Exponenta Banner

genelowvalfilter

Удалите генные профили с низкими абсолютными значениями

свернуть все на странице

Синтаксис

Mask = genelowvalfilter(Data)
[Mask,FData] = genelowvalfilter(Data)
[Mask,FData,FNames] = genelowvalfilter(Data,geneNames)
[___] = genelowvalfilter(___,Name,Value)

Описание

пример

Mask = genelowvalfilter(Data) возвращает логический векторный Mask идентификация экспрессии гена профилирует в Data это имеет абсолютные уровни экспрессии в самых низких 10% набора данных.

Эксперименты профиля экспрессии гена имеют данные, где абсолютные значения являются очень низкими. Качество этого типа данных часто плохо из-за больших ошибок квантования или просто плохой точечной гибридизации. Используйте эту функцию, чтобы отфильтровать данные.

пример

[Mask,FData] = genelowvalfilter(Data) также возвращает FData, матрица данных, содержащая отфильтрованные профили выражения.

пример

[Mask,FData,FNames] = genelowvalfilter(Data,geneNames) также возвращает FNames, массив ячеек отфильтрованных названий генов или идентификаторов. Необходимо задать geneNames возвратить FNames если Data isa DataMatrix объект с заданными именами строки.

пример

[___] = genelowvalfilter(___,Name,Value) дополнительные опции использования, заданные как один или несколько дополнительных аргументов пары "имя-значение".

Примеры

свернуть все

Скрипт Open Live Script

Загрузите демонстрационные данные о дрожжах. 

load yeastdata;

Получите гены и соответствующие данные о выражении, где абсолютные уровни экспрессии превышают 10-ю процентиль. 

[mask,filteredData,filteredGenes] = genelowvalfilter(yeastvalues,genes);

Сравните количество отфильтрованных генов (filteredGenes) с количеством генов в исходном наборе данных (genes). 

size (filteredGenes,1)
ans = 6394
Скрипт Open Live Script

Загрузите демонстрационные данные о дрожжах. 

load yeastdata;

Отметьте гены, которые имеют низко абсолютные уровни экспрессии ниже 10-й процентили набора данных. 

mask = genelowvalfilter(yeastvalues);

Переменная genes содержит каждый названия генов в наборе данных дрожжей. Используйте сгенерированный логический векторный mask получать гены, где уровни экспрессии превышают 10-ю процентиль. 

filteredGenes = genes(mask);

Извлеките соответствующие данные о профиле выражения для выбранных генов от переменной yeastvalues, который содержит профили выражения каждого гена в наборе данных дрожжей. 

filteredData = yeastvalues(mask,:);
Скрипт Open Live Script

Загрузите демонстрационные данные о дрожжах. 

load yeastdata;

Получите гены и соответствующие данные о выражении, где абсолютные уровни экспрессии превышают 30-ю процентиль набора данных. 

[mask,filteredData,filteredGenes] = genelowvalfilter(yeastvalues,genes,'Percentile',30);

Сравните количество отфильтрованных генов (filteredGenes) с количеством генов в исходном наборе данных (genes). 

size (filteredGenes,1)
ans = 6384

Входные параметры

свернуть все

Входные данные в виде a DataMatrix возразите или числовая матрица. Каждая строка матрицы соответствует результатам эксперимента для одного гена. Каждый столбец представляет результаты для всех генов из одного эксперимента.

Названия генов или идентификаторы в виде массива ячеек из символьных векторов или вектора строки. Массив имеет одинаковое число строк как Data. Каждая строка содержит имя или ID гена в наборе данных.

Примечание

Если Data isa DataMatrix объект с заданными именами строки, вы не должны обеспечивать второй вход geneNames возвратить третий выход FNames.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

Пример: 'AbsValue',10.5 задает genelowvalfilter удалить профили выражения с абсолютными значениями меньше чем 10,5.

Значение процентили в виде скалярного значения в области значений (от 0 до 100). Функция genelowvalfilter удаляет профили экспрессии гена с абсолютными значениями меньше, чем значение процентили, которое задано с помощью 'Percentile'.

Пример: 'Percentile',50

Абсолютное значение профиля выражения в виде вещественного числа. Функция genelowvalfilter удаляет профили экспрессии гена с абсолютными значениями меньше, чем абсолютное значение, которое задано с помощью 'AbsValue'.

Пример: 'AbsValue',10.5

Логический индикатор, чтобы выбрать минимальное или максимальное абсолютное значение в виде true или false. Установите значение к true выбрать минимальное абсолютное значение. Установите его на false выбрать максимальное абсолютное значение.

Пример: 'AnyVal',true

Выходные аргументы

свернуть все

Логический вектор, возвращенный как вектор из 0s и 1 с для каждой строки в Data. Элементы Mask со значением 1 соответствуйте строкам с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими порог и тех со значением 0 соответствуйте строкам с абсолютными уровнями экспрессии, меньше чем или равными порогу.

Фильтрованная матрица данных, возвращенная как матрица данных, которая содержит профили экспрессии гена с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими пороговое значение. Можно также создать FData использование FData = Data(Mask,:).

Массив отфильтрованных названий генов, возвращенных как массив ячеек из символьных векторов или вектор строки. Это содержит названия генов или идентификаторы, соответствующие каждой строке Data это содержит профили экспрессии гена с абсолютными уровнями экспрессии, превышающими пороговое значение. Можно также создать FNames использование FNames = geneNames(Mask).

Ссылки

[1] Kohane, I.S., Kho, A.T., Бьютт, A.J. (2003). Микромассивы для интегральной геномики, первый выпуск (Кембридж, MA: нажатие MIT).

Смотрите также

| | | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка