Преобразуйте последовательность нуклеотида от буквы до целочисленного представления
SeqInt
= nt2int(SeqChar
)
SeqInt
= nt2int(SeqChar
,
...'Unknown', UnknownValue
, ...)
SeqInt
= nt2int(SeqChar
,
...'ACGTOnly', ACGTOnlyValue
, ...)
SeqChar | Одно из следующего:
|
UnknownValue | Целое число, чтобы представлять неизвестные нуклеотиды. Выбором являются целые числа ≥ 0 и ≤ 255 . Значением по умолчанию является 0 . |
ACGTOnlyValue | Управляет запретом на неоднозначные нуклеотиды. Выбором является true или false (значение по умолчанию). Если ACGTOnlyValue true , можно ввести только символы A C G T , и U . |
SeqInt | Последовательность нуклеотида задана вектором-строкой из целых чисел. |
преобразует SeqInt
= nt2int(SeqChar
)SeqChar
, вектор символов или строка, задающая последовательность нуклеотида, к SeqInt
, вектор-строка из целых чисел, задающих ту же последовательность нуклеотида. Для допустимых кодов см. таблицу Mapping Nucleotide Letter Codes to Integers. Неизвестные символы (символы не в таблице) сопоставлены с 0
. Разрывы, представленные дефисами, сопоставлены с 16
.
вызовы SeqInt
= nt2int (SeqChar
PropertyName
', PropertyValue
, ...)nt2int
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает целое число, чтобы представлять неизвестные нуклеотиды. SeqInt
= nt2int(SeqChar
,
...'Unknown', UnknownValue
, ...)UnknownValue
может быть целое число ≥ 0
и ≤ 255
. Значением по умолчанию является 0
.
управляет запретом на неоднозначные нуклеотиды (SeqInt
= nt2int(SeqChar
,
...'ACGTOnly', ACGTOnlyValue
, ...)N
R
Y
K
M
S
W
B
D
H
, и V
). Выбором является true
или false
(значение по умолчанию). Если ACGTOnlyValue
true
, можно ввести только символы A
C
G
T
, и U
.
Отображение алфавитных кодов нуклеотида к Целым числам
Нуклеотид | Код | Целое число |
---|---|---|
Аденозин | A | 1
|
Цитидин | C | 2
|
Гуанин | G | 3
|
Тимидин | T | 4
|
Уридин (если 'Alphabet' установите на 'RNA' ) | U | 4
|
Пурин (A или G ) | R | 5
|
Пиримидин (T или C ) | Y | 6
|
Keto (G или T ) | K | 7
|
Аминопласт (A или C ) | M | 8
|
Сильное взаимодействие (3 связи H) (G или C ) | S | 9
|
Слабое взаимодействие (2 связи H) (A или T ) | W | 10
|
Не A C или G или T ) | B | 11
|
Не C A или G или T ) | D | 12
|
Не G A или C или T ) | H | 13
|
Не T или U A или C или G ) | V | 14
|
Любой нуклеотид (A или C или G или T или U ) | N | 15
|
Разрыв неопределенной длины | - | 16
|
Неизвестный (любой символ не в таблице) | * | 0 (значение по умолчанию) |
Преобразуйте последовательность нуклеотида от букв до целых чисел.
s = nt2int('ACTGCTAGC')
s =
1 2 4 3 2 4 1 3 2
Создайте случайный вектор символов, чтобы представлять последовательность нуклеотида.
SeqChar = randseq(20) SeqChar = TTATGACGTTATTCTACTTT
Преобразуйте последовательность нуклеотида от буквы до целочисленного представления.
SeqInt = nt2int(SeqChar) SeqInt = Columns 1 through 13 4 4 1 4 3 1 2 3 4 4 1 4 4 Columns 14 through 20 2 4 1 2 4 4 4
aa2int
| baselookup
| int2aa
| int2nt