bioma.ExpressionSet class

Пакет: биом
Суперклассы:

Содержите данные из эксперимента экспрессии гена микромассивов

Описание

Класс ExpressionSet спроектирован, чтобы содержать данные из эксперимента экспрессии гена микромассивов, включая значения выражения, выборку и метаданные функции и информацию об экспериментальных методах и условиях. Это обеспечивает удобный способ хранить сопутствующую информацию об эксперименте экспрессии гена микромассивов в одной структуре данных (объект). Это также позволяет вам справиться и подмножество данные.

Класс ExpressionSet включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и данные об изменении, метаданные и другая информация об эксперименте экспрессии гена микромассивов. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных.

Конструкция

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(Data) создает объект ExpressionSet, от Data, числовая матрица, объект DataMatrix или объект ExptData, который содержит один или несколько объектов DataMatrix с теми же размерностями, именами строки и именами столбцов.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(Data, {DMobj1, Name1}, {DMobj2, Name2}, ...) создает объект ExpressionSet, от Data, и дополнительный DataMatrix возражает с заданными именами элементов. Все объекты DataMatrix должны иметь те же размерности, имена строки и имена столбцов.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций в виде имени свойства / пары значения свойства.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'SData', SDataValue) включает объект MetaData, содержащий демонстрационные метаданные в объекте ExpressionSet.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'FData', FDataValue) включает объект MetaData, содержащий метаданные микрофункции массива в объекте ExpressionSet.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'EInfo', EInfoValue) включает объект MIAME, который содержит информацию об эксперименте в объекте ExpressionSet.

Входные параметры

Data

Любое следующее:

Числовая матрица
Объект DataMatrix
Объект ExptData, который содержит один или несколько объектов DataMatrix, имеющих те же размерности

Если вы обеспечиваете объект DataMatrix, bioma.ExpressionSet создает объект ExptData из него и называет объект DataMatrix Expressions. Если вы обеспечиваете объект ExptData, bioma.ExpressionSet переименовывает первый объект DataMatrix в объекте ExptData к Expressions, если другой объект DataMatrix в объекте ExptData уже не называют Expressions.

DMobj#

Имя переменной объекта DataMatrix. Каждый объект DataMatrix должен иметь те же размерности как Data.

Name#

Вектор символов или строка, задающая имя элемента для соответствующего объекта DataMatrix. Каждый объект DataMatrix в объекте ExpressionSet имеет имя элемента. По крайней мере один объект DataMatrix в объекте ExpressionSet имеет имя элемента Expressions. По умолчанию это - первый объект DataMatrix.

SDataValue

Имя переменной объекта MetaData, содержащего демонстрационные метаданные для эксперимента. Имя переменной должно существовать в MATLAB^® Workspace.

FDataValue

Имя переменной объекта MetaData, содержащего метаданные микрофункции массива для эксперимента. Имя переменной должно существовать в рабочем пространстве MATLAB.

EInfoValue

Имя переменной объекта MIAME, который содержит информацию о методах эксперимента и условиях. Имя переменной должно существовать в рабочем пространстве MATLAB.

Свойства

NElements

Число элементов в эксперименте

Положительное целое число, задающее число элементов (объекты DataMatrix) в данных об эксперименте. Это значение эквивалентно количеству объектов DataMatrix в объекте ExperimentSet. Эта информация только для чтения.

Атрибуты:

SetAccess private

NFeatures

Количество функций в эксперименте

Положительное целое число, задающее количество функций в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в каждом объекте DataMatrix в объекте ExperimentSet. Эта информация только для чтения.

Атрибуты:

SetAccess private

NSamples

Количество выборок в эксперименте

Положительное целое число, задающее количество выборок в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в каждом объекте DataMatrix в объекте ExperimentSet. Эта информация только для чтения.

Атрибуты:

SetAccess private

Методы

краткий обзор	Получите или установите абстрактный эксперимент описания в объекте ExpressionSet
elementData	Получите или установите элемент данных (объект DataMatrix) в объекте ExpressionSet
elementNames	Получите или имена элемента набора объектов DataMatrix в объекте ExpressionSet
exprWrite	Напишите значения выражения в объекте ExpressionSet к текстовому файлу
выражения	Получите или установите `Expressions` Объект DataMatrix от объекта ExpressionSet
exptData	Получите или установите данные об эксперименте в объекте ExpressionSet
exptInfo	Получите или установите информацию об эксперименте в объекте ExpressionSet
featureData	Получите или установите метаданные функции в объекте ExpressionSet
featureNames	Получите или определите имена функции в объекте ExpressionSet
featureVarDesc	Получите или установите описания переменной функции в объекте ExpressionSet
featureVarNames	Получите или установите имена переменных функции в объекте ExpressionSet
featureVarValues	Получите или установите значения данных переменной функции в объекте ExpressionSet
pubMedID	Получите или установите идентификаторы PubMed в объекте ExpressionSet
sampleData	Получите или установите демонстрационные метаданные в объекте ExpressionSet
sampleNames	Получите или определите демонстрационные имена в объекте ExpressionSet
sampleVarDesc	Получите или установите демонстрационные описания переменной в объекте ExpressionSet
sampleVarNames	Получите или установите демонстрационные имена переменных в объекте ExpressionSet
sampleVarValues	Получите или установите демонстрационные значения переменных в объекте ExpressionSet
размер	Возвратите размер объекта ExpressionSet

Иерархия экземпляра

Объект ExpressionSet содержит объект ExptData, два объекта MetaData и объект MIAME. Эти объекты могут быть пустыми.

Атрибуты

Чтобы узнать об атрибутах классов, см. Атрибуты класса.

Копировать семантику

Значение. Чтобы изучить, как это влияет на ваше использование класса, смотрите Копирование Объектов.

Индексация

Объекты ExpressionSet поддерживают 2D круглую скобку () индексирующий, чтобы извлечь, присвоить, и удалить данные.

Объекты ExpressionSet не поддерживают:

Точка. индексация
Изогнутая фигурная скобка {} индексация
Линейная индексация

Примеры

свернуть все

Создайте объект ExpressionSet

В этом примере показано, как создать объект ExpressionSet. mouseExprsData.txt файл, используемый в этом примере, содержит данные Hovatta и др., 2005.

Импортируйте bioma.data пакет, чтобы сделать функцию конструктора доступной.

import bioma.data.*

Создайте объект DataMatrix из .txt файла, содержащего значения выражения из эксперимента микромассивов.

dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');

Создайте объект ExptData.

EDObj = ExptData(dmObj)

EDObj = 

Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Создайте объект MetaData из .txt файла.

MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#')

MDObj2 = 

Sample Names:
    A, B, ...,Z (26 total)
Variable Names and Meta Information:
              VariableDescription                         
    Gender    ' Gender of the mouse in study'             
    Age       ' The number of weeks since mouse birth'    
    Type      ' Genetic characters'                       
    Strain    ' The mouse strain'                         
    Source    ' The tissue source for RNA collection'

Создайте структуру MATLAB, содержащую ГЕО Серийные данные.

geoStruct = getgeodata('GSE4616');

Создайте объект MIAME.

MIAMEObj = MIAME(geoStruct)

MIAMEObj = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Импортируйте пакет биома, чтобы сделать функцию конструктора доступной.

import bioma.*

Создайте объект ExpressionSet.

ESObj = ExpressionSet(EDObj, 'SData', MDObj2, 'EInfo', MIAMEObj)

ESObj = 

ExpressionSet
Experiment Data: 500 features, 26 samples
  Element names: Expressions
Sample Data:
    Sample names:     A, B, ...,Z (26 total)
    Sample variable names and meta information: 
        Gender:  Gender of the mouse in study
        Age:  The number of weeks since mouse birth
        Type:  Genetic characters
        Strain:  The mouse strain
        Source:  The tissue source for RNA collection
Feature Data: none
Experiment Information: use 'exptInfo(obj)'

Ссылки

[1] Hovatta, я., Теннант, R S., Helton, R., и др. (2005). Glyoxalase 1 и редуктаза глутатиона 1 регулируют беспокойство в мышах. Природа 438, 662–666.

Документация

bioma.ExpressionSet class

Описание

Конструкция

Входные параметры

Свойства

Методы

Иерархия экземпляра

Атрибуты

Копировать семантику

Индексация

Примеры

Создайте объект ExpressionSet

Ссылки

Смотрите также

Темы

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка