Exponenta Banner

cuffgtf2sam

Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM

свернуть все на странице

Синтаксис

cuffgtf2sam(input,output)
cuffgtf2sam(input,output,Name,Value)

Описание

пример

cuffgtf2sam(input,output) преобразует собранные расшифровки стенограммы в файле GTF input к SAM-файлу-формата output [1].

cuffgtf2sam требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

cuffgtf2sam поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

cuffgtf2sam(input,output,Name,Value) дополнительные опции использования заданы одним или несколькими аргументами пары "имя-значение". Например, gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true) вставляет значение FPKM в записи SAM.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте файл GTF в файл SAM.

cuffgtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam')

Входные параметры

свернуть все

Имена входных файлов в виде строки, вектора символов, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов.

Пример: 'gyrAB.gtf'

Типы данных: cell | char | string

Выведите имя файла SAM в виде строки или вектора символов.

Пример: 'gyrAB.sam'

Типы данных: char | string

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true)

Имя ссылочного файла FASTA в виде строки или вектора символов. Если вы задаете файл FASTA, функция воссоздает последовательности расшифровок стенограммы по сравнению со ссылочными последовательностями в обеспеченном файле FASTA. Если вы не задаете 'ReferenceFASTA', функция не использует информацию о последовательности из файла выхода SAM.

Пример: 'ReferenceFASTA',"ref.fasta"

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы вставить значение FPKM в записи SAM вместо части изоформы в виде true или false.

Пример: 'UseFPKM',true

Типы данных: логический

Ссылки

[1] Trapnell, Капуста, Брайан А Уильямс, Гео Pertea, Али Мортэзэви, Гордон Кван, Мэриджк Дж ван Бэрен, Стивен Л Залцберг, Барбара Дж Уолд и Лайор Пэчтер. “Блок расшифровки стенограммы и Квантификация RNA-Seq Показывают Неаннотируемые Расшифровки стенограммы и Изоформу, Переключающуюся во время Клеточной дифференцировки”. Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010): 511–15.

[2] Литий, H., Б. Хэндсэкер, А. Визокер, Т. Феннелл, Цз. Жуань, Н. Гомер, Г. Март, Г. Абекэзис, Р. Дербин и 1 000 Подгрупп Обработки данных Проекта Генома. “Sequence Alignment / Формат Карты и SAMtools”. Биоинформатика 25, № 16 (15 августа 2009): 2078–79.

Смотрите также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка