Выровняйте несколько последовательностей с помощью прогрессивного метода
SeqsMultiAligned
= multialign(Seqs
)
SeqsMultiAligned
= multialign(Seqs
, Tree
)
multialign(..., 'PropertyName
', PropertyValue,
...)
multialign(..., 'Weights', WeightsValue
)
multialign(..., 'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue
)
multialign(..., 'SMInterp', SMInterpValue
)
multialign(..., 'GapOpen', GapOpenValue
)
multialign(..., 'ExtendGap', ExtendGapValue
)
multialign(..., 'DelayCutoff', DelayCutoffValue
)
multialign(..., 'UseParallel', UseParallelValue
)
multialign(..., 'Verbose', VerboseValue
)
multialign(..., 'ExistingGapAdjust', ExistingGapAdjustValue
)
multialign(..., 'TerminalGapAdjust', TerminalGapAdjustValue
)
Seqs | Вектор из структур с полями
|
Tree | Филогенетическое дерево вычисляется с seqlinkage или seqneighjoin функция. |
WeightsValue | Свойство выбрать метод взвешивания последовательности. Введите 'THG' (значение по умолчанию) или 'equal' . |
ScoringMatrixValue | Любое из следующего:
Примечание Если необходимо скомпилировать |
SMInterpValue | Свойство задать, ли включена линейная интерполяция матриц выигрыша или прочь. Когда false , матрица выигрыша присвоена фиксированной области значений в зависимости от расстояний между двумя профилями (или последовательности) быть выровненным. Значением по умолчанию является true . |
GapOpenValue | Скаляр или функция, заданная с помощью @ . Если вы вводите функцию, multialign передачи четыре значения к функции: средняя оценка для двух совпадающих остатков (sm ), средняя оценка для двух несовпадающих остатков (sx ), и, длина обоих профилей или последовательностей (len1 , len2 ). Значением по умолчанию является @(sm,sx,len1,len2) 5*sm . |
ExtendGapValue | Скаляр или функция, заданная с помощью @ . Если вы вводите функцию, multiialign передачи четыре значения к функции: средняя оценка для двух совпадающих остатков (sm ), средняя оценка для двух несовпадающих остатков (sx ), и длина обоих профилей или последовательностей (len1 , len2 ). Значением по умолчанию является @(sm,sx,len1,len2) sm/4 . |
DelayCutoffValue | Свойство задать пороговую задержку расходящихся последовательностей. Значением по умолчанию является единица, где последовательности с самой близкой последовательностью дальше, чем среднее расстояние задерживаются. |
UseParallelValue | Управляет расчетом попарного использования выравниваний parfor - циклы. Когда true , и Parallel Computing Toolbox™ установлен и parpool открыто, расчет происходит параллельно. Если нет никакого открытого parpool , но автоматическое создание включено в Параллельных Настройках, пул по умолчанию будет автоматически открыт, и расчет происходит параллельно. Если Parallel Computing Toolbox установлен, но нет никакого открытого parpool и автоматическое создание отключено, затем расчет использует parfor - циклы в последовательном режиме. Если Parallel Computing Toolbox не установлен, то расчет использует parfor - циклы в последовательном режиме. Значением по умолчанию является false , который использует циклы for в последовательном режиме. |
VerboseValue | Свойство управлять отображением последовательностей с информацией о последовательности. Значением по умолчанию является false . |
ExistingGapAdjustValue | Свойство управлять автоматической настройкой на основе существующих разрывов. Значением по умолчанию является true . |
TerminalGapAdjustValue | Свойство настроить штраф за открытие разрыва в концах последовательности. Значением по умолчанию является false . |
| Вектор из структур (то же самое как Когда |
выполняет прогрессивное несколько выравнивание для набора последовательностей (SeqsMultiAligned
= multialign(Seqs
)Seqs
). Попарные расстояния между последовательностями вычисляются после попарного выравнивания с Gonnet, выигрывая матрицу и затем путем подсчета пропорции сайтов, на которых каждая пара последовательностей отличаются (игнорирующие разрывы). Дерево руководства вычисляется соединяющим соседа методом, принимающим равное отклонение и независимость эволюционных оценок расстояния.
использует дерево (SeqsMultiAligned
= multialign(Seqs
, Tree
)Tree
) как руководство для прогрессивного выравнивания. Последовательности (Seqs
) должен иметь тот же порядок как листы в дереве (Tree
) или используйте поле ('Header'
или 'Name'
) идентифицировать последовательности.
multialign(..., '
вводит дополнительные аргументы как имя свойства / пары значения свойства. Задайте одно или несколько свойств в любом порядке. Заключите каждый PropertyName
', PropertyValue,
...)PropertyName
в одинарных кавычках. Каждый PropertyName
является нечувствительным к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
multialign(..., 'Weights',
выбирает метод взвешивания последовательности. Веса подчеркивают очень расходящиеся последовательности путем масштабирования матрицы выигрыша и разрывают штрафы. Более близкие последовательности получают меньшие веса. WeightsValue
)
Значения свойства Weights
:
'THG'
(значение по умолчанию) — Метод Томпсона-Хиггинса-Гибсона с помощью филогенетических древовидных расстояний ветви взвешивается их толщиной.
'equal'
— Присваивает тот же вес каждой последовательности.
multialign(..., 'ScoringMatrix',
выбирает матрицу выигрыша (ScoringMatrixValue
)ScoringMatrixValue
) для прогрессивного выравнивания. Соответствуйте и не сочетайтесь, баллы интерполированы от ряда выигрыша матриц путем считания расстояний между двумя профилями или последовательностями выровненными. Первая матрица соответствует наименьшему расстоянию и последней матрице к самому большому расстоянию. Промежуточные расстояния вычисляются с помощью линейной интерполяции.
multialign(..., 'SMInterp',
, когда SMInterpValue
)SMInterpValue
false
, выключает линейную интерполяцию матриц выигрыша. Вместо этого каждый предоставленная матрица выигрыша присвоен фиксированной области значений в зависимости от расстояний между двумя профилями или выравниваемыми последовательностями.
multialign(..., 'GapOpen',
задает начальный штраф за открытие разрыва. GapOpenValue
)
multialign(..., 'ExtendGap',
задает начальный штраф за расширение разрыва. ExtendGapValue
)
multialign(..., 'DelayCutoff',
задает порог, чтобы задержать выравнивание расходящихся последовательностей, самый близкий сосед которых более далек, чем DelayCutoffValue
)
(DelayCutoffValue) * (median patristic distance between sequences)
multialign(..., 'UseParallel',
задает, использовать ли UseParallelValue
)parfor
- циклы при вычислении попарных выравниваний. Когда true
, и Parallel Computing Toolbox установлен и parpool
открыто, расчет происходит параллельно. Если нет никакого открытого parpool
, но автоматическое создание включено в Параллельных Настройках, пул по умолчанию будет автоматически открыт, и расчет происходит параллельно. Если Parallel Computing Toolbox установлен, но нет никакого открытого parpool
и автоматическое создание отключено, затем расчет использует parfor
- циклы в последовательном режиме. Если Parallel Computing Toolbox не установлен, то расчет использует parfor
- циклы в последовательном режиме. Значением по умолчанию является false
, который использует циклы for в последовательном режиме.
multialign(..., 'Verbose',
, когда VerboseValue
)VerboseValue
true
, включает многословие.
Остающиеся входные дополнительные аргументы походят на функциональный profalign
и используются через каждый шаг прогрессивного выравнивания профилей.
multialign(..., 'ExistingGapAdjust',
, когда ExistingGapAdjustValue
)ExistingGapAdjustValue
false
, выключает автоматическую настройку на основе существующих разрывов специфичных для положения штрафов за открытие разрыва.
Когда ExistingGapAdjustValue
true
, для каждого положения профиля, profalign
пропорционально понижает штраф за открытие разрыва к штрафу расширения разрыва на основе пропорции разрывов, найденных в непрерывных символах и на весе входного профиля.
multialign(..., 'TerminalGapAdjust',
, когда TerminalGapAdjustValue
)TerminalGapAdjustValue
true
, настраивает штраф за открытие разрыва в концах последовательности, чтобы быть равным штрафу за расширение разрыва.
В этом примере показано, как выровнять несколько последовательностей белка.
Используйте fastaread
функционируйте, чтобы считать p53samples.txt, FASTA-отформатированный файл, включенный с Bioinformatics Toolbox™, который содержит p53 последовательности белка семи разновидностей.
p53 = fastaread('p53samples.txt')
p53=7×1 struct array with fields:
Header
Sequence
Вычислите попарные расстояния между каждой парой последовательностей с помощью 'GONNET' выигрыш матрицы.
dist = seqpdist(p53,'ScoringMatrix','GONNET');
Создайте филогенетическое дерево с помощью невзвешенного среднего расстояния (UPGMA) метод. Это дерево будет использоваться в качестве направляющего дерева на следующем шаге прогрессивного выравнивания.
tree = seqlinkage(dist,'average',p53)
Phylogenetic tree object with 7 leaves (6 branches)
Выполните прогрессивное выравнивание с помощью семейства PAM, выигрывающего матрицы.
ma = multialign(p53,tree,'ScoringMatrix',... {'pam150','pam200','pam250'})
ma=7×1 struct array with fields:
Header
Sequence
Введите массив последовательностей.
seqs = {'CACGTAACATCTC','ACGACGTAACATCTTCT','AAACGTAACATCTCGC'};
Способствуйте завершениям с разрывами в выравнивании.
multialign(seqs,'terminalGapAdjust',true) ans = --CACGTAACATCTC-- ACGACGTAACATCTTCT -AAACGTAACATCTCGC
Сравните выравнивание без корректировки разрыва завершения.
multialign(seqs) ans = CA--CGTAACATCT--C ACGACGTAACATCTTCT AA-ACGTAACATCTCGC
align2cigar
| hmmprofalign
| multialignread
| multialignwrite
| nwalign
| profalign
| seqconsensus
| seqneighjoin
| seqprofile