exponenta event banner

getCommand

Преобразовать свойства объекта в исходный синтаксис параметров

Описание

пример

S = getCommand(optionsObject) возвращает строку S представление измененных свойств в optionsObject переведено в исходный синтаксис (с префиксом одного или двух тире). По умолчанию функция преобразует только измененные свойства.

Примечание

Если установить IncludeAll кому true, программа преобразует все доступные свойства со значениями по умолчанию для неопределенных свойств. Единственным исключением является то, что если значением по умолчанию свойства является NaN, Inf, [], '', или "", то программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Примеры

свернуть все

Создать CufflinksOptions объект.

Примечание

getCommand также работает с другими объектами опций. Полный список объектов см. в разделе Параметры объекта.

opt = CufflinksOptions;

Измените свойства объекта. В этом примере укажите минимальный средний охват для обрезки 3 'и измените начальное число для генератора случайных чисел Cufflinks.

opt.TrimCoverageThreshold = 5;
opt.Seed = 1;

Извлеките параметры, переведенные в исходный синтаксис.

s = getCommand(opt)
ans =

    "--seed -2.3 --trim-3-avgcov-thresh 5"

Входные аргументы

свернуть все

Выходные аргументы

свернуть все

Параметры в исходном синтаксисе, возвращаемые в виде строки.

Ссылки

[1] Трапнелл, К., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортазави, Г. Кван, Дж. ван Барен, С. Зальцберг, Б. Уолд и Л. Пахтер. 2010. Сборка транскриптов и количественное определение с помощью РНК-Seq выявляет неаннотированные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток. Биотехнология природы. 28:511–515.

[2] Ли, Хенг и Ричард Дурбин. «Быстрое и точное короткое выравнивание чтения с преобразованием Burrows-Wheeler». Биоинформатика 25, № 14 (15 июля 2009): 1754-60. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.

[3] Ли, Хенг и Ричард Дурбин. «Быстрое и точное длинночитаемое выравнивание с преобразованием Бэрроуз-Уилер». Биоинформатика 26, № 5 (1 марта 2010): 589-95. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698.

Представлен в R2019a