getCompactAlignment

Класс: BioMap

Построение компактной трассы, представленной в BioMap объект

Синтаксис

CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos) CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R) CompAlignment = getCompactAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue) [CompAlignment, Indices] = getCompactAlignment(...) [CompAlignment, Indices, Rows] = getCompactAlignment(...)

Описание

CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos) прибыль CompAlignment, символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из BioObj, a BioMap объект, в компактном формате. Считываемые последовательности должны быть выровнены в пределах определенной области ссылочной последовательности, которая определяется StartPos и EndPos, два положительных целых числа, такие, что StartPos меньше, чем EndPosи оба меньше длины опорной последовательности.

CompAlignment = getCompactAlignment(BioObj, StartPos, EndPos, R) выбирает ссылку, где getCompactAlignment восстанавливает трассу.

CompAlignment = getCompactAlignment(..., 'ParameterName', ParameterValue) принимает одну или несколько пар имя/значение параметра, разделенных запятыми. Определить ParameterName внутри одиночных кавычек.

[CompAlignment, Indices] = getCompactAlignment(...) прибыль Indicesвектор индексов, задающий считанные последовательности, которые выравниваются в пределах определенной области опорной последовательности.

[CompAlignment, Indices, Rows] = getCompactAlignment(...) прибыль Rows, вектор положительных чисел, указывающий строку в CompAlignment где каждая последовательность считывания отображается наилучшим образом.

Входные аргументы

`BioObj`	Объект `BioMap` класс.
`StartPos`	Положительное целое число, определяющее начало области ссылочной последовательности. `StartPos` должно быть меньше, чем `EndPos`и меньше, чем общая длина ссылочной последовательности.
`EndPos`	Положительное целое число, определяющее конец области ссылочной последовательности. `EndPos` должно быть больше, чем `StartPos`и меньше, чем общая длина ссылочной последовательности.
`R`	Положительное целочисленное индексирование `SequenceDictionary` имущество `BioObj`или символьный вектор или строку, указывающую фактическое имя ссылки.

Аргументы пары «имя-значение»

'Full'

Указывает, следует ли включать только те считанные последовательности, которые полностью выровнены с определенной областью ссылочной последовательности, т.е. они полностью содержатся в области и не выходят за ее пределы. Варианты: true или false (по умолчанию).

По умолчанию: false

'TrimAlignment'

Определяет необходимость обрезки пустых начальных и конечных столбцов трассы. Варианты: true или false. По умолчанию: false, которая не обрезает трассу, но включает любые пустые начальные или конечные столбцы, и возвращает трассу всегда длиной EndPos – StartPos + 1.

По умолчанию: false

Выходные аргументы

`CompAlignment`	Символьный массив, содержащий выровненные последовательности чтения из `BioObj` которые выравниваются в пределах требуемой области. Символьный массив представляет компактное выравнивание, то есть каждая строка символьного массива содержит одну или несколько выровненных последовательностей, так что количество строк в символьном массиве минимизировано. Каждая выровненная последовательность включает в себя только позиции последовательности, которые попадают в запрашиваемую область, и каждая выровненная последовательность может включать в себя промежутки.
`Indices`	Вектор индексов, определяющих последовательности считывания из `BioObj` которые выравниваются в пределах требуемой области.
`Rows`	Вектор положительных чисел, указывающий строку в `CompAlignment` где каждая последовательность считывания отображается наилучшим образом.

Примеры

Построить BioMap объект, а затем построить компактное выравнивание между позициями 30 и 59 ссылочной последовательности:

% Construct a BioMap object from a SAM file 
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Construct the compact alignment between positions 30 and 59 of
% the reference sequence, and return the indices of the reads in the
% compact alignment, as well as the row each read is in. 
[CompAlignment, Ind, Row] = getCompactAlignment(BMObj1, 30, 59)

CompAlignment =

TAACTCG      GCCCAGCATTAGGGAGC
TAACTCGT           CATTAGGGAGC
TAACTCGTCC          ATTAGGGAGC
TAACTCTTCTCT         TTAGGGAGC
TAACTCGTCCATGG        TAGGGAGC
TAACTCGTCCCTGGCCCA           C
TAACTCGTCCATGGCCCAG           
TAACTCGTCCATTGCCCAGC          
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATT       
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTTGGG   
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGG   
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGATC
TAACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
 AACTCGTCCATGGCCCAGCATTAGGGAGC
      GTACATGGCCCAGCATTAGGGAGC
       TCCATGGCCCAGCATTAGGGCGC


Ind =

     1
     2
     3
     4
     5
     6
     7
     8
     9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
    17
    18
    19
    20
    21
    22
    23


Row =

     1
     2
     3
     4
     5
     6
     7
     8
     9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
    17
     1
     2
     3
     4
     5
     6

Алгоритмы

getCompactAlignment предполагает, что ссылочная последовательность не имеет промежутков. Поэтому положения в считываниях, соответствующие вставкам (I) и заполнению (P), не появляются в выравнивании.

Поскольку мягкие отсеченные позиции (S) не связаны с позициями, которые выравниваются по ссылочной последовательности, они не отображаются в трассе.

Пропущенная позиция (N) отображается как - (дефис) в трассе.

Жестко отсеченные позиции (H) не отображаются в последовательностях или выравнивании.

См. также

align2cigar | BioMap | cigar2align | getAlignment | getBaseCoverage

Темы

Управление последовательностью чтения данных в объектах

Документация