Преобразуйте невыровненные последовательности в выровненные последовательности с помощью подписей в формате CIGAR
Alignment = cigar2align(Seqs,Cigars)
[GapSeq, Indices]
= cigar2align(Seqs,Cigars)
... = cigar2align(Seqs,Cigars,Name,Value)
преобразует невыровненные последовательности в Alignment
= cigar2align(Seqs
,Cigars
)Seqs
, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, в Alignment
, матрица выровненных последовательностей, с помощью информации сохранена в Cigars
, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки.
[
преобразует невыровненные последовательности в GapSeq
, Indices
]
= cigar2align(Seqs
,Cigars
)Seqs
, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, в GapSeq
, массив ячеек из символьных векторов выровненных последовательностей, и также возвращает Indices
, вектор из числовых индексов, с помощью информации сохранен в Cigars
, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки. Когда выравнивание имеет много столбцов, этот синтаксис использует меньше памяти и быстрее.
... = cigar2align(
преобразует невыровненные последовательности в Seqs
,Cigars
,Name,Value
)Seqs
, массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, в Alignment
, матрица выровненных последовательностей, с помощью информации сохранена в Cigars
, массив ячеек отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки, с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими Name,Value
парные аргументы.
|
Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, содержащий невыровненные последовательности. |
|
Массив ячеек допустимых отформатированных СИГАРОЙ векторов символов или вектора строки. |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Вектор из положительных целых чисел, задающих ссылочное положение последовательности, в котором запускается каждая выровненная последовательность. По умолчанию каждая выровненная последовательность запускается в положении 1 ссылочной последовательности. |
|
Логическое определение, отобразить ли положения в выровненных последовательностях, которые соответствуют разрывам в ссылочной последовательности. Выбором является По умолчанию: false |
|
Логическое определение, включать ли символы в выровненные последовательности чтения, соответствующие мягким концам усечения. Выбором является По умолчанию: false |
|
Логическое определение, добавить ли дополнение, очищает слева от каждой выровненной последовательности чтения, чтобы представлять смещение положения запуска от первого положения ссылочной последовательности. Выбором является По умолчанию: false |
|
Матрица выровненных последовательностей, в которых количество строк равняется количеству векторов символов в |
|
Массив ячеек из символьных векторов выровненных последовательностей, в которых векторы символа числа равняется количеству векторов символов в |
|
Вектор из числовых индексов, указывающих на стартовый столбец для каждой выровненной последовательности в
|
Создайте массив ячеек из символьных векторов, содержащий невыровненные последовательности, создайте массив ячеек соответствующих отформатированных СИГАРОЙ векторов символов, сопоставленных со ссылочной последовательностью ACGTATGC
, и затем восстановите выравнивание:
r = {'ACGACTGC', 'ACGTTGC', 'AGGTATC'}; % unaligned sequences c = {'3M1D1M1I3M', '4M1D1P3M', '5M1P1M1D1M'}; % cigar-formatted aln1 = cigar2align(r, c)
aln1 = ACG-ATGC ACGT-TGC AGGTAT-C
Восстановите то же выравнивание, чтобы отобразить положения в выровненных последовательностях, которые соответствуют разрывам в ссылочной последовательности:
aln2 = cigar2align(r, c,'GapsInRef',true)
aln2 = ACG-ACTGC ACGT--TGC AGGTA-T-C
Восстановите выравнивание, добавляющее дополнение смещения 5
:
aln3 = cigar2align(r, c, 'start', [5 5 5], 'OffsetPad', true)
aln3 = ACG-ATGC ACGT-TGC AGGTAT-C
Когда cigar2align
восстанавливает выравнивание, оно не отображает трудно отсеченные положения (H) или мягкие отсеченные положения (S). Кроме того, это не рассматривает мягких отсеченных положений, как запускают положения для выровненных последовательностей.
Если ваша информация о CIGAR получена в Signature
свойство BioMap
объект, можно использовать getAlignment
метод, чтобы создать выравнивание.
align2cigar
| BioMap
| getAlignment
| getBaseCoverage
| getCompactAlignment
| seqalignviewer