Считайте димеры в последовательности нуклеотида
Dimers
= dimercount(SeqNT
)
[Dimers
, Percent
]
= dimercount(SeqNT
)
... = dimercount(SeqNT
,
'Ambiguous', AmbiguousValue
)
... = dimercount(SeqNT
,
'Chart', ChartValue
)
SeqNT | Одно из следующего:
Примеры: |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать димеры, содержащие неоднозначные символы нуклеотида (
|
ChartValue | Вектор символов или строка, задающая тип диаграммы. Выбором является 'pie' или 'bar' . |
Dimers | Структура MATLAB, содержащая поля AA , AC , AG , AT , CA cc , CG ct , GA , GC , GG > tA , TC , TG , и TT , которые содержат количества димера в SeqNT . |
Percent | Матрица 4 на 4 с относительными пропорциями димеров в SeqNT . Строки соответствуют A C G , и T в первом элементе димера и столбцах соответствуют A C G , и T во втором элементе димера. |
считает димеры нуклеотида в Dimers
= dimercount(SeqNT
)SeqNT
, последовательность нуклеотида, и возвращает количества димера в Dimers
, структура MATLAB, содержащая поля AA
, AC
, AG
, AT
, CA
cc
, CG
ct
, GA
, GC
, GG
>
tA
, TC
, TG
, и TT
.
Для последовательностей, которые имеют димеры с символьным U
, эти димеры добавляются к соответствующим димерам, содержащим T
.
Если последовательность содержит разрывы, обозначенные дефисом (-
), разрывы проигнорированы, и эти два символа по обе стороны от разрыва считаются как димер.
Если последовательность содержит нераспознанные символы, то димеры, содержащие эти символы, проигнорированы, и следующее предупреждающее сообщение появляется:
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
[
возвращает Dimers
, Percent
]
= dimercount(SeqNT
)Percent
, матрица 4 на 4 с относительными пропорциями димеров в SeqNT
. Строки соответствуют A
C
G
, и T
в первом элементе димера и столбцах соответствуют A
C
G
, и T
во втором элементе димера.
... = dimercount(
задает, как обработать димеры, содержащие неоднозначные символы нуклеотида. Выбор:SeqNT
,
'Ambiguous', AmbiguousValue
)
'ignore'
(значение по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'warn'
... = dimercount(
создает график, показывающий относительные пропорции димеров. SeqNT
,
'Chart', ChartValue
)ChartValue
может быть 'pie'
или 'bar'
.
aacount
| basecount
| baselookup
| codoncount
| nmercount
| ntdensity