Exponenta Banner
exponenta event banner

BWAIndexOptions

Набор опций для bwaindex

развернуть все на странице

Описание

A BWAIndexOptions содержит параметры для bwaindex , которая создает индексы из [1][2] ссылочной последовательности.

Создание

Синтаксис

bwaindexOpt = BWAIndexOptions
bwaindexOpt = BWAIndexOptions (имя, значение)
bwaindexOpt = BWAIndexOptions (S)

Описание

пример

bwaindexOpt = BWAIndexOptions создает BWAIndexOptions со значениями свойств по умолчанию.

BWAIndexOptions требуется пакет поддержки BWA для Toolbox™ биоинформатики. Если пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

BWAIndexOptions поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

пример

bwaindexOpt = BWAIndexOptions(Name,Value) задает свойства объекта, используя один или несколько аргументов пары имя-значение. Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, bwaindexOpt = BWAIndexOptions('Prefix','dmel_chr4') задает префикс для индексных файлов.

bwaindexOpt = BWAIndexOptions(S) задание дополнительных параметров с использованием вектора строки или символа S.

Входные аргументы

развернуть все

bwa index параметры, заданные как символьный вектор или строка. S должно быть в bwa index собственный синтаксис (префикс с помощью тире).

Пример: '-a bwtsw -b 5000000'

Свойства

развернуть все

Алгоритм построения индекса BWT (преобразование Бэрроуза-Уилера), заданного как символьный вектор или строка. Возможны следующие варианты:

  • 'is' - Алгоритм линейного времени. Объем памяти, необходимый для использования этого параметра, в 5,37 раза превышает размер базы данных. Этот параметр нельзя использовать, если размер базы данных превышает 2 ГБ.

  • 'bwtsw' - алгоритм BWT-SW.

Алгоритм по умолчанию выбирается автоматически на основе размера эталонного генома.

Типы данных: char | string

Количество баз, обработанных за партию в bwtsw алгоритм, заданный как положительный скаляр.

Типы данных: double

Дополнительные команды, определяемые как символьный вектор или строка.

Команды должны иметь собственный синтаксис (префикс одного или двух тире). Эта опция используется для применения флагов и флагов без документов без соответствующих свойств MATLAB ®.

Когда программа преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, она сохраняет все нераспознанные флаги в этом свойстве.

Пример: '-6'

Типы данных: char | string

Флажок для включения всех доступных опций с соответствующими значениями по умолчанию во время преобразования в исходный синтаксис опций, указанный как true или false.

Исходный (собственный) синтаксис префиксируется одним или двумя тире. По умолчанию функция преобразует только указанные опции. Если значение равно true, программа преобразует все доступные опции со значениями по умолчанию для неуказанных опций в исходный синтаксис.

Примечание

Если установить IncludeAll кому true, программа преобразует все доступные свойства со значениями по умолчанию для неопределенных свойств. Единственным исключением является то, что если значением по умолчанию свойства является NaN, Inf, [], '', или "", то программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Типы данных: logical

Префикс для выходных файлов индекса, заданный как символьный вектор или строка. Можно указать только префикс или путь к файлу и префикс. Значение по умолчанию совпадает с именем входного файла FASTA.

Пример: 'D:/ngs/GRCh38_p12'

Типы данных: char | string

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия оригинала bwa программное обеспечение, возвращенное в виде строки.

Пример: "0.7.17"

Типы данных: string

Функции объекта

getCommandПреобразовать свойства объекта в исходный синтаксис параметров
getOptionsTableВозвращать таблицу со всеми свойствами и эквивалентными параметрами в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

В этом примере требуется пакет поддержки BWA для Toolbox™ биоинформатики. Если пакет поддержки не установлен, программа предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Создайте набор индексных файлов для генома дрозофилы. В этом примере используется ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa, с набором инструментов. 'Prefix' позволяет определить префикс выходных индексных файлов. Можно также включить информацию о пути к файлу. Для этого примера определите префикс как Dmel_chr4 и сохраните индексные файлы в текущей папке.

bwaindex('Dmel_chr4.fa','Prefix','./Dmel_chr4');

В качестве альтернативы указанию аргументов пары «имя-значение» можно использовать BWAIndexOptions для задания параметров индексирования.

indexOpt = BWAIndexOptions;
indexOpt.Prefix = './Dmel_chr4';
indexOpt.Algorithm = 'bwtsw';
bwaindex('Dmel_chr4.fa',indexOpt);

Как только индексные файлы будут готовы, сопоставьте считанные последовательности со ссылкой с помощью bwamem. На панели инструментов уже имеются два входных файла для чтения. С помощью аргументов пары «имя-значение» можно задать различные параметры выравнивания, например, количество параллельных потоков.

bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam','NumThreads',4);

Кроме того, можно использовать BWAMEMoptions для задания параметров трассы.

alignOpt = BWAMEMOptions;
alignOpt.NumThreads = 4;
bwamem('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam',alignOpt)

Ссылки

[1] Ли, Хенг и Ричард Дурбин. «Быстрое и точное короткое выравнивание чтения с преобразованием Burrows-Wheeler». Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754-60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.

[2] Ли, Хенг и Ричард Дурбин. «Быстрое и точное длинночитаемое выравнивание с преобразованием Бэрроуз-Уилер». Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589-95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.

См. также

Темы

Представлен в R2020b

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка