Считайте данные из файла FASTA
FASTAData
= fastaread(File
)
[Header
, Sequence
]
= fastaread(File
)
... = fastaread(File
,
...'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue
, ...)
... = fastaread(File
, ...'Blockread', BlockreadValue
,
...)
... = fastaread(File
, ...'TrimHeaders', TrimHeadersValue
,
...)
... = fastaread(File
, ...'TimeOut', TimeOutValue
,
...)
File | Любое из следующего:
|
IgnoreGapsValue | Управляет удалением символов разрыва. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
BlockreadValue | Скаляр или вектор, который управляет чтением одной записи последовательности или блоком записей последовательности из FASTA-отформатированного файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярный N считать N запись th в файле. Введите вектор 1 на 2 [ считать блок записей, запускающихся в M1 запись и заканчивающийся в M2 запись. Считать все остающиеся записи в файле, запускающемся в M1 запись, введите положительное значение для M1 и введите Inf для M2 . |
TrimHeadersValue | Задает, обрезать ли заголовок после первого пробельного символа. Пробельные символы включают пробел (char (32)) и вкладка (char (9)). Выбором является |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
FASTAData | Структура MATLAB с полями Header и Sequence . |
fastaread
считывает данные из FASTA-отформатированного файла в структуру MATLAB со следующими полями.
Поле | Описание |
---|---|
Header | Информация о заголовке. |
Sequence | Одно представление алфавитного кода последовательности нуклеотида. |
FASTA-отформатированный файл начинается с правой угловой скобки (>
) и однострочное описание. После этого описания последовательность как серия линий с меньше, чем 80
'characters'. Последовательности должны использовать стандартную аминокислоту IUB/IUPAC и алфавитные коды нуклеотида.
Для списка кодов смотрите aminolookup
и baselookup
.
читает FASTA-отформатированный файл и возвращает данные в структуре. FASTAData
= fastaread(File
)
информация о заголовке, в то время как FASTAData
.Header
последовательность, сохраненная как вектор символов или строка.FASTAData
.Sequence
[
считывает данные из файла в отдельные переменные. Если файл содержит несколько последовательностей, то Header
, Sequence
]
= fastaread(File
)Header
и Sequence
массивы ячеек информации о последовательности и заголовка.
... = fastaread (
вызовы File
PropertyName
', PropertyValue
, ...)fastaread
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Имя свойства / пары значения может быть в любом формате, поддержанном функциональным set
(например, пары "имя-значение" и структуры). Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
... = fastaread(
, когда File
,
...'IgnoreGaps', IgnoreGapsValue
, ...)IgnoreGapsValue
true
, удаляет любой символ разрыва ('-'
или '.'
) от последовательностей. Значением по умолчанию является false
.
... = fastaread(
позволяет вам читать в одной записи последовательности или блоке записей последовательности из файла, содержащего несколько последовательностей. Если File
, ...'Blockread', BlockreadValue
,
...)BlockreadValue
скалярный N
, затем fastaread
читает N
запись th в файле. Если BlockreadValue
вектор 1 на 2 [M1, M2
], затем fastaread
читает блок записей, запускающихся в M1
запись и заканчивающийся в M2
запись. Считать все остающиеся записи в файле, запускающемся в M1
запись, введите положительное значение для M1
и введите Inf
для M2
.
... = fastaread(
задает, обрезать ли заголовок к первому пробелу. File
, ...'TrimHeaders', TrimHeadersValue
,
...)
... = fastaread(
задает тайм-аут связи (в секундах), чтобы считать данные из удаленного файла или URL.File
, ...'TimeOut', TimeOutValue
,
...)
aminolookup
| baselookup
| BioIndexedFile
| emblread
| fastainfo
| fastawrite
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| genbankread
| genpeptread
| multialignread
| saminfo
| samread
| seqprofile
| seqviewer
| sffinfo
| sffread