Exponenta Banner
exponenta event banner

getSubsequence

Извлечение частичных последовательностей из объекта

свернуть все на странице

Синтаксис

subSeqs = getSubsonderence (объект, подмножество, позиции)

Описание

пример

subSeqs = getSubsequence(object,subset,positions) возвращает частичные последовательности subSeqs для позиций последовательности, указанных positions только из элементов объекта, указанных subset.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Сохранение считанных данных из файла в формате SAM в объекте BioRead. 

br = BioRead('ex1.sam')
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: [1501x1 File indexed property]
    Sequence: [1501x1 File indexed property]
      Header: [1501x1 File indexed property]
       NSeqs: 1501
        Name: ''

Извлеките последовательности (чтения) из объекта.

seqs = getSequence(br);

Извлеките первую, третью и пятую последовательности из объекта.

seqs2 = getSequence(br,[1 3 5])
seqs2 = 3x1 cell
    {'CACTAGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCG'}
    {'AGTGGCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCC' }
    {'GCTCATTGTAAATGTGTGGTTTAACTCGTCCATGG' }

Извлеките первые пять позиций этих последовательностей.

seqs3 = getSubsequence(br,[1 3 5],[1:5])
seqs3 = 3x1 cell
    {'CACTA'}
    {'AGTGG'}
    {'GCTCA'}

Для получения соответствующих последовательностей с этим заголовком можно использовать заголовок. Если несколько последовательностей имеют одинаковый заголовок, функция возвращает все эти последовательности.

Получите первые пять позиций последовательностей с B7_591:4:96:693:509 заголовка.

seqs4 = getSubsequence(br,{'B7_591:4:96:693:509'},[1:5])
seqs4 = 1x1 cell array
    {'CACTA'}

Извлеките первую, четвертую и шестую позиции первых трех последовательностей.

seq5 = getSubsequence(br,[1:3],[1 4 6])
seq5 = 3x1 cell
    {'CTG'}
    {'CGG'}
    {'AGC'}

Входные аргументы

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, указанный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Подмножество элементов в объекте, указанное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

При использовании заголовка последовательности (или массива заголовков ячеек) для subset, повторяющийся заголовок указывает все элементы с этим заголовком.

Позиции последовательности, заданные как вектор положительных целых чисел или логический вектор. Последняя позиция должна находиться в диапазоне позиций для каждой последовательности, указанной в subset.

Пример: [2:10]

Выходные аргументы

свернуть все

Подпоследовательности из подмножества элементов, возвращаемые как массив ячеек символьных векторов.

См. также

|

Темы

Представлен в R2010a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка