Exponenta Banner
exponenta event banner

setSequence

Обновить последовательности чтения

свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setSequence (объект, информация о последовательности)
newObject = setSequence (объект, информация о последовательности, подмножество)

Описание

пример

newObject = setSequence(object,sequenceInfo) возвращает новый объект, являющийся копией object с Sequence свойство имеет значение sequenceInfo.

пример

newObject = setSequence(object,sequenceInfo,subset) возвращает новый объект, являющийся копией object с Sequence свойство подмножества элементов, для которого установлено значение sequenceInfo. Отношение один к одному должно существовать между числом и порядком элементов в sequenceInfo и subset.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Сохранение считанных данных из файла в формате SAM в объекте BioRead. Установить 'InMemory' кому true для загрузки объекта в память, чтобы можно было изменить его свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Проверьте последовательности чтения первых трех элементов объекта.

br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                                                                     }
    {'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'                                                }
    {'CACGAGCGGTATATTTGCCTTTTTGTGCTGTGATTCGATTCTTTTCTCTCCTCCACCCAAGCGAGCTTGCTCACGAAGTGCGATGAGCTCTTTTACTTTTCAAGCTGGTTACTCATTGTATTTTGATTTGTTGTTAGAAATGAACGGATTAATTATTTGTTGCCCGGCATGCA'}

Создание случайных последовательностей для первых трех операций чтения. Используйте randseq для генерации случайных последовательностей с той же длиной, что и исходные последовательности.

sequenceInfo = cell(3,1);
rng('default');
for i = 1:3
    sequenceInfo{i} = randseq(length(br.Quality{i}));
end
sequenceInfo
sequenceInfo = 3x1 cell
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Обновите последовательности первых трех элементов. br2 является копией br с обновленными последовательностями чтения. Если требуется обновить сам объект br, установите его как вывод функции.

br2 = setSequence(br,sequenceInfo,[1:3]);
br2.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Можно также обновить последовательности объекта br непосредственно с помощью точечной нотации.

br.Sequence(1:3) = sequenceInfo;
br.Sequence(1:3)
ans = 3x1 cell
    {'TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAACTCGATCGGTTGAACTC'                                                                                                     }
    {'TATCACGCCTGGTCTTCGAAGTTAGCACATCGAGCGGGCAATATGTACATATTTACCTCTACAATGGATGCGCAAAAACATTCCCTCATCACAATTGAACTAAAGGGCGCGAGACGTATTCCCCG'                                                }
    {'GTTGCTGCTTGGGACCATAAAACCTCATTCACCGCGGAACCCGACTATGCGACTGGACGGCCTATTTACCGAGAGCTGTTCGAAGGCTGGTTGAATACATGGCAGAAGATTGAGGTGTCCTAAACTTACGCGGCCATAACACCTTAGCCGTCTCGGGGGAATAAGTGACCTAT'}

Входные аргументы

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, указанный как BioRead или BioMap объект. Если объект не хранится в памяти, его свойства нельзя изменить, за исключением Name собственность.

Пример: readData

Считывание последовательностей, определенных как клеточный массив символьных векторов или струнных векторов, содержащих нуклеотидные последовательности.

Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAGTACG'}

Подмножество элементов в объекте, указанное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

При использовании заголовка последовательности (или массива заголовков ячеек) для subset, повторяющийся заголовок указывает все элементы с этим заголовком.

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенный как BioRead или BioMap объект.

См. также

|

Темы

Представлен в R2010a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка