randseq

Сгенерируйте случайную последовательность от конечного алфавита

Синтаксис

Seq = randseq(SeqLength)
Seq = randseq(SeqLength, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'Weights', WeightsValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'FromStructure', FromStructureValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'Case', CaseValue, ...)
Seq = randseq(SeqLength, ...'DataType', DataTypeValue, ...)

Аргументы

SeqLengthЦелое число, которое задает количество нуклеотидов или аминокислот в случайной последовательности.
AlphabetValue

Вектор символов или строка, которая задает алфавит для последовательности. Выбором является 'dna'(значение по умолчанию), 'rna', или 'amino'.

WeightsValue

Свойство задать взвешенную случайную последовательность.

FromStructureValue

Свойство задать взвешенную случайную последовательность с помощью структур output от функций от basecount, dimercount, codoncount, или aacount.

CaseValue

Вектор символов или строка, которая задает регистр букв в последовательности когда Alphabet ischar. Выбор are'upper' (значение по умолчанию) или 'lower'.

DataTypeValue

Вектор символов или строка, которая задает тип данных для последовательности. Выбором является 'char'(значение по умолчанию) для последовательностей буквы и 'uint8' или 'double' для числовых последовательностей.

Создает последовательность как массив DataType.

Описание

Seq = randseq(SeqLength) создает случайную последовательность с длиной, заданной SeqLength.

Seq = randseq (SeqLengthPropertyName ', PropertyValue, ...) вызовы randseq с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:

Seq = randseq(SeqLength, ...'Alphabet', AlphabetValue, ...) генерирует последовательность от определенного алфавита.

Seq = randseq(SeqLength, ...'Weights', WeightsValue, ...) создает взвешенную случайную последовательность где iбуква th от алфавита последовательности выбрана с весом W(i). Вектор веса обычно является вектором вероятности или вектором подсчета частот. Обратите внимание на то, что iэлемент th алфавита нуклеотида дан int2nt(i), и iэлемент th алфавита аминокислоты дан int2aa(i).

Seq = randseq(SeqLength, ...'FromStructure', FromStructureValue, ...) создает взвешенную случайную последовательность с весами, данными структурой output от basecount, dimercount, codoncount, или aacount.

Seq = randseq(SeqLength, ...'Case', CaseValue, ...) задает случай для последовательности буквы.

Seq = randseq(SeqLength, ...'DataType', DataTypeValue, ...) задает тип данных для массива последовательности.

Примеры

Сгенерируйте случайную последовательность ДНК.

randseq(20)

ans =
TAGCTGGCCAAGCGAGCTTG

Сгенерируйте случайную последовательность RNA.

randseq(20,'alphabet','rna')

ans = 
GCUGCGGCGGUUGUAUCCUG

Сгенерируйте случайную последовательность белка.

randseq(20,'alphabet','amino')

ans =
DYKMCLYEFGMFGHFTGHKK

Смотрите также

| | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте