqAA Последовательность аминокислот. Введите любое следующее:

  • Вектор символов или буквы строки, содержащей, представляющие аминокислоту

  • Вектор целых чисел, представляющих аминокислоту, такой, как возвращено aa2int

  • Структура, содержащая Sequence поле, которое содержит последовательность аминокислот, такой, как возвращено getembl, getgenpept, или getpdb

PropertyTitleValueВектор символов или строка, которая задает свойство построить. Значением по умолчанию является Hydrophobicity (Kyte & Doolittle). Чтобы отобразить список свойств построить, введите пустой символьный вектор или пустую строку для PropertyTitleValue. Например, тип:
proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '')

Совет

К ссылкам доступа для свойств просмотрите proteinpropplot файл.

StartatValueЦелое число, которое задает начальную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA. Значением по умолчанию является 1.
EndatValueЦелое число, которое задает конечную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA. Значением по умолчанию является длина (SeqAA).
SmoothingValueВектор символов или строка задавание метода сглаживания. Выбор:

  • linear (значение по умолчанию)

  • exponential

  • lowess

EdgeWeightValueЗначение, которое задает вес ребра, используемый в методах линейного и экспоненциального сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks в графике. Выбором является любое значение ≥0 и ≤1. Значением по умолчанию является 1.
WindowLengthValueЦелое число, которое задает длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более сглаженный график, который показывает меньше детали. Значением по умолчанию является 11.

Описание

proteinpropplot (SeqAA) отображает график гидрофобности (Kyte и Doolittle, 1982) остатков в последовательности SeqAA.

proteinpropplot (SeqAAPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы proteinpropplot с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

proteinpropplot(SeqAA, ...'PropertyTitle', PropertyTitleValue, ...) задает свойство построить для последовательности аминокислот SeqAA. Значением по умолчанию является Hydrophobicity (Kyte & Doolittle). Чтобы отобразить список возможных свойств построить, введите пустой символьный вектор или пустую строку для PropertyTitleValue. Например, тип:

proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '')

Совет

К ссылкам доступа для свойств просмотрите proteinpropplot файл.

proteinpropplot(SeqAA, ...'Startat', StartatValue, ...) задает начальную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA. Значением по умолчанию является 1.

proteinpropplot(SeqAA, ...'Endat', EndatValue, ...) задает конечную точку для графика от конца N-терминала последовательности аминокислот SeqAA. Значением по умолчанию является длина (SeqAA).

proteinpropplot(SeqAA, ...'Smoothing', SmoothingValue, ...) задает метод сглаживания. Выбор:

  • linear (значение по умолчанию)

  • exponential

  • lowess

proteinpropplot(SeqAA, ...'EdgeWeight', EdgeWeightValue, ...) задает вес ребра, используемый в методах линейного и экспоненциального сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks в графике. Выбором является любое значение ≥0 и ≤1. Значением по умолчанию является 1.

proteinpropplot(SeqAA, ...'WindowLength', WindowLengthValue, ...) задает длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более сглаженный график, который показывает меньше детали. Значением по умолчанию является 11.

Примеры

Пример 67. Графический вывод гидрофобности

  1. Используйте getpdb функция, чтобы получить последовательность белка.

    prion = getpdb('1HJM', 'SEQUENCEONLY', true);

  2. Постройте гидрофобность (Kyte и Doolittle, 1982) остатков в последовательности.

    proteinpropplot(prion)

Пример 68. Графический вывод параллельной бета скрутки

  1. Используйте getgenpept функция, чтобы получить последовательность белка.

    s = getgenpept('aad50640');

  2. Постройте конформационную настройку параллельной бета скрутке для остатков в последовательности.

    proteinpropplot(s,'propertytitle','Parallel beta strand')

Ссылки

[1] Живот, J., и Doolittle, R.F. (1982). Простой метод для отображения символа водолечебницы белка. J молекулярная масса Biol 157 (1), 105–132.

Смотрите также

| | | | | | | |

Представленный в R2007a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте