KineticLaw object

Кинетическая информация о законе для реакции

Описание

Кинетический объект закона содержит информацию об абстрактном кинетическом законе, применился к реакции и обеспечивает шаблон для скорости реакции. В модели программное обеспечение SimBiology^® использует информацию, которую вы предоставляете в полностью заданном кинетическом объекте закона определить ReactionRate свойство в объекте реакции.

Когда вы сначала создаете кинетический объект закона, необходимо задать имя абстрактного кинетического закона, чтобы использовать. Программное обеспечение SimBiology заполняет KineticLawName свойство и Expression свойство в кинетическом законе возражает с именем абстрактного кинетического закона, который вы задали и математическое выражение соответственно. Программное обеспечение также заполняет ParameterVariables свойство и SpeciesVariables свойство кинетического закона возражает со значениями, найденными в соответствующих свойствах абстрактного кинетического объекта закона.

Чтобы получить скорость реакции, необходимо полностью задать кинетический объект закона:

В ParameterVariableNames свойство, задайте параметры из модели, которой вы хотите заменить в выражении (Expression свойство.
В SpeciesVariableNames свойство, задайте разновидности из модели, которой вы хотите заменить в выражении.
Программное обеспечение SimBiology занимает место в выражении, именах переменных параметра и переменных разновидностей в порядке, заданном в ParameterVariables и SpeciesVariables свойства соответственно.
Программное обеспечение затем показывает подставленное выражение скоростью реакции в ReactionRate свойство объекта реакции. Если кинетический объект закона не полностью задан, ReactionRate свойство остается ' ' пустой.

Для ссылок на кинетические страницы с описанием свойства объекта закона см. Сводные данные Свойства.

Свойства задают характеристики объекта. Используйте get и set команды к свойствам объекта списка и изменению их значения в командной строке. Можно в интерактивном режиме изменить свойства объектов в приложении SimBiology Model Builder.

Для объяснения того, как соответствующие свойства относятся друг к другу, смотрите Командную строку.

Следующие разделы используют кинетический пример закона, чтобы показать, как можно полностью задать кинетический объект закона получить скорость реакции в приложении SimBiology Model Builder и в командной строке.

Henri-Михаэлис-Ментен кинетический закон описывается можно следующим образом:

$V_{m} * S / (K_{m} + S)$

В программном обеспечении SimBiology Henri-Michaelis-Menten встроенный абстрактный кинетический закон, где _Vm и _Km заданы в ParameterVariables свойство абстрактного кинетического объекта закона и S задан в SpeciesVariables свойство абстрактного кинетического объекта закона.

Приложение SimBiology Model Builder

Чтобы полностью задать кинетический закон в приложении, задайте имена переменных разновидностей и переменных параметра, которые участвуют в скорости реакции. Для примера смотрите, Добавляют и Конфигурируют Реакции.

Командная строка

Чтобы полностью задать кинетический объект закона в командной строке, задайте имена параметров в ParameterVariableNames свойство кинетического объекта закона, и задает имена разновидностей в SpeciesVariableNames свойство кинетического объекта закона. Например, чтобы применить Henri-Michaelis-Menten абстрактный кинетический закон к реакции

  A -> B
  where Vm = Va, Km = Ka
  and S = A

Задайте Va и Ka в ParameterVariableNames свойство заменить переменными, которые находятся в ParameterVariables свойство (Vm и Km). Задайте A в SpeciesVariableName свойство, которое будет использоваться, чтобы заменить переменной разновидностей в SpeciesVariables свойство (S). Задайте порядок параметров модели, которые будут использоваться для замены в том же порядке, что переменные параметра перечислены в ParameterVariables свойство. Точно так же задайте порядок разновидностей, если больше чем одна переменная разновидностей представлена.

% Find the order of the parameter variables 
% in the kinetic law expression. 

get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')

ans = 

    'Vm'    'Km'

% Find the species variable in the
% kinetic law expression

get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans = 

    'S'

% Specify the parameters and species variables 
% to be used in the substitution. 
% Remember to specify order, for example Vm = Va 
% Vm is listed first in 'ParameterVariables', 
% therefore list Va first in 'ParameterVariableNames'.

set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});

Уравнение скорости присвоено в объекте реакции можно следующим образом:

$Va*A/(Ka + A)$

Для подробной процедуры смотрите Примеры.

Следующая таблица обобщает отношения между свойствами в абстрактном кинетическом объекте закона и кинетическом объекте закона в контексте вышеупомянутого примера.

