Exponenta Banner
exponenta event banner

написать

Запись содержимого объекта BioRead или BioMap в файл

свернуть все на странице

Синтаксис

write (объект, fName)
запись (объект, fName, имя, значение)

Описание

пример

write(object,fName) записывает содержимое объекта BioRead или BioMap в файл с именем fName.

пример

write(object,fName,Name,Value) использует дополнительные параметры, заданные одним или несколькими аргументами пары имя-значение. Например, write(object,'data','Format','FASTQ') сохраняет содержимое объекта в файле в формате FASTQ data.fastq.

Примеры

свернуть все

Создать BioRead из файла FASTQ.

BRObj = BioRead('SRR005164_1_50.fastq');

Извлечь первые 10 элементов из BRObj и сохранить их в новом объекте.

subsetBRObj = getSubset(BRObj, [1:10]);

Запись содержимого данных подмножества в файл с именем subsetData.fastq в локальном C привод. По умолчанию файл имеет формат FASTQ, поскольку объект содержит данные о качестве.

write(subsetBRObj, 'C:\subsetData');

Входные аргументы

свернуть все

Объект, содержащий считанные данные, указанный как BioRead или BioMap объект.

Пример: bioreadObj

Имя файла, в котором находится содержимое object записываются, указываются как символьный вектор или строка.

Функция автоматически добавляет расширение файла в зависимости от типа данных, содержащихся в объекте. При предоставлении расширения функция проверяет непротиворечивость между расширением и форматом данных объекта. Перед именем файла можно указать путь к файлу. Если путь отсутствует, функция записывает файл в ту же папку, где находится исходный файл, или в текущую папку, если данные находятся в памяти.

Пример: 'output'

Типы данных: char

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: write(object,'data','Format','FASTQ') сохраняет содержимое объекта в файле в формате FASTQ data.fastq.

Формат файла, заданный как разделенная запятыми пара, состоящая из 'Format' и символьный вектор или строку.

Для BioRead объекты, доступные форматы: 'FASTA' и 'FASTQ'. Формат по умолчанию: 'FASTA' если объект не содержит качеств, то есть Quality пустое свойство. В противном случае по умолчанию используется следующий формат: 'FASTQ'.

Для BioMap объекты, доступные форматы: 'FASTA', 'FASTQ', 'SAM', и 'BAM' (по умолчанию).

Пример: 'Format','FASTA'

Типы данных: char

Логический индикатор для перезаписи существующего файла, указанного как разделенная запятыми пара, состоящая из 'Overwrite' и true или false. Если trueфункция перезаписывает файл и удаляет любой соответствующий индексный файл (*.idx,*.bai,*.linearindex) или упорядоченный файл (*.ordered.bam, *.ordered.sam) это больше не нужно.

Пример: 'Overwrite',true

Типы данных: logical

См. также

|

Темы

Представлен в R2010a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка