Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие подписи в формате CIGAR
[Cigars,Starts]
= align2cigar(Alignment,Ref)
[
преобразует выровненные последовательности, представленные в Cigars
,Starts
]
= align2cigar(Alignment
,Ref
)Alignment
, массив ячеек выровненных векторов символов, представьте в виде строки вектор или символьный массив, в Cigars
, массив ячеек соответствующих отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, с помощью ссылочной последовательности задан Ref
, вектор символов или строка. Это также возвращает Starts
, вектор из целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности.
|
Массив ячеек вектора символов, представьте в виде строки вектор или символьный массив, представляющий выровненные последовательности. Мягкие усечения приняты, чтобы быть представленными строчными буквами в выровненных последовательностях. Пропущенные положения приняты, чтобы быть представленными. в выровненных последовательностях. |
|
Вектор символов или строка, задающая выровненную ссылочную последовательность. Длина |
|
Массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, соответствующего каждой выровненной последовательности в |
|
Вектор из целых чисел, указывающих на положение запуска каждой выровненной последовательности относительно несодержащей разрывы ссылочной последовательности. |
BioMap
| cigar2align
| getAlignment
| getBaseCoverage
| getCompactAlignment
| multialign