Свойство	Цель свойства	Абстрактный кинетический объект закона	Кинетический объект закона
`Name` (абстрактный кинетический объект закона) `KineticLawName` (кинетический объект закона)	Имя абстрактного кинетического закона применилось к реакции. Например: Henri-Michaelis -Menten	Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.	Только для чтения
`Expression`	Математическое выражение раньше определяло уравнение скорости реакции. Например: $V_{m} * S / (K_{m} + S)$	Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.	Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции.
`ParameterVariables`	Переменные в `Expression` это - параметры. Например: Vm and Km	Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.	Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции.
`SpeciesVariables`	Переменные в `Expression` это - разновидности. Например: S	Только для чтения для встроенного абстрактного кинетического закона. Определенный пользователями для пользовательского абстрактного кинетического закона.	Только для чтения; зависит от абстрактного кинетического закона, применился к реакции.
`ParameterVariableNames`	Переменные в `ReactionRate` это - параметры. Например: Va and Ka	Не применяется	Задайте эти переменные, соответствующие `ParameterVariables`.
`SpeciesVariablesNames`	Переменные в `ReactionRate` это - разновидности. Например: A	Не применяется	Задайте эти переменные, соответствующие `SpeciesVariables`.

Сводные данные конструктора

addkineticlaw (реакция)

Создайте кинетический закон, возражают и добавляют к объекту реакции

Сводные данные метода

addparameter (модель, kineticlaw)	Создайте объект параметра и добавьте к или кинетическому объекту закона модели
copyobj	Скопируйте объект SimBiology и его дочерние элементы
delete	Объект Delete SimBiology
display	Отобразите сводные данные объекта SimBiology
get	Получите свойства объектов SimBiology
getparameters (kineticlaw)	Получите определенные параметры в кинетическом объекте закона
getspecies (kineticlaw)	Получите определенные разновидности в кинетическом объекте закона
rename	Переименуйте выражения обновления и объект
переупорядочивание (модель, отсек, кинетический закон)	Переупорядочьте списки компонента
set	Установите свойства объектов SimBiology
setparameter (kineticlaw)	Задайте определенные параметры в кинетическом объекте закона
setspecies (kineticlaw)	Задайте разновидности в кинетическом объекте закона

Сводные данные свойства

Expression (AbstractKineticLaw, KineticLaw)	Выражение, чтобы определить уравнение скорости реакции
KineticLawName	Имя кинетического закона применилось к реакции
Name	Задайте имя объекта
Notes	Текст HTML, описывающий объект SimBiology
ParameterVariableNames	Массив ячеек параметров скорости реакции
ParameterVariables	Параметры в кинетическом определении закона
Parameters	Массив объектов параметра
Parent	Укажите на родительский объект
SpeciesVariableNames	Массив ячеек разновидностей в уравнении скорости реакции
SpeciesVariables	Разновидности в абстрактном кинетическом законе
Tag	Задайте метку для объекта SimBiology
Type	Отобразите тип объекта SimBiology
UserData	Задайте данные, чтобы сопоставить с объектом

Примеры

В этом примере показано, как задать скорость реакции для реакции.

Создайте объект модели и добавьте объект реакции в модель.
```
modelObj = sbiomodel ('my_model');
reactionObj = addreaction (modelObj, 'A -> B');
```
Задайте кинетический закон для объекта реакции.
```
kineticlawObj = addkineticlaw(reactionObj, 'Henri-Michaelis-Menten');
```
Запросите параметры и переменные разновидностей, заданные в кинетическом законе.
```
get(kineticlawObj, 'ParameterVariables')

ans = 

    'Vm'    'Km'

get(kineticlawObj, 'SpeciesVariables')
ans = 

    'S'
```
Задайте Va и Ka как ParameterVariableNames, которые соответствуют ParameterVariables Vm и Km. Чтобы установить эти переменные, сначала создайте переменные параметра как объекты параметра (parameterObj1, parameterObj2) с именами Va и Ka, и затем добавьте их в kineticlawObj. Разновидности возражают с Name A создается когда reactionObj создается и не должен быть переопределен.
```
parameterObj1 = addparameter(kineticlawObj, 'Va');
parameterObj2 = addparameter(kineticlawObj, 'Ka');
```
Установите имена переменных для кинетического объекта закона.
```
set(kineticlawObj,'ParameterVariableNames', {'Va' 'Ka'});
set(kineticlawObj,'SpeciesVariableNames', {'A'});
```
Проверьте, что скорость реакции описывается правильно в объекте ReactionRate реакции свойство.
```
get (reactionObj, 'ReactionRate')
```
MATLAB^® возвращается:
```
ans =

Va*A/(Ka+A)
```

Свойство SimBiology Expression (AbstractKineticLaw, KineticLaw)

Представленный в R2006b

Документация