Класс: BioMap
Построение трассы, представленной в BioMap объект
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)
Alignment = getAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue)
[Alignment, Indices] = getAlignment(...)
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos)Alignment, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из BioObj, a BioMap объект. Считываемые последовательности должны быть выровнены в пределах определенной области ссылочной последовательности, которая определяется StartPos и EndPos, два положительных целых числа, такие, что StartPos меньше, чем EndPosи оба меньше длины опорной последовательности.
Alignment = getAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R)getAlignment восстанавливает трассу.
Alignment = getAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue)ParameterName внутри одиночных кавычек.
[ прибыль Alignment, Indices] = getAlignment(...)Indicesвектор индексов, задающий считанные последовательности, которые выравниваются в пределах определенной области опорной последовательности.
|
Объект |
|
Положительное целое число, определяющее начало области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целое число, определяющее конец области ссылочной последовательности. |
|
Положительное целочисленное индексирование |
|
Указывает, добавляются ли пробелы заполнения в начале каждой выровненной последовательности для представления смещения начальной позиции каждой выровненной последовательности относительно привязки. Варианты: |
|
Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из |
|
Вектор индексов, определяющих последовательности считывания из |
Построить BioMap объект, а затем восстановить выравнивание между позициями 10 и 25 опорной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Construct the alignment between positions 10 and 25 of the
% reference sequence.
Alignment = getAlignment(BMObj1, 10, 25)Alignment =
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAAATGTGT
CTCATTGTAATTTTTT
CTCATTGTAAATGTGT
ATTGTAAATGTGT
ATTGTAAATGTGT
TGTAAATGTGT
AAATGTGT
GTGT
GTGT
GTgetAlignment предполагает, что ссылочная последовательность не имеет промежутков. Поэтому положения в считываниях, соответствующие вставкам (I) и заполнению (P), не появляются в выравнивании.
Поскольку мягкие отсеченные позиции (S) не связаны с позициями, которые выравниваются по ссылочной последовательности, они не отображаются в трассе.
Пропущенная позиция (N) отображается как . (период) в трассе.
Жестко отсеченные позиции (H) не отображаются в последовательностях или выравнивании.