Exponenta Banner
exponenta event banner

getSequence

Извлечение последовательностей из объекта

свернуть все на странице

Синтаксис

seqs = getSequence (объект)
subsetSeqs = getSequence (объект, подмножество)

Описание

пример

seqs = getSequence(object) возвращает нуклеотидные последовательности из BioRead или BioMap объект.

пример

subsetSeqs = getSequence(object,subset) возвращает последовательности subsetSeqs только для элементов объекта, указанных subset.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Сохранение считанных данных из файла в формате SAM в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Извлеките последовательности (чтения) из объекта.

seqs = getSequence(br);

Извлеките последовательности из первого и третьего элементов объекта.

seqs2 = getSequence(br,[1 3])
seqs2 = 2x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Используйте логический вектор для получения той же информации.

seqs3 = getSequence(br,[true false true])
seqs3 = 2x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Для получения соответствующих последовательностей с этим заголовком можно использовать заголовок. Если несколько последовательностей имеют одинаковый заголовок, функция возвращает все эти последовательности.

Получите последовательности с B7_591:4:96:693:509 заголовка.

seqs4 = getSequence(br,{'B7_591:4:96:693:509'})
seqs4 = 1x1 cell array
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}

Доступ к каждому свойству объекта с помощью точечной нотации.

seqs = br.Sequence;
seq2   = br.Sequence([1 3])
seq2 = 2x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }

Входные аргументы

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, указанный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов в объекте, указанное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

При использовании заголовка последовательности (или массива заголовков ячеек) для subset, повторяющийся заголовок указывает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Нуклеотидные последовательности из объекта, возвращенные в виде клеточного массива характерных векторов.

Нуклеотидные последовательности из подмножества элементов объекта, возвращенные в виде клеточного массива символьных векторов.

См. также

|

Темы

Представлен в R2010a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка