Удалите генные профили с маленькими областями значений профиля
Mask = generangefilter(Data)
[Mask, FData]
= generangefilter(Data)
[Mask, FData, FNames]
= generangefilter(Data, Names)
generangefilter(..., 'Percentile', PercentileValue,
...)
generangefilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue,
...)
generangefilter(..., 'LogPercentile', LogPercentileValue,
...)
generangefilter(..., 'LogValue', LogValueValue,
...)
Data | Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует результатам эксперимента для одного гена. Каждый столбец является результатами для всех генов из одного эксперимента. |
Names | Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. |
PercentileValue | Свойство задать процентиль, ниже которой удалены профили экспрессии гена. Введите значение от |
AbsValueValue | Свойство задать абсолютное значение, ниже которого удалены профили экспрессии гена. |
LogPercentileValue | Свойство задать логарифм процентили. |
LogValueValue | Свойство задать логарифм абсолютного значения. |
Mask = generangefilter(Data)Data, объект DataMatrix или матрица экспериментальных данных, и затем идентифицируют профили выражения с областями значений меньше, чем 10-я процентиль.
Mask логический вектор с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствие строкам с областью значений, больше, чем порог, имеет значение 1, и те с областью значений меньше, чем порог является 0.
[ возвращает Mask, FData]
= generangefilter(Data)FData, отфильтрованная матрица данных. Можно также создать FData использование FData = Данные (Mask,:)
[ возвращает Mask, FData, FNames]
= generangefilter(Data, Names)FNames, отфильтрованный массив names, где Names массив ячеек из символьных векторов или вектор строки из имен генов, соответствующих каждой строке в Data. Можно также создать FNames использование FNames = Имена (Mask)
Примечание
Если Data объект DataMatrix с заданными именами строки, вы не должны обеспечивать второй вход Names возвратить третий выход FNames.
generangefilter (..., ' вызовы PropertyName', PropertyValue, ...)generangefilter с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
generangefilter(..., 'Percentile', удаляет из экспериментальных данных ( PercentileValue,
...)Data) экспрессия гена профилирует с областями значений меньше, чем заданная процентиль (PercentileValue).
generangefilter(..., 'AbsValue', удаляет из AbsValueValue,
...)Data экспрессия гена профилирует с областями значений меньше, чем AbsValueValue.
generangefilter(..., 'LogPercentile', гены фильтров с профилем располагаются в самом низком проценте логарифмической области значений (LogPercentileValue,
...)LogPercentileValue).
generangefilter(..., 'LogValue', гены фильтров с профилем регистрируют области значений ниже, чем LogValueValue,
...)LogValueValue.
Загрузите MAT-файл, которому предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных об экспрессии гена, genes, массив ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектор из временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues
load yeastdataУдалите генные профили с маленькими областями значений профиля.
[mask, fyeastvalues, fgenes] = generangefilter(yeastvalues,genes);
[1] Kohane I.S., Kho A.T., Бьютт A.J. (2003), микромассивы для интегральной геномики, Кембриджа, нажатия MA:MIT.
exprprofrange | exprprofvar | geneentropyfilter | genelowvalfilter | genevarfilter