Суперклассы:
Содержите аннотации Формата переноса генов (GTF)
GTFAnnotation класс содержит аннотации для одной или нескольких ссылочных последовательностей, соответствуя формату файла GTF.
Вы создаете a GTFAnnotation объект из отформатированного GTF файла. Каждый элемент в объекте представляет аннотацию. Используйте свойства объектов и методы, чтобы отфильтровать аннотации функцией, ссылочной последовательностью или ссылочным положением последовательности. Используйте методы объекта извлечь данные для подмножества аннотаций в массив структур.
Annotobj =
GTFAnnotation(File)AnnotobjA GTFAnnotation объект, от File, отформатированный GTF файл.
|
Вектор символов или строка, задающая отформатированный GTF файл. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена доступных полей данных для каждой аннотации в |
|
Целочисленное количество определения аннотаций в |
| getData | Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GTFAnnotation объект |
| getExons | Возвратите таблицу экзонов от GTFAnnotation объект |
| getFeatureNames | Получите имена уникальной функции из GTFAnnotation объект |
| getGeneNames | Получите уникальные названия генов из GTFAnnotation объект |
| getGenes | Возвратите таблицу уникальных генов в GTFAnnotation объект |
| getIndex | Возвратите массив индекса аннотаций от GTFAnnotation объект |
| getRange | Получите область значений аннотаций от GTFAnnotation объект |
| getReferenceNames | Получите ссылочные имена из GTFAnnotation объект |
| getSegments | Возвратите таблицу неперекрывающихся сегментов от GTFAnnotation объект |
| getSubset | Создайте объект, содержащий подмножество элементов от GTFAnnotation объект |
| getTranscriptNames | Получите уникальные имена расшифровки стенограммы из GTFAnnotation объект |
| getTranscripts | Возвратите таблицу уникальных расшифровок стенограммы в GTFAnnotation объект |
Значение. Чтобы узнать, как классы значений влияют на операции копирования, см. раздел "Копирование объектов".
GTFAnnotation объекты поддерживают точку. индексация, чтобы извлечь свойства.
Создайте a GTFAnnotation объект из отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™:
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf')GTFAnnotObj =
GTFAnnotation with properties:
FieldNames: {1x11 cell}
NumEntries: 308