Биоинформатика Toolbox™ предоставляет пакеты поддержки для различных рабочих процессов и анализов секвенирования следующего поколения. Чтобы сделать пакет поддержки доступным в командной строке MATLAB ®, необходимо сначала установить его.
Чтобы установить пакет поддержки, выполните следующие действия.
В разделе «Среда» панели инструментов MATLAB выберите «Надстройки» > «Получить надстройки».
В обозревателе надстроек выполните поиск пакета поддержки, который требуется установить, введя его имя.
Установите пакет поддержки.
Дополнительные сведения об установке надстроек см. в разделе Получение надстроек и управление ими. Другие сведения см. в разделе Надстройки.
В следующей таблице перечислены все пакеты поддержки панели инструментов биоинформатики, доступные для загрузки в виде надстроек.
Имя пакета поддержки | Версия † | Соответствующие функции MATLAB | Поддерживаемые ОС |
|---|---|---|---|
Интерфейс панели инструментов биоинформатики для Bowtie Aligner [1] |
| Mac и UNIX ® | |
Пакет поддержки заплечиков для панели инструментов биоинформатики [2] |
|
| Mac и UNIX |
Пакет поддержки BWA для инструментария биоинформатики [3][4] |
| Mac и UNIX |
† Версия оригинального (стороннего) программного обеспечения
[1] Лэнгмед, Бен и Стивен Зальцберг. «Быстрое согласование чтения с Bowtie 2». Методы природопользования 9, № 4 (апрель 2012 года): 357-59. https://doi.org/10.1038/nmeth.1923.
[2] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертеа, Али Мортазави, Гордон Кван, Марике Дж. ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пэхтер. «Сборка и количественная оценка транскриптов с помощью РНК-Seq выявляет необъявленные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010 года): 511-15.
[3] Ли, Хенг и Ричард Дурбин. «Быстрое и точное длинночитаемое выравнивание с преобразованием Бэрроуз-Уилер». Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589-95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.
[4] Ли, Хенг и Ричард Дурбин. «Быстрое и точное короткое выравнивание чтения с преобразованием Burrows-Wheeler». Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754-60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.