genevarfilter

Отфильтруйте гены с небольшим отклонением профиля

Синтаксис

Mask = genevarfilter(Data)
[Mask, FData] = genevarfilter(Data)
[Mask, FData, FNames] = genevarfilter(Data, Names)
genevarfilter(..., 'Percentile', PercentileValue, ...)
genevarfilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue, ...)

Аргументы

Data

Объект DataMatrix или числовая матрица, где каждая строка соответствует гену. Если матрица, первый столбец является именами генов, и каждый дополнительный столбец является результатами эксперимента.

Names

Массив ячеек из символьных векторов или вектор строки, где каждый элемент соответствует имени гена для каждой строки экспериментальных данных. Names имеет одинаковое число строк как Data с каждой строкой, содержащей имя или ID гена в наборе данных.

PercentileValue

Задает процентиль, ниже которой удалены профили экспрессии гена. Выбором являются целые числа от 0 к 100. Значением по умолчанию является 10.

AbsValueValue

Свойство задать абсолютное значение, ниже которого удалены профили экспрессии гена.

Описание

Генные эксперименты профилирования обычно включают гены, которые показывают мало изменения их профиля и обычно не представляют интерес. Эти гены обычно удаляются из данных.

Mask = genevarfilter(Data) вычисляет отклонение для каждого профиля экспрессии гена в Data и возвращает Mask, который идентифицирует профили экспрессии гена с отклонением меньше, чем 10-я процентиль. Mask логический вектор с одним элементом для каждой строки в Data. Элементы Mask соответствие строкам с отклонением, больше, чем порог, имеет значение 1, и те с отклонением меньше, чем порог является 0.

[Mask, FData] = genevarfilter(Data) вычисляет отклонение для каждого профиля экспрессии гена в Data и возвращает FData, отфильтрованная матрица данных, в которой удалены профили экспрессии гена низкого изменения. Можно также создать FData использование FData = Данные (Mask,:).

[Mask, FData, FNames] = genevarfilter(Data, Names) возвращает FNames, отфильтрованный массив names, в котором удалены имена, сопоставленные с профилями экспрессии гена низкого изменения. Names массив ячеек из символьных векторов или вектор строки из имен генов, соответствующих каждой строке в Data. Можно также создать FNames использование FNames = Имена (Mask).

Примечание

Если Data объект DataMatrix с заданными именами строки, вы не должны обеспечивать второй вход Names возвратить третий выход FNames.

genevarfilter (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызовы genevarfilter с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

genevarfilter(..., 'Percentile', PercentileValue, ...) удаляет из Data, экспериментальные данные, экспрессия гена профилирует с отклонением меньше, чем процентиль, заданная PercentileValue. Выбором являются целые числа от 0 к 100. Значением по умолчанию является 10.

genevarfilter(..., 'AbsValue', AbsValueValue, ...) удаляет из Data , экспериментальные данные, экспрессия гена профилирует с отклонением меньше, чем AbsValueValue.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, которому предоставляют программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные о дрожжах. Этот MAT-файл включает три переменные: yeastvalues, матрица данных об экспрессии гена, genes, массив ячеек инвентарных номеров GenBank® для маркировки строк в yeastvalues, и times, вектор из временных стоимостей для маркировки столбцов в yeastvalues

    load yeastdata
  2. Отфильтруйте гены с небольшим отклонением профиля.

    [fyeastvalues, fgenes] = genevarfilter(yeastvalues,genes);

Ссылки

[1] Kohane I.S., Kho A.T., Бьютт A.J. (2003), микромассивы для интегральной геномики, Кембриджа, нажатия MA:MIT.

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте