plot (phytree)

Чертите филогенетическое дерево

Синтаксис

plot(Tree)
plot(Tree, ActiveBranches)
H = plot(...)
plot(..., 'Type', TypeValue, ...)
plot(..., 'Orientation', OrientationValue, ...)
plot(..., 'Rotation', RotationValue, ...)
plot(..., 'BranchLabels', BranchLabelsValue, ...)
plot(..., 'LeafLabels', LeafLabelsValue, ...)
plot(..., 'TerminalLabels', TerminalLabelsValue, ...)
plot(..., 'LLRotation', LLRotationValue, ...)

Входные параметры

TreeФилогенетический древовидный созданный объект, такой, как создано с phytree функция конструктора.
ActiveBranches

Логический массив размера numBranches- 1 указание на активные ветви, которые отображены в Окне рисунка.

TypeValue

Вектор символов или строка, задающая метод для рисования филогенетического дерева. Выбор:

  • 'square' (значение по умолчанию)

  • 'angular'

  • 'radial'

  • 'equalangle'

  • 'equaldaylight'

OrientationValue

Вектор символов или строка, задающая положение корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или дерева кладограммы, когда 'Type' свойством является 'square' или 'angular'. Выбор:

  • 'left' (значение по умолчанию)

  • 'right'

  • 'top'

  • 'bottom'

RotationValue

Скаляр между 0 (значение по умолчанию) и 360 определение угла поворота (в градусах) филогенетического дерева в Окне рисунка, когда 'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'.

BranchLabelsValue

Управляет отображением меток ветви рядом с узлами ветви. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

LeafLabelsValue

Управляет отображением листовых меток рядом с вершинами. Выбором является true или false. Значение по умолчанию:

  • true — Когда 'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'

  • false — Когда 'Type' свойством является 'square' или 'angular'

TerminalLabels

Управляет отображением терминальных меток по меткам метки деления на оси, когда 'Type' свойством является 'square' или 'angular'. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

LLRotationValue

Управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда 'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Выходные аргументы

H

Структура с указателями на семь элементов графика. Структура включает следующие поля:

  • axes

  • BranchLines

  • BranchDots

  • LeafDots

  • branchNodeLabels

  • leafNodeLabels

  • terminalNodeLabels

Совет

Используйте set функция с указателями в этой структуре и их связанных свойствах изменить график. Для получения дополнительной информации о свойствах можно изменить использование axes обработайте, смотрите Свойства осей графика. Для получения дополнительной информации о свойствах можно изменить использование BranchLines, BranchDots, или LeafDots обработайте, смотрите Line Properties. Для получения дополнительной информации о свойствах можно изменить использование branchNodeLabels, leafNodeLabels, или terminalNodeLabels обработайте, смотрите Text Properties.

Описание

plot(Tree) вовлекает филогенетический древовидный объект в фигуру как phylogram. Значительные расстояния между ветвями и узлами находятся в горизонтальном направлении. Вертикальные расстояния произвольны и не имеют никакого значения.

plot(Tree, ActiveBranches) скрывает неактивные ветви и всех их потомков в Окне рисунка. ActiveBranches логический массив размера numBranches- 1 указание на активные ветви.

H = plot(...) возвращает структуру с указателями на семь элементов графика.

plot(..., 'Type', TypeValue, ...) задает метод для рендеринга филогенетического дерева. Выбор следующие.

Рендеринг типа Описание
'square' (значение по умолчанию)

'angular'

'radial'

'equalangle'

Совет

Этот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы.

'equaldaylight'

Совет

Этот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы.

plot(..., 'Orientation', OrientationValue, ...) задает ориентацию корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или кладограммы филогенетическое дерево в Окне рисунка, когда 'Type' свойством является 'square' или 'angular'.

plot(..., 'Rotation', RotationValue, ...) задает угол поворота (в градусах) филогенетического дерева в Окне рисунка, когда 'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Выбором является любой скаляр между 0 (значение по умолчанию) и 360.

plot(..., 'BranchLabels', BranchLabelsValue, ...) скрывает или отображает метки ветви рядом с узлами ветви. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

plot(..., 'LeafLabels', LeafLabelsValue, ...) скрывает или отображает листовые метки рядом с вершинами. Выбором является true или false. Значение по умолчанию:

  • true — Когда 'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'

  • false — Когда 'Type' свойством является 'square' или 'angular'

plot(..., 'TerminalLabels', TerminalLabelsValue, ...) скрывает или отображает терминальные метки по меткам метки деления на оси, когда 'Type' свойством является 'square' или 'angular'. Выбором является true (значение по умолчанию) или false.

plot(..., 'LLRotation', LLRotationValue, ...) управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда 'Type' свойством является 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Выбором является true или false (значение по умолчанию).

Примеры

% Create a phytree object from a file
tr = phytreeread('pf00002.tree')
% Plot the tree and return a structure with handles to the
% graphic elements of the phytree object
h = plot(tr,'Type','radial')

% Modify the font size and color of the leaf node labels
% by using one of the handles in the return structure
set(h.leafNodeLabels,'FontSize',6,'Color',[1 0 0])

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте