Exponenta Banner
exponenta event banner

align2cigar

Преобразование выровненных последовательностей в соответствующие сигнатуры в формате CIGAR

свернуть все на странице

Синтаксис

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref)

Описание

[Cigars,Starts] = align2cigar(Alignment,Ref) преобразует выровненные последовательности, представленные в Alignment, массив ячеек из выровненных символьных векторов, строкового вектора или символьного массива в Cigars, массив ячеек соответствующих векторов символов в формате CIGAR или строкового вектора, используя ссылочную последовательность, указанную Ref, символьный вектор или строка. Также возвращается Startsвектор целых чисел, указывающий начальное положение каждой выровненной последовательности относительно незакрытой опорной последовательности.

Входные аргументы

Alignment

Массив ячеек символьного вектора, строкового вектора или символьного массива, представляющего выровненные последовательности. Предполагается, что мягкие вырезки представлены строчными буквами в выровненных последовательностях. Пропущенные позиции считаются представленными. в выровненных последовательностях.

Ref

Символьный вектор или строка, задающая выровненную ссылочную последовательность. Длина Ref должно равняться количеству столбцов в Alignment.

Выходные аргументы

Cigars

Массив ячеек векторов символов в формате CIGAR или строкового вектора, соответствующих каждой выровненной последовательности в Alignment.

Starts

Вектор целых чисел, указывающий начальное положение каждой выровненной последовательности относительно несвязанной опорной последовательности.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

В этом примере показано, как преобразовать выровненные строки в строки CIGAR

Создайте массив ячеек из выровненных строк, создайте строку, задающую ссылочную последовательность, а затем преобразуйте выравнивание в строки CIGAR:

aln = ['ACG-ATGC'; 'ACGT-TGC'; '  GTAT-C']
aln = 3x8 char array
    'ACG-ATGC'
    'ACGT-TGC'
    '  GTAT-C'


ref =  'ACGTATGC';
[cigar, start] = align2cigar(aln, ref)
cigar = 1x3 cell
    {'3=1D4='}    {'4=1D3='}    {'4=1D1='}


start = 1×3

     1     1     3

См. также

| | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Представлен в R2010b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка