Exponenta Banner
exponenta event banner

getQuality

Получение информации о качестве последовательности из объекта

свернуть все на странице

Синтаксис

quality = getQuality (объект)
subsetQuality = getQuality (объект, подмножество)

Описание

пример

quality = getQuality(object) возвращает последовательность quality информация из BioRead или BioMap объект.

пример

subsetQuality = getQuality(object,subset) возвращает информацию о качестве последовательности subsetQuality только для элементов объекта, указанных subset.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Сохранение считанных данных из файла в формате SAM в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Получение информации о качестве последовательности.

seqQuals = getQuality(br);

Извлеките информацию о качестве последовательности из первого и третьего элементов объекта.

seqQuals2 = getQuality(br,[1 3])
seqQuals2 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Используйте логический вектор для получения той же информации.

seqQuals3 = getQuality(br,[true false true])
seqQuals3 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Для получения качества соответствующей последовательности с этим заголовком можно использовать заголовок. Если несколько последовательностей имеют одинаковый заголовок, функция возвращает информацию о качестве всех этих последовательностей.

Получите информацию о качестве последовательностей с B7_591:4:96:693:509 заголовка.

seqQuals4 = getQuality(br,{'B7_591:4:96:693:509'})
seqQuals4 = 1x1 cell array
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}

Доступ к каждому свойству объекта с помощью точечной нотации.

seqQuals = br.Quality;
seqQuals2   = br.Quality([1 3])
seqQuals2 = 2x1 cell
    {'<<<<<<<<<<<<<<<;<<<<<<<<<5<<<<<;:<;7'}
    {'<<<<<<<<<<<7;71<<;<;;<7;<<3;);3*8/5' }

Входные аргументы

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, указанный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов в объекте, указанное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

При использовании заголовка последовательности (или массива заголовков ячеек) для subset, повторяющийся заголовок указывает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Информация о качестве последовательности, возвращаемая в виде массива ячеек символьных векторов. Каждый символ представляет собой кодированное в ASCII значение логарифмической вероятности неправильной базы.

Информация о качестве последовательности для подмножества элементов объекта, возвращаемая в виде массива ячеек символьных векторов.

См. также

|

Темы

Представлен в R2010a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка