blosum

Вернуть матрицу оценки BLOSUM

Синтаксис

Matrix = blosum(Identity) [Matrix, MatrixInfo] = blosum(Identity) ... = blosum(Identity, ...'Extended', ExtendedValue, ...) ... = blosum(Identity, ...'Order', OrderValue, ...)

Входные аргументы

`Identity`	Скаляр, указывающий процентный уровень идентификации. Возможны следующие варианты: Значения из `30` кому `90` с приращениями `5` `62` `100`
`ExtendedValue`	Контролирует перечисление расширенных аминокислотных кодов. Варианты: `true` (по умолчанию) или `false`.
`OrderValue`	Символьный вектор или строка, содержащая легальные аминокислотные символы, которые определяют порядок аминокислот, перечислены в матрице. Длина символьного вектора или строки должна быть `20` или `24`.

Выходные аргументы

`Matrix`	Матрица оценки BLOSUM (матрица замещения блоков) с указанным процентом идентичности.
`MatrixInfo`	Структура информации о `Matrix` содержит следующие поля: `Name` `Scale` `Entropy` `ExpectedScore` `HighestScore` `LowestScore` `Order`

Описание

Matrix = blosum(Identity) возвращает матрицу оценки BLOSUM (Blocks Substitution Matrix) с указанным процентом идентичности. Порядок вывода по умолчанию включает расширенные символы B, Z, X, и *.

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *

[Matrix, MatrixInfo] = blosum(Identity) прибыль MatrixInfo, структура информации о Matrix, матрица BLOSUM. MatrixInfo содержит следующие поля:

Name
Scale
Entropy
ExpectedScore
HighestScore
LowestScore
Order

... = blosum(Identity, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования blosum с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

... = blosum(Identity, ...'Extended', ExtendedValue, ...) контролирует перечисление расширенных аминокислотных кодов. Варианты: true (по умолчанию) или false. Если ExtendedValue является false, возвращает матрицу оценки для стандарта 20 аминокислоты. Порядок вывода при ExtendedValue является false является

A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V

... = blosum(Identity, ...'Order', OrderValue, ...) возвращает матрицу BLOSUM, упорядоченную по OrderValue, символьный вектор или строка, содержащая легальные аминокислотные символы, которые определяют порядок аминокислот, перечислены в матрице. Длина символьного вектора или строки должна быть 20 или 24.

Примеры

свернуть все

Извлечь матрицу оценки BLOSUM

Открыть сценарий в реальном времени

Возвращает матрицу BLOSUM с процентным уровнем идентичности 50.

B50 = blosum(50)

B50 = 24×24

     5    -2    -1    -2    -1    -1    -1     0    -2    -1    -2    -1    -1    -3    -1     1     0    -3    -2     0    -2    -1    -1    -5
    -2     7    -1    -2    -4     1     0    -3     0    -4    -3     3    -2    -3    -3    -1    -1    -3    -1    -3    -1     0    -1    -5
    -1    -1     7     2    -2     0     0     0     1    -3    -4     0    -2    -4    -2     1     0    -4    -2    -3     4     0    -1    -5
    -2    -2     2     8    -4     0     2    -1    -1    -4    -4    -1    -4    -5    -1     0    -1    -5    -3    -4     5     1    -1    -5
    -1    -4    -2    -4    13    -3    -3    -3    -3    -2    -2    -3    -2    -2    -4    -1    -1    -5    -3    -1    -3    -3    -2    -5
    -1     1     0     0    -3     7     2    -2     1    -3    -2     2     0    -4    -1     0    -1    -1    -1    -3     0     4    -1    -5
    -1     0     0     2    -3     2     6    -3     0    -4    -3     1    -2    -3    -1    -1    -1    -3    -2    -3     1     5    -1    -5
     0    -3     0    -1    -3    -2    -3     8    -2    -4    -4    -2    -3    -4    -2     0    -2    -3    -3    -4    -1    -2    -2    -5
    -2     0     1    -1    -3     1     0    -2    10    -4    -3     0    -1    -1    -2    -1    -2    -3     2    -4     0     0    -1    -5
    -1    -4    -3    -4    -2    -3    -4    -4    -4     5     2    -3     2     0    -3    -3    -1    -3    -1     4    -4    -3    -1    -5
      ⋮

Вернуть матрицу BLOSUM с аминокислотами в определенном порядке.

B75 = blosum(75,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')

B75 = 20×20

     9    -1    -1    -4    -1    -3    -3    -4    -5    -3    -4    -4    -4    -2    -1    -2    -1    -2    -3    -3
    -1     5     1    -1     1    -1     0    -1     0     0    -1    -1     0    -2    -3    -3    -2    -3    -2    -3
    -1     1     5    -1     0    -2     0    -1    -1    -1    -2    -1    -1    -1    -1    -2     0    -2    -2    -3
    -4    -1    -1     8    -1    -3    -3    -2    -1    -2    -2    -2    -1    -3    -3    -3    -3    -4    -4    -5
    -1     1     0    -1     4     0    -2    -2    -1    -1    -2    -2    -1    -1    -2    -2     0    -3    -2    -3
    -3    -1    -2    -3     0     6    -1    -2    -3    -2    -2    -3    -2    -3    -5    -4    -4    -4    -4    -3
    -3     0     0    -3    -2    -1     6     1    -1     0     0    -1     0    -3    -4    -4    -3    -4    -3    -4
    -4    -1    -1    -2    -2    -2     1     6     1    -1    -1    -2    -1    -4    -4    -4    -4    -4    -4    -5
    -5     0    -1    -1    -1    -3    -1     1     5     2     0     0     1    -2    -4    -4    -3    -4    -3    -4
    -3     0    -1    -2    -1    -2     0    -1     2     6     1     1     1     0    -3    -3    -2    -4    -2    -2
      ⋮

См. также

Представлен до R2006a

Документация