Класс: BioMap
Создайте компактное выравнивание, представленное в BioMap
объект
CompAlignment
= getCompactAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
)
CompAlignment
= getCompactAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
, R
)
CompAlignment
= getCompactAlignment(...,
'ParameterName
', ParameterValue
)
[CompAlignment
, Indices
]
= getCompactAlignment(...)
[CompAlignment
, Indices
, Rows
]
= getCompactAlignment(...)
возвращает CompAlignment
= getCompactAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
)CompAlignment
, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от BioObj
A BioMap
объект, в компактном формате. Последовательности чтения должны выровняться в определенной области ссылочной последовательности, которая задана StartPos
и EndPos
, два положительных целых числа, таким образом, что StartPos
меньше EndPos
, и оба меньше, чем длина ссылочной последовательности.
выбирает ссылку где CompAlignment
= getCompactAlignment(BioObj
, StartPos
, EndPos
, R
)getCompactAlignment
восстанавливает выравнивание.
принимает один или несколько разделенное от запятой название параметра / пары значения. Задайте CompAlignment
= getCompactAlignment(...,
'ParameterName
', ParameterValue
)ParameterName
в одинарных кавычках.
[
возвращает CompAlignment
, Indices
]
= getCompactAlignment(...)Indices
, вектор из индексов, задающих последовательности чтения, которые выравниваются в определенной области ссылочной последовательности.
[
возвращает CompAlignment
, Indices
, Rows
]
= getCompactAlignment(...)Rows
, вектор из положительных чисел, задающих строку в CompAlignment
где каждая последовательность чтения лучше всего отображена.
|
Объект |
|
Положительное целое число, которое задает запуск области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, которое задает конец области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, индексирующее |
|
Задает, включать ли только последовательности чтения, которые полностью выравниваются с заданной областью ссылочной последовательности, то есть, они полностью содержатся в области и не расширяют вне области. Выбором является По умолчанию: false |
|
Задает, обрезать ли пустые начальные и конечные столбцы от выравнивания. Выбором является По умолчанию: false |
|
Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения от |
|
Вектор из индексов, задающих последовательности чтения от |
|
Вектор из положительных чисел, задающих строку в |
Создайте a BioMap
объект, и затем создает компактное выравнивание между положениями 30 и 59 ссылочной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file BMObj1 = BioMap('ex1.sam'); % Construct the compact alignment between positions 30 and 59 of % the reference sequence, and return the indices of the reads in the % compact alignment, as well as the row each read is in. [CompAlignment, Ind, Row] = getCompactAlignment(BMObj1, 30, 59)
CompAlignment = TAACTCG GCCCAGCATTAGGGAGC TAACTCGT CATTAGGGAGC TAACTCGTCC ATTAGGGAGC TAACTCTTCTCT TTAGGGAGC TAACTCGTCCATGG TAGGGAGC TAACTCGTCCCTGGCCCA C TAACTCGTCCATGGCCCAG TAACTCGTCCATTGCCCAGC TAACTCGTCCATGGCCCAGCATT TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTTGGG TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGG TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGATC TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC AACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC GTACATGGCCCAGCATTAGGGAGC TCCATGGCCCAGCATTAGGGCGC Ind = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 Row = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 1 2 3 4 5 6
getCompactAlignment
принимает, что ссылочная последовательность не имеет никаких разрывов. Поэтому положения в чтениях, соответствующих вставкам (I) и дополняющих (P), не появляются в выравнивании.
Поскольку мягкие отсеченные положения (S) не сопоставлены с положениями, которые выравниваются к ссылочной последовательности, они не появляются в выравнивании.
Пропущенное положение (N) появляется как -
(дефис) в выравнивании.
Трудно отсеченные положения (H) не появляются в последовательностях или выравнивании.