Частота отображения изменений числа копий ДНК в нескольких образцах
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...)
CGHData | Данные сравнительной геномной гибридизации (aCGH) на основе массива в любой из следующих форм:
|
ThresholdValue | Положительный скаляр или вектор, задающий порог усиления/потерь. Клон считается усилением, если его отношение log2 выше
По умолчанию: |
GroupValue | Указывает группы образцов для вычисления частоты. Возможны следующие варианты:
По умолчанию - это одна группа всех выборок в |
SubgrpValue | Управляет анализом проб по подгруппам. Варианты: true (по умолчанию) или false. |
SubplotValue | Управляет отображением всех графиков в одном окне фигуры при анализе нескольких подгрупп. Варианты: true (по умолчанию) или false (отображает графики в отдельных окнах). |
CutoffValue | Скалярный или двухэлементный числовой вектор, задающий отсечение, который управляет выводом на печать только клонов с частотным усилением или потерями, большими или равными CutoffValue. Если двухэлементный вектор, первый элемент является отсечкой для коэффициентов усиления, а второй элемент - для потерь. По умолчанию: 0. |
ChromosomeValue | Единственное число хромосом или вектор чисел хромосом, которые определяют хромосомы, для которых отображают графики частоты. По умолчанию все хромосомы в CGHData. |
IncludeXValue | Контролирует включение X-хромосомы в анализ. Варианты: true (по умолчанию) или false. |
IncludeYValue | Контролирует включение Y-хромосомы в анализ. Варианты: true или false (по умолчанию). |
ChrominfoValue | Информация о цитогенетической связке, указанная одним из следующих:
По умолчанию используется информация о цитогенетических полосах Homo sapiens из браузера генома UCSC, NCBI Build 36.1 ( |
ShowCentrValue | Управление отображением положений центромер в виде вертикальных пунктирных линий на графике частоты. Варианты: Совет Положения центромер получены из |
ColorValue | Цветовая схема для вертикальных линий на графике, указывающая частоту выигрышей и потерь, заданную одним из следующих параметров:
Цветовая схема по умолчанию - это диапазон цветов от чисто зеленого (коэффициент усиления = 1) до желтого (0) и чистого красного (потеря = -1). |
YLimValue | Двухэлементный вектор, задающий минимальное и максимальное значения на вертикальной оси. По умолчанию: [1, -1]. |
TitlesValue | Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, указывающих названия групп, которые добавляются к вершинам графика (графиков). |
FreqStruct | Структура, содержащая частотные данные в следующих полях:
Совет Эту структуру вывода можно использовать в качестве входных данных для |
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData)
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'PropertyName', PropertyValue, ...)cghfreqplot с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:
определяет порог прибылей/убытков. Клон считается усилением, если его отношение log2 выше FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Threshold', ThresholdValue, ...)ThresholdValueи потери, если его отношение log2 ниже отрицательного ThresholdValue.
ThresholdValue применяется следующим образом:
Если положительный скаляр, это порог усиления и потерь для всех выборок.
Если двухэлементный вектор, первый элемент является порогом усиления для всех выборок, а второй элемент является порогом потерь для всех выборок.
Если вектор той же длины, что и число выборок, каждый элемент в векторе рассматривается как уникальный порог усиления и потерь для каждой выборки.
По умолчанию: 0.25.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Group', GroupValue, ...)
Вектор индексов выборочных столбцов (для данных только с одной группой). Выборки, указанные в векторе, считаются группой.
Клеточный массив векторов индексов выборочных столбцов (для данных, разделенных на несколько групп). Каждый элемент в массиве ячеек считается группой.
По умолчанию - это одна группа всех выборок в CGHData.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subgrp', SubgrpValue, ...)true (по умолчанию) или false.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Subplot', SubplotValue, ...)true (по умолчанию) или false (отображает графики в отдельных окнах).
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Cutoff', CutoffValue, ...)CutoffValue. CutoffValue является скалярным или двухэлементным числовым вектором. Если двухэлементный числовой вектор, первый элемент является отсечением для коэффициентов усиления, а второй элемент - для потерь. По умолчанию: 0.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chromosome', ChromosomeValue, ...)ChromosomeValue, которое может быть единственным числом хромосом или вектором чисел хромосом. По умолчанию все хромосомы в CGHData.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeX', IncludeXValue, ...)true (по умолчанию) или false.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'IncludeY', IncludeYValue, ...)true или false (по умолчанию).
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Chrominfo', ChrominfoValue, ...)ChrominfoValue может быть одним из следующих
Структура, возвращенная cytobandread функция
Символьный вектор или строка, указывающая имя файла текстового файла идеограммы NCBI или текстового файла цитобанда браузера генома UCSC
По умолчанию используется информация о цитогенетических полосах Homo sapiens из браузера генома UCSC, NCBI Build 36.1 (https://genome.UCSC.edu).
Совет
Файлы, содержащие цитогенетические данные G-banding, можно загрузить с ftp-сайта NCBI или UCSC Genome Browser. Например, можно загрузить данные цитогенетического связывания для Homo sapiens из:
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'ShowCentr', ShowCentrValue, ...)true (по умолчанию) или false.
Совет
Положения центромер получены из ChrominfoValue.
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Color', ColorValue, ...)
Имя или дескриптор функции, возвращающей карту цветов.
M-by-3 матрица, содержащая значения RGB. Если M равно 1, то этот единственный цвет используется для всех выигрышей и потерь. Если M равно 2 или более, то первая строка используется для коэффициентов усиления, вторая строка используется для потерь, а остальные строки игнорируются. Например, [0 1 0;1 0 0] указывает зеленый цвет для усиления и красный цвет для потерь.
Цветовая схема по умолчанию - это диапазон цветов от чисто зеленого (коэффициент усиления = 1) до желтого (0) и чистого красного (потеря = -1).
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'YLim', YLimValue, ...)YLimValue - двухэлементный вектор, задающий минимальное и максимальное значения на вертикальной оси. По умолчанию: [1, -1].
FreqStruct = cghfreqplot(CGHData, ...'Titles', TitlesValue, ...)TitlesValue может быть символьным вектором, строковым вектором или массивом ячеек символьных векторов.
Данные графика исследования клеточной линии Coriell
Загрузить данные CGH (aCGH) на основе массива из исследования клеточной линии Кориелла (Snijders, A. et al., 2001).
load coriell_baccghОтображение графика частоты изменений номера копии для всех выборок.
Struct = cghfreqplot(coriell_data);
Просмотрите советы по данным, хромосомам и центромерам. Сначала нажмите кнопку «Курсор данных» на панели инструментов, затем щелкните черную линию границы хромосомы или пунктирную линию центромеры на графике. Чтобы удалить эту подсказку, щелкните ее правой кнопкой мыши и выберите Удалить текущую информацию.
Отобразите цветовую полосу, указывающую степень выигрыша или потери, нажав кнопку «Вставить цветовую панель» на панели инструментов.
Данные графика исследования рака поджелудочной железы
Загрузить данные aCGH из исследования рака поджелудочной железы (Aguirre, A. et al., 2004).
load pancrea_oligocghОтображение графика частоты изменений количества копий во всех образцах с использованием зеленой и красной цветовой схемы.
cghfreqplot(pancrea_data, 'Color', [0 1 0; 1 0 0])
Печать групп данных aCGH
Определите две группы данных.
grp1 = strncmp('PA.C', pancrea_data.Sample,4); grp1_ind = find(grp1); grp2 = strncmp('PA.T', pancrea_data.Sample,4); grp2_ind = find(grp2);
Отображение графика частоты изменений числа копий для всех выборок в двух группах и ограничение графика только клонами с частотным усилением или потерями, превышающими или равными 0,25.
SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', {grp1_ind, grp2_ind},... 'Title', {'CL', 'PT'}, 'Cutoff', 0.25);
Отображение графика частоты изменений числа копий для всех образцов в первой группе и ограничение графика только хромосомой 4.
SP = cghfreqplot(pancrea_data, 'Group', grp1_ind, ... 'Title', 'CL Group on Chr 4', 'Chromosome', 4);
Используйте chromosomeplot функции с помощью 'addtoplot' возможность добавления идеограммы хромосомы 4 для Homo sapiens к этому частотному графику. Поскольку график частотных данных из исследования рака поджелудочной железы находится в кб, используйте 'Unit' для преобразования данных идеограммы в единицы КБ.
chromosomeplot('hs_cytoBand.txt', 4, 'addtoplot', gca, 'Unit', 2);
[1] Снайдерс, А.М., Новак, Н., Сегрейвс, Р., Блэквуд, С., Браун, Н., Конрой, Дж., Гамильтон, Г., Хиндл, А.К., Хьюи, Б., Кимура, К., Ло, С., Мямбо, К., Палмер, Дж. Грей, Джей У., Джейн, А.Н., Пинкел, Д. и Альбертсон, Д.Г. (2001). Сборка микрочипов для измерения числа копий ДНК по всему геному. Генетика природы 29, 263-264.
[2] Агирре, А.Дж., Бреннан, К., Бейли, Г., Синха, Р., Фэн, Б., Лео, К., Чжан, Я., Чжан, Дж., Ганс, Дж. Д., Бардизи, Н., Коувелс, К., Кордон-Кардо, К., Редстон, М. С., ДеПиньо, Р.А., и Чин, Л. (2004). Характеристика высокого разрешения генома аденокарциномы поджелудочной железы. ПНАС 101, 24, 9067-9072.