Чертите филогенетическое дерево
plot(
Tree
)
plot(Tree
, ActiveBranches
)
H = plot(...)
plot(..., 'Type', TypeValue
,
...)
plot(..., 'Orientation', OrientationValue
,
...)
plot(..., 'Rotation', RotationValue
,
...)
plot(..., 'BranchLabels', BranchLabelsValue
,
...)
plot(..., 'LeafLabels', LeafLabelsValue
,
...)
plot(..., 'TerminalLabels', TerminalLabelsValue
,
...)
plot(..., 'LLRotation', LLRotationValue
,
...)
Tree | Филогенетический древовидный созданный объект, такой, как создано с phytree функция конструктора. |
ActiveBranches | Логический массив размера |
TypeValue | Вектор символов или строка, задающая метод для рисования филогенетического дерева. Выбор:
|
OrientationValue | Вектор символов или строка, задающая положение корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или дерева кладограммы, когда
|
RotationValue | Скаляр между |
BranchLabelsValue | Управляет отображением меток ветви рядом с узлами ветви. Выбором является |
LeafLabelsValue | Управляет отображением листовых меток рядом с вершинами. Выбором является
|
TerminalLabels | Управляет отображением терминальных меток по меткам метки деления на оси, когда |
LLRotationValue | Управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда |
H | Структура с указателями на семь элементов графика. Структура включает следующие поля:
Совет Используйте |
plot(
вовлекает филогенетический древовидный объект в фигуру как phylogram. Значительные расстояния между ветвями и узлами находятся в горизонтальном направлении. Вертикальные расстояния произвольны и не имеют никакого значения. Tree
)
plot(
скрывает неактивные ветви и всех их потомков в Окне рисунка. Tree
, ActiveBranches
)ActiveBranches
логический массив размера numBranches
- 1
указание на активные ветви.
H = plot(...)
возвращает структуру с указателями на семь элементов графика.
plot(..., 'Type',
задает метод для рендеринга филогенетического дерева. Выбор следующие.TypeValue
,
...)
Рендеринг типа | Описание |
---|---|
'square' (значение по умолчанию) |
|
'angular' |
|
'radial' |
|
'equalangle' |
Совет Этот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы. |
'equaldaylight' |
Совет Этот тип рендеринга скрывает значение корневого узла и подчеркивает кластеры, таким образом, делая его полезным для того, чтобы визуально оценить кластеры и обнаружить выбросы. |
plot(..., 'Orientation',
задает ориентацию корневого узла, и следовательно ориентацию phylogram или кладограммы филогенетическое дерево в Окне рисунка, когда OrientationValue
,
...)'Type'
свойством является 'square'
или 'angular'
.
plot(..., 'Rotation',
задает угол поворота (в градусах) филогенетического дерева в Окне рисунка, когда RotationValue
,
...)'Type'
свойством является 'radial'
, 'equalangle'
, или 'equaldaylight'
. Выбором является любой скаляр между 0
(значение по умолчанию) и 360
.
plot(..., 'BranchLabels',
скрывает или отображает метки ветви рядом с узлами ветви. Выбором является BranchLabelsValue
,
...)true
или false
(значение по умолчанию).
plot(..., 'LeafLabels',
скрывает или отображает листовые метки рядом с вершинами. Выбором является LeafLabelsValue
,
...)true
или false
. Значение по умолчанию:
true
— Когда 'Type'
свойством является 'radial'
, 'equalangle'
, или 'equaldaylight'
false
— Когда 'Type'
свойством является 'square'
или 'angular'
plot(..., 'TerminalLabels',
скрывает или отображает терминальные метки по меткам метки деления на оси, когда TerminalLabelsValue
,
...)'Type'
свойством является 'square'
или 'angular'
. Выбором является true
(значение по умолчанию) или false
.
plot(..., 'LLRotation',
управляет вращением листовых меток так, чтобы текст выровнялся к корневому узлу, когда LLRotationValue
,
...)'Type'
свойством является 'radial'
, 'equalangle'
, или 'equaldaylight'
. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
% Create a phytree object from a file tr = phytreeread('pf00002.tree') % Plot the tree and return a structure with handles to the % graphic elements of the phytree object h = plot(tr,'Type','radial')
% Modify the font size and color of the leaf node labels % by using one of the handles in the return structure set(h.leafNodeLabels,'FontSize',6,'Color',[1 0 0])
cluster
| phytree
| phytreeread
| phytreeviewer
| seqlinkage
| seqneighjoin
| view