Exponenta Banner
exponenta event banner

setSubsequence

Обновить частичные последовательности

свернуть все на странице

Синтаксис

newObject = setSeproundence (объект, подпоследовательности, подмножество, позиции)

Описание

пример

newObject = setSubsequence(object,subsequences,subset,positions) возвращает новый объект, являющийся копией object с частичными последовательностями подмножества элементов, имеющих значение subsequences. positions аргумент указывает позиции последовательности, которые должны быть обновлены subsequences. Отношение один к одному должно существовать между числом и порядком элементов в subsequences и subset.

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Сохранение считанных данных из файла в формате SAM в объекте BioRead. Установить 'InMemory' кому true для загрузки объекта в память, чтобы можно было изменить его свойства.

br = BioRead('SRR005164_1_50.fastq','InMemory',true)
br = 
  BioRead with properties:

     Quality: {50x1 cell}
    Sequence: {50x1 cell}
      Header: {50x1 cell}
       NSeqs: 50
        Name: ''

Предположим, что требуется обновить последовательности первых двух считываний частично (например, первые пять позиций). Сначала проверьте существующие последовательности.

br.Sequence(1:2)
ans = 2x1 cell
    {'TGGCTTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                     }
    {'TTACACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'}

Определите подпоследовательности. Каждая подпоследовательность должна иметь одинаковую длину.

subSequences = {'ATTCG','TACTA'}
subSequences = 1x2 cell
    {'ATTCG'}    {'TACTA'}

Обновите первые пять позиций первых двух считываний. Количество позиций должно быть равно длине каждой подпоследовательности. В этом примере общее количество позиций равно пяти, как и длина каждой подпоследовательности. br2 является копией br с обновленными последовательностями чтения. Если требуется обновить сам объект br, установите его как вывод функции. 

positions   = [1:5];
subset      = [1 2];
br2         = setSubsequence(br,subSequences,subset,positions);
br2.Sequence(1:2)
ans = 2x1 cell
    {'ATTCGTTAAAGCAGAACTTGTGAAAGAAGGAAAGCATTATGATTATCTGGCTAAGCTTAGCATTGTTTAGAA'                                                     }
    {'TACTACTATCCTCTGATTACCAAAGACGTTTCTCGGTCATACAGACAGTCCTTGAGCAAGGGAAGAATTTATTTGCAGGCAAAAAAGTGTCCAACCGTATCGTGAGTATCGACCGGCATTACCTT'}

Входные аргументы

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, указанный как BioRead или BioMap объект. Если объект не хранится в памяти, его свойства нельзя изменить, за исключением Name собственность.

Пример: readData

Последовательности частичного считывания, заданные как массив ячеек символьных векторов или строковых векторов. Каждый символьный вектор или строка (то есть каждая последовательность) должны иметь одинаковую длину.

Пример: {'TGGCTTC','AAAGCAG'}

Подмножество элементов в объекте, указанное как вектор положительных целых чисел, логический вектор, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, содержащих допустимые заголовки последовательностей.

Пример: [1 3]

Совет

При использовании заголовка последовательности (или массива заголовков ячеек) для subset, повторяющийся заголовок указывает все элементы с этим заголовком.

Позиции последовательности, заданные как вектор положительных целых чисел или логический вектор. Количество позиций должно быть равно длине каждого символьного вектора или строки в subsequences.

Пример: [1:5]

Выходные аргументы

свернуть все

Новый объект с обновленными свойствами, возвращенный как BioRead или BioMap объект.

См. также

|

Темы

Представлен в R2010a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка