Считайте нуклеотиды в последовательности
NTStruct
= basecount(SeqNT
)
NTStruct
= basecount(SeqNT
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)
NTStruct
= basecount(SeqNT
,
...'Gaps', GapsValue
, ...)
NTStruct
= basecount(SeqNT
,
...'Chart', ChartValue
, ...)
SeqNT | Одно из следующего:
|
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать неоднозначные символы нуклеотида (
|
GapsValue | Задает ли разрывы, обозначенные дефисом ( |
ChartValue | Вектор символов или строка, задающая тип диаграммы. Выбором является |
NTStruct | Структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля A C G , и T . |
считает количество каждого типа основы в NTStruct
= basecount(SeqNT
)SeqNT
, последовательность нуклеотида, и возвращает количества в NTStruct
, структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля A
C
G
, и T
.
Символьный U
добавляется к T
поле .
Неоднозначные символы нуклеотида (R
Y
K
M
S
W
B
D
H
V
, или N
), и разрывы, обозначенные дефисом (-
), проигнорированы по умолчанию.
Нераспознанные символы проигнорированы и вызывают следующее предупреждающее сообщение.
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
вызовы NTStruct
= basecount (SeqNT
PropertyName
', PropertyValue
, ...)basecount
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает, как обработать неоднозначные символы нуклеотида (NTStruct
= basecount(SeqNT
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)R
Y
K
M
S
W
B
D
H
V
, или N
). Выбор:
'ignore'
(значение по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'individual'
'warn'
задает ли разрывы, обозначенные дефисом (NTStruct
= basecount(SeqNT
,
...'Gaps', GapsValue
, ...)-
), считаются или игнорируются. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
создает график, показывающий относительные пропорции нуклеотидов. NTStruct
= basecount(SeqNT
,
...'Chart', ChartValue
, ...)ChartValue
может быть 'pie'
или 'bar'
.
aacount
| baselookup
| codoncount
| cpgisland
| dimercount
| nmercount
| ntdensity
| seqviewer