Матрица оценки принятой мутации точки возврата (PAM)
ScoringMatrix = pam(N)
[ScoringMatrix, MatrixInfo] = pam(N)
... = pam(N, ...'Extended', ExtendedValue, ...)
... = pam(N, ...'Order', OrderValue, ...)
N | Целое число, указывающее возвращаемую матрицу оценки PAM. Варианты: Совет Ввод большего значения для |
ExtendedValue | Управляет возвратом неоднозначных символов ( |
OrderValue | Символьный вектор или строка, контролирующая порядок аминокислот в матрице оценки. Варианты - это символьный вектор или строка с по крайней мере |
ScoringMatrix = pam(N)N бомбардирующая матрица для аминокислотных последовательностей.
[ возвращает структуру с информацией о матрице PAM. Поля в структуре: ScoringMatrix, MatrixInfo] = pam(N)Name, Scale, Entropy, Expected, и Order.
... = pam( требования N, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)pam с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
... = pam( управляет возвратом неоднозначных символов (N, ...'Extended', ExtendedValue, ...)B, Z, и X) и стоп-символ (*), в дополнение к 20 стандартные аминокислотные символы. Варианты: true или false (по умолчанию).
... = pam( контролирует порядок аминокислот в возвращаемой матрице оценки. Варианты - это символьный вектор или строка с по крайней мере N, ...'Order', OrderValue, ...)20 стандартные аминокислоты. Порядок вывода по умолчанию: A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X *. Если OrderValue не содержит расширенных символов B, Z, X, и *, то эти символы не возвращаются.
PAM50 матрица замещения в 1/2 разрядные единицы, ожидаемый балл = -3.70, Энтропия = 2.00 биты, наименьший балл = -13, Наивысший балл = 13.
PAM250 матрица замещения в 1/3 разрядные единицы, ожидаемый балл = -0.844, Энтропия = 0.354 биты, наименьший балл = -8, Наивысший балл = 17.
Возвращает матрицу PAM50.
PAM50 = pam(50)
Верните PAM250 матрицу и укажите порядок аминокислот в матрице.
PAM250 = pam(250,'Order','CSTPAGNDEQHRKMILVFYW')