generangefilter

Удалите генные профили с маленькими областями значений профиля

Синтаксис

Mask = generangefilter(Data)
[Mask, FData] = generangefilter(Data)
[Mask, FData, FNames] = generangefilter(Data, Names)
generangefilter(..., 'Percentile', PercentileValue, ...)
generangefilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue, ...)
generangefilter(..., 'LogPercentile', LogPercentileValue, ...)
generangefilter(..., 'LogValue', LogValueValue, ...)

Аргументы

Data

Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует результатам эксперимента для одного гена. Каждый столбец является результатами для всех генов из одного эксперимента.

Names

Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. Names имеет одинаковое число строк как Data с каждой строкой, содержащей имя или ID гена в наборе данных.

PercentileValue

Свойство задать процентиль, ниже которой удалены профили экспрессии гена. Введите значение от 0 к 100.

AbsValueValue

Свойство задать абсолютное значение, ниже которого удалены профили экспрессии гена.

LogPercentileValue

Свойство задать логарифм процентили.

LogValueValue

Свойство задать логарифм абсолютного значения.

Описание

Mask = generangefilter(Data) вычисляет область значений для каждого профиля экспрессии гена в Data, объект DataMatrix или матрица экспериментальных данных, и затем идентифицируют профили выражения с областями значений меньше, чем 10-я процентиль.

Mask логический вектор с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствие строкам с областью значений, больше, чем порог, имеет значение 1, и те с областью значений меньше, чем порог является 0.

[Mask, FData] = generangefilter(Data) возвращает FData, отфильтрованная матрица данных. Можно также создать FData использование FData = Данные (Mask,:).

[Mask, FData, FNames] = generangefilter(Data, Names) возвращает FNames, отфильтрованный массив names, где Names массив ячеек из символьных векторов или вектор строки из имен генов, соответствующих каждой строке в Data. Можно также создать FNames использование FNames = Имена (Mask).

Примечание

Если Data объект DataMatrix с заданными именами строки, вы не должны обеспечивать второй вход Names возвратить третий выход FNames.

generangefilter (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы generangefilter с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

generangefilter(..., 'Percentile', PercentileValue, ...) удаляет из экспериментальных данных (Data) экспрессия гена профилирует с областями значений меньше, чем заданная процентиль (PercentileValue).

generangefilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue, ...) удаляет из Data экспрессия гена профилирует с областями значений меньше, чем AbsValueValue.

generangefilter(..., 'LogPercentile', LogPercentileValue, ...) гены фильтров с профилем располагаются в самом низком проценте логарифмической области значений (LogPercentileValue).

generangefilter(..., 'LogValue', LogValueValue, ...) гены фильтров с профилем регистрируют области значений ниже, чем LogValueValue.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, которому предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных об экспрессии гена, genes, массив ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектор из временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues

    load yeastdata
  2. Удалите генные профили с маленькими областями значений профиля.

    [mask, fyeastvalues, fgenes] = generangefilter(yeastvalues,genes);

Ссылки

[1] Kohane I.S., Kho A.T., Бьютт A.J. (2003), микромассивы для интегральной геномики, Кембриджа, нажатия MA:MIT.

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте