объект-биограф

Структура данных, содержащая общие взаимосвязанные данные, используемые для реализации направленного графика

Описание

Объект биографа представляет собой структуру данных, содержащую общие взаимосвязанные данные, используемые для реализации направленного графа. Узлы представляют белки, гены или любую другую биологическую сущность, а края представляют взаимодействия, зависимости или любые другие отношения между узлами. Объект-биограф также хранит информацию, такую как свойства цвета и характеристики текстовых меток, используемые для создания 2-D визуализации графика.

Создание объекта-биографа с помощью функции конструктора объекта biograph. Можно просмотреть графическое представление объекта-биографа с помощью view способ.

Сводка по методу

Ниже приведены методы объекта-биографа:

allshortestpaths (биография)	Найти все самые короткие пути в объекте-биографе
conncomp (биограф)	Найти сильно или слабо связанные компоненты в объекте-биографе
dolayout (биограф)	Расчет положений узлов и траекторий кромок
получить (биограф)	Получение информации об объекте-биографе
getancestors (биограф)	Поиск предков узла в объекте-биографе
getdescendants (биография)	Поиск потомков узла в объекте-биографе
getedgesbynodeid (биограф)	Получить маркеры перемещения к краям в объекте-биографе
getmatrix (биограф)	Получение матрицы соединения из объекта-биографа
getnasebyid (биограф)	Получить дескрипторы для узлов
getrelatives (биограф)	Найти родственников узла в объекте-биографе
getweightmatrix (биограф)	Получение матрицы соединения с весами из объекта-биографа
isdag (биограф)	Испытание на циклы в биографическом объекте
изоморфизм (биография)	Найти изоморфизм между двумя биографическими объектами
исспантре (биограф)	Определить, является ли дерево, созданное из объекта-биографа, покрывающим деревом
maxflow (биограф)	Рассчитать максимальный поток в объекте-биографе
minspantree (биограф)	Найти минимальное связующее дерево в объекте-биографе
набор (биограф)	Задать свойство объекта-биографа
одномоментная дорожка (биограф)	Решение проблемы кратчайшего пути в объекте-биографе
топоордер (биограф)	Выполнить топологический вид направленного ациклического графа, извлеченного из объекта-биографа
траверс (биограф)	Теодолитный объект-биограф путем следования за соседними узлами
вид (биограф)	Рисование фигуры из объекта-биографа

Ниже приведены методы объекта узла:

getancestors (биограф)	Поиск предков узла в объекте-биографе
getdescendants (биография)	Поиск потомков узла в объекте-биографе
getrelatives (биограф)	Найти родственников узла в объекте-биографе

Сводка по свойствам

Объект-биограф содержит два вида объектов, объекты-узлы и объекты-кромки, которые имеют свои собственные свойства. Список свойств объектов-узлов и объектов-кромок см. в следующих таблицах.

Свойства объекта-биографа

Собственность	Описание
`ID`	Вектор символов для идентификации объекта-биографа. По умолчанию: `''`.
`Label`	Вектор символов для маркировки объекта-биографа. По умолчанию: `''`.
`Description`	Вектор символов, описывающий объект-биограф. По умолчанию: `''`.
`LayoutType`	Символьный вектор, определяющий алгоритм механизма макета. Возможны следующие варианты: `'hierarchical'` (по умолчанию) - использует топологический порядок графика для назначения уровней, а затем упорядочивает узлы сверху вниз, минимизируя при этом пересекающиеся ребра. `'radial'` - использует топологический порядок графика для назначения уровней, а затем упорядочивает узлы изнутри за пределами окружности, минимизируя при этом пересекающиеся ребра. `'equilibrium'` - расчет компоновки путем минимизации энергии в системе динамических пружин.
`EdgeType`	Вектор символов, определяющий способ отображения ребер. Возможны следующие варианты: `'straight'` `'curved'` (по умолчанию) `'segmented'` Примечание Изогнутые или сегментированные кромки возникают только тогда, когда это необходимо, чтобы избежать препятствий для узлов. Объекты-биографы с `LayoutType` равно `'equilibrium'` или `'radial'` невозможно создать изогнутые или сегментированные кромки.
`Scale`	Положительное число после масштабирования координат узла. По умолчанию: `1`.
`LayoutScale`	Положительное число, которое масштабирует размер узлов перед вызовом модуля компоновки. По умолчанию: `1`.
`EdgeTextColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB. По умолчанию: `[0, 0, 0]`, которая определяет черный цвет.
`EdgeFontSize`	Положительное число, устанавливающее размер шрифта кромки в точках. По умолчанию: `8`.
`ShowArrows`	Управление отображением стрелок с ребрами. Варианты: `'on'` (по умолчанию) или `'off'`.
`ArrowSize`	Положительное число, задающее размер стрелок в точках. По умолчанию: `8`.
`ShowWeights`	Управляет отображением текста, указывающего вес краев. Варианты: `'on'` или `'off'` (по умолчанию).
`ShowTextInNodes`	Символьный вектор, определяющий свойство узла, используемое для маркировки узлов при отображении объекта-биографа с помощью `view` способ. Возможны следующие варианты: `'Label'` - Использует `Label` свойство объекта узла (по умолчанию). `'ID'` - Использует `ID` свойства объекта узла. `'None'`
`NodeAutoSize`	Управляет предварительным расчетом размера узла перед вызовом модуля компоновки. Варианты: `'on'` (по умолчанию) или `'off'`. Примечание Установить для него значение `off` если вы хотите применить различные размеры узлов, изменив `Size` собственность.
`NodeCallback`	Пользовательский обратный вызов для всех узлов. Введите имя функции, дескриптор функции или массив ячеек с несколькими дескрипторами функций. После использования `view` для отображения объекта-биографа в средстве просмотра биографов можно дважды щелкнуть узел для активации первого обратного вызова или щелкнуть правой кнопкой мыши и выбрать обратный вызов для активации. По умолчанию используется анонимная функция, `@(node) inspect(node)`, в котором отображается диалоговое окно «Инспектор свойств».
`EdgeCallback`	Пользовательский обратный вызов для всех краев. Введите имя функции, дескриптор функции или массив ячеек с несколькими дескрипторами функций. После использования `view` для отображения объекта-биографа в средстве просмотра биографов можно щелкнуть правой кнопкой мыши и выбрать обратный вызов для активации. По умолчанию используется анонимная функция, `@(edge) inspect(edge)`, в котором отображается диалоговое окно «Инспектор свойств».
`CustomNodeDrawFcn`	Дескриптор функции настраиваемой функции для рисования узлов. По умолчанию: `[]`.
`Nodes`	Вектор столбца только для чтения с дескрипторами для узловых объектов объекта-биографа. Размер вектора - это количество узлов. Свойства узловых объектов см. в разделе Свойства узлового объекта.
`Edges`	Вектор столбца только для чтения с маркерами перемещения к краевым объектам объекта-биографа. Размер вектора - это количество ребер. Свойства объектов-кромок см. в разделе Свойства объекта-кромки.

Свойства объекта узла

Собственность	Описание
`ID`	Вектор символов, определенный при создании объекта-биографа `NodeIDs` входной аргумент или внутренний по `biograph` функция конструктора. Это свойство можно изменить с помощью `set` метод, но каждый объект узла `ID` должен быть уникальным.
`Label`	Символьный вектор для маркировки узла при отображении объекта-биографа с помощью `view` способ. По умолчанию: `''`.
`Description`	Символьный вектор, описывающий узел. По умолчанию: `''`.
`Position`	Двухэлементный числовой вектор `x`- и `y`-координаты, например, `[150, 150]`. Если это свойство не указано, по умолчанию используется значение по умолчанию. `[]`, то при выполнении алгоритмов компоновки он становится двухэлементным числовым вектором `x`- и `y`- координаты, вычисленные механизмом компоновки.
`Shape`	Символьный вектор, определяющий форму узлов. Возможны следующие варианты: `'box'`(по умолчанию) `'ellipse'` `'circle'` `'rect'` или `'rectangle'` `'diamond'` `'trapezium'` `'invtrapezium'` `'house'` `'invhouse'` `'parallelogram'`
`Size`	Двухэлементный числовой вектор, рассчитанный перед вызовом механизма макета с использованием фактического размера шрифта и формы узла. По умолчанию: `[10, 10]`.
`Color`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, указывающий цвет заливки узла. По умолчанию: `[1, 1, 0.7]`, которая определяет желтый цвет.
`LineWidth`	Положительное число. По умолчанию: `1`.
`LineColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, указывающий цвет контура узла. По умолчанию: `[0.3, 0.3, 1]`, которая определяет синий.
`FontSize`	Положительное число, устанавливающее размер шрифта узла в точках. По умолчанию: `8`.
`TextColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, указывающий цвет меток узлов. По умолчанию: `[0, 0, 0]`, которая определяет черный цвет.
`UserData`	Прочие пользовательские данные, которые необходимо связать с узлом. Узел не использует это свойство, но его можно получить доступ и указать с помощью `get` и `set` функции. По умолчанию: `[]`.

Свойства объекта-кромки

Собственность	Описание
`ID`	Вектор символов, автоматически сгенерированный из узла `ID`s при создании объекта-биографа `biograph` функция конструктора. Это свойство можно изменить с помощью `set` метод, но каждый объект ребра `ID` должен быть уникальным.
`Label`	Символьный вектор для маркировки ребра. По умолчанию: `''`.
`Description`	Вектор символов, описывающий край. По умолчанию: `''`.
`Weight`	Значение, представляющее вес (стоимость, расстояние, длину или емкость), связанный с кромкой. По умолчанию: `1`.
`LineWidth`	Положительное число. По умолчанию: `0.5`.
`LineColor`	Трехэлементный числовой вектор значений RGB, указывающий цвет кромки. По умолчанию: `[0.5, 0.5, 0.5]`, которая определяет серый цвет.
`UserData`	Прочие пользовательские данные, которые необходимо связать с кромкой. Ребро не использует это свойство, но его можно получить доступ и указать с помощью `get` и `set` функции. По умолчанию: `[]`.

Примеры

свернуть все

Создание объекта Biograph и определение его свойств

Открыть сценарий в реальном времени

В этом примере показано, как создать объект-биограф, получить доступ к нему и обновить его свойства.

Создайте объект-биограф с пользовательскими идентификаторами узлов.

cm = [0 1 1 0 0;1 0 0 1 1;1 0 0 0 0;0 0 0 0 1;1 0 1 0 0];
ids = {'M30931','L07625','K03454','M27323','M15390'};
bg1 = biograph(cm,ids)

Biograph object with 5 nodes and 9 edges.

Укажите ID свойства объекта.

bg1.ID = 'mybg';

Используйте get для отображения идентификаторов узлов.

get(bg1.nodes,'ID')

ans = 5x1 cell
    {'M30931'}
    {'L07625'}
    {'K03454'}
    {'M27323'}
    {'M15390'}

Отображение всех свойств и их текущих значений 5-го узла и 5-го края объекта.

bg1.nodes(5)

             ID: 'M15390'
          Label: ''
    Description: ''
       Position: []
          Shape: 'box'
           Size: [10 10]
          Color: [1 1 0.7000]
      LineWidth: 1
      LineColor: [0.3000 0.3000 1]
       FontSize: 9
      TextColor: [0 0 0]
       UserData: []

bg1.edges(5)

             ID: 'L07625 -> M15390'
          Label: ''
    Description: ''
         Weight: 1
      LineWidth: 0.5000
      LineColor: [0.5000 0.5000 0.5000]
       UserData: []

Установите LineWidth свойства 5-го узла к 2.

bg1.nodes(5).LineWidth = 2.0;
bg1.nodes(5)

             ID: 'M15390'
          Label: ''
    Description: ''
       Position: []
          Shape: 'box'
           Size: [10 10]
          Color: [1 1 0.7000]
      LineWidth: 2
      LineColor: [0.3000 0.3000 1]
       FontSize: 9
      TextColor: [0 0 0]
       UserData: []

В качестве альтернативы используйте getnodesbyid для создания дескриптора для 5-го узла и установки его Shape свойство «» circle «».

nh1 = getnodesbyid(bg1,'M15390')

             ID: 'M15390'
          Label: ''
    Description: ''
       Position: []
          Shape: 'box'
           Size: [10 10]
          Color: [1 1 0.7000]
      LineWidth: 2
      LineColor: [0.3000 0.3000 1]
       FontSize: 9
      TextColor: [0 0 0]
       UserData: []

nh1.Shape = 'circle';

Укажите LineColor свойство 5-го края.

bg1.edges(5).LineColor = [0.7 0.0 0.1];

В качестве альтернативы используйте getedgesbynodeid для извлечения дескриптора к краю путем предоставления идентификатора исходного узла и идентификатора узла получателя.

eh1 = getedgesbynodeid(bg1,'L07625','M15390')

             ID: 'L07625 -> M15390'
          Label: ''
    Description: ''
         Weight: 1
      LineWidth: 0.5000
      LineColor: [0.7000 0 0.1000]
       UserData: []

Используйте маркер перемещения для указания LineWidth или любые другие свойства кромки.

eh1.LineWidth = 2.0;

Просмотрите объект-биограф.

view(bg1)

Figure Biograph Viewer 1 contains an axes. The axes contains 28 objects of type line, patch, text.

См. также

Представлен в R2006b

Документация