Считайте данные из PFAM отформатированный HMM файл
HMMStruct
= pfamhmmread(File
)
HMMStruct
= pfamhmmread(File
,'TimeOut',TimeOutValue
)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла, путь и имя файла, URL, указывающий на файл или текст файла PFAM-HMM-formatted. Файл, на который ссылаются, является PFAM отформатированный HMM файл. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB® или в текущей папке. Совет Можно использовать |
TimeOutValue | Тайм-аут связи в секундах в виде положительной скалярной величины. Значение по умолчанию равняется 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
HMMStruct | Структура MATLAB, содержащая информацию от PFAM отформатированный HMM файл. |
Примечание
pfamhmmread
чтения PFAM-HMM отформатировали файлы от версии HMMER2.0 формата файла до HMMER3/f.
чтения HMMStruct
= pfamhmmread(File
)File
, PFAM отформатированный HMM файл, и преобразует его в HMMStruct
, структура MATLAB, содержащая следующие поля, соответствующие параметрам профиля HMM:
Поле | Описание |
---|---|
Name | Имя семейства белков (уникальный идентификатор) HMM профилирует запись в базе данных PFAM. |
PfamAccessionNumber | Инвентарный номер семейства белков HMM профилирует запись в базе данных PFAM. |
ModelDescription | Описание профиля HMM. |
ModelLength | Длина профиля (количество состояний СООТВЕТСТВИЯ). |
Alphabet | Алфавит используется в модели, 'AA' ornt . Примечание
|
MatchEmission | Вероятности эмиссии символа в состояниях СООТВЕТСТВИЯ. Формат является матрицей размера |
InsertEmission | Вероятности эмиссии символа во ВСТАВКА состоянии. Формат является матрицей размера |
NullEmission | Вероятности эмиссии символа в СООТВЕТСТВИИ и ВСТАВЛЯЮТ состояния для модели NULL. Формат является 1 Примечание Вероятности NULL также известны как фоновые вероятности. |
BeginX | Вероятности изменения состояния BEGIN. Формат является 1 [B->D1 B->M1 B->M2 B->M3 .... B->Mend] |
MatchX | СОВПАДАЙТЕ с вероятностями изменения состояния. Формат является 4 [M1->M2 M2->M3 ... M[end-1]->Mend; M1->I1 M2->I2 ... M[end-1]->I[end-1]; M1->D2 M2->D3 ... M[end-1]->Dend; M1->E M2->E ... M[end-1]->E ] |
InsertX | ВСТАВЬТЕ вероятности изменения состояния. Формат является 2 [ I1->M2 I2->M3 ... I[end-1]->Mend; I1->I1 I2->I2 ... I[end-1]->I[end-1] ] |
DeleteX | Вероятности изменения состояния DELETE. Формат является 2 [ D1->M2 D2->M3 ... D[end-1]->Mend ; D1->D2 D2->D3 ... D[end-1]->Dend ] |
FlankingInsertX | Фланговые состояния вставки (N и C) используемый для ЛОКАЛЬНОГО выравнивания профиля. Формат является матрицей 2 на 2: [N->B C->T ; N->N C->C] |
LoopX | Цикл утверждает вероятности перехода, используемые для нескольких выравнивания хитов. Формат является матрицей 2 на 2: [E->C J->B ; E->J J->J] |
NullX | Пустые вероятности перехода раньше предоставляли баллам значения логарифмических разногласий также для изменений состояния. Формат является вектором столбцов 2 на 1: [G->F ; G->G] |
устанавливает тайм-аут связи (в секундах) получать данные от базы данных PFAM.HMMStruct
= pfamhmmread(File
,'TimeOut',TimeOutValue
)
Для получения дополнительной информации о моделях профиля HMM см. Модель Профиля HMM.
Считайте локально сохраненный PFAM отформатированный HMM файл в структуру MATLAB.
pfamhmmread('pf00002.ls') ans = Name: '7tm_2' PfamAccessionNumber: 'PF00002.15' ModelDescription: '7 transmembrane receptor (Secretin family)' ModelLength: 293 Alphabet: 'AA' MatchEmission: [293x20 double] InsertEmission: [293x20 double] NullEmission: [1x20 double] BeginX: [294x1 double] MatchX: [292x4 double] InsertX: [292x2 double] DeleteX: [292x2 double] FlankingInsertX: [2x2 double] LoopX: [2x2 double] NullX: [2x1 double]
gethmmalignment
| gethmmprof
| hmmprofalign
| hmmprofstruct
| showhmmprof