Exponenta Banner
exponenta event banner

CuffCompareOptions

Набор опций для cuffcompare

развернуть все на странице

Описание

A CuffCompareOptions объект задает параметры для cuffcompare функция, которая сравнивает собранные транскрипты в нескольких экспериментах [1].

Создание

Синтаксис

cuffcompareOpt = CuffCompeyOptions
cuffcompareOpt = CuffCompeyOptions (имя, значение)
cuffcompareOpt = CuffCompeyOptions (S)

Описание

пример

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions создает CuffCompareOptions со значениями свойств по умолчанию.

CuffCompareOptions требуется пакет поддержки «Запонки» для Toolbox™ биоинформатики. Если пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

CuffCompareOptions поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions(Name,Value) задает свойства объекта, используя один или несколько аргументов пары имя-значение. Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, cuffcompareOpt = CuffCompareOptions('SupressMapFiles',true) предотвращает создание .tmap и .refmap файлы.

cuffcompareOpt = CuffCompareOptions(S) указывает необязательные параметры с использованием вектора строки или символа S.

Входные аргументы

развернуть все

cuffcompare параметры, заданные как строковый или символьный вектор. S должен быть в оригинале cuffcompare синтаксис опции (префикс одним или двумя тире).

Пример: '-d 100 -e 80'

Свойства

развернуть все

Префикс для имен консенсусных стенограмм в выходных данных combined.gtf , указанный как строковый или символьный вектор. Этот параметр должен быть строковым или символьным вектором с ненулевой длиной.

Пример: "consensusTs"

Типы данных: char | string

Флаг для игнорирования интрон-избыточных трансфрагов, если они имеют одинаковые 5 '-концы, но разные 3' -концы, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Флаг для отбрасывания одноэкзонных трансфрагов и эталонных транскриптов, указанных как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Флаг для отбрасывания одноэкзональных опорных транскриптов, указанный как true или false.

Пример: true

Типы данных: logical

Команды должны иметь собственный синтаксис (префикс одного или двух тире). Эта опция используется для применения флагов и флагов без документов без соответствующих свойств MATLAB ®.

Когда программа преобразует исходные флаги в свойства MATLAB, она сохраняет все нераспознанные флаги в этом свойстве.

Пример: "--library-type fr-secondstrand"

Типы данных: char | string

Имя текстового файла, содержащего список обрабатываемых GTF-файлов, указанный как строковый или символьный вектор. Файл должен содержать один путь к файлу GTF на строку. Этот параметр можно использовать в качестве альтернативы передаче массива имен файлов cuffcompare.

Пример: "gtfManifestFile.txt"

Типы данных: char | string

Флаг для обработки входных GTF-файлов как GFF-файлов, указанный как true или false. Используйте эту опцию, когда входные файлы GFF или GTF не создаются cufflinks.

Пример: true

Типы данных: logical

Флажок для включения всех свойств объекта с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций, указанный как true или false. Свойства можно преобразовать в исходный синтаксис с помощью одного или двух тире (например, '-d 100 -e 80') с помощью getCommand. Значение по умолчанию false означает, что при звонке getCommand(optionsObject), он преобразует только указанные свойства. Если значение равно true, getCommand преобразует все доступные свойства с значениями по умолчанию для неопределенных свойств в исходный синтаксис.

Примечание

Если установить IncludeAll кому true, программа преобразует все доступные свойства со значениями по умолчанию для неопределенных свойств. Единственным исключением является то, что если значением по умолчанию свойства является NaN, Inf, [], '', или "", то программное обеспечение не переводит соответствующее свойство.

Пример: true

Типы данных: logical

Флаг для включения в выходные данные трансфрагов, содержащихся в других трансфрагах в том же локусе combined.gtf, указано как true или false. По умолчанию cuffcompare не включает эти содержащиеся трансфраги. Если значение равно true, содержащиеся трансфраги включают в себя contained_in атрибут, указывающий первую найденную передачу контейнера.

Пример: true

Типы данных: logical

Число оснований из свободных концов концевых экзонов для использования при оценке точности экзонов, указанных как положительное целое число.

Пример: 80

Типы данных: double

Число оснований, используемых для группировки начальных сайтов транскриптов, указанных как положительное целое число.

Пример: 90

Типы данных: double

Префикс для cuffcompare выходные файлы, указанные как строковый или символьный вектор. Этот параметр должен быть строковым или символьным вектором с ненулевой длиной.

Пример: "cuffcompareOut"

Типы данных: char | string

Имя файла GTF или GFF, содержащего ссылочные транскрипты для сравнения с каждым образцом, указанным как строковый или символьный вектор. При предоставлении файла функция сравнивает каждый образец со ссылками в файле и помечает изоформы как overlapping, matching, или novel. Функция сохраняет эти теги в выходных файлах. .refmap и .tmap файлы.

Пример: "references.gtf"

Типы данных: char | string

Имя каталога, содержащего последовательности FASTA для классификации входных транскриптов как повторов, заданного как строковый или символьный вектор. Каталог должен содержать файлы формата FASTA с основными геномными последовательностями и один файл FASTA для каждой ссылки. Назовите каждый файл FASTA после хромосомы с расширением .fa или .fasta.

Пример: "./SequenceDirectory/"

Типы данных: char | string

Флаг для учета только опорных транскриптов, которые перекрываются с любым из входных трансфрагов, указанных как true или false. Если значение равно true:

  • Функция игнорирует любые опорные транскрипты, которые не перекрываются ни с одной из входных трансфраг.

  • Необходимо также указать ReferenceGTF вариант.

Пример: true

Типы данных: logical

Флаг для учета только входных транскриптов, которые перекрываются с любым из опорных транскриптов, указанных как true или false. Если значение равно true:

  • Функция игнорирует любые входные транскрипты, которые не перекрываются ни с одним из эталонных транскриптов, и не сообщает о новых локусах.

  • Необходимо также указать ReferenceGTF вариант.

Пример: true

Типы данных: logical

Флаг для предотвращения создания .tmap и .refmap файлы, указанные как true или false. Задайте значение true для предотвращения генерации файлов функцией.

Пример: true

Типы данных: logical

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия программного обеспечения оригинальных запонок, возвращаемая в виде строки.

Пример: "2.2.1"

Типы данных: string

Функции объекта

getCommandПреобразовать свойства объекта в исходный синтаксис параметров
getOptionsTableВозвращать таблицу со всеми свойствами и эквивалентными параметрами в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Создать CuffCompareOptions со значениями по умолчанию.

opt = CuffCompareOptions;

Создайте объект, используя пары имя-значение.

opt2 = CuffCompareOptions('GenericGFF',true,'MaxAccuracyRange',80)

Создайте объект с использованием исходного синтаксиса.

opt3 = CuffCompareOptions('-d 100 -e 80')

Создать CufflinksOptions объект для определения параметров cfflinks, таких как количество параллельных потоков и папка вывода для хранения результатов.

cflOpt = CufflinksOptions;
cflOpt.NumThreads = 8;
cflOpt.OutputDirectory = "./cufflinksOut";

Файлы SAM, представленные в этом примере, содержат выровненные чтения для Mycoplasma pneumoniae из двух образцов с тремя репликациями каждый. Считывание моделируется 100 bp для двух генов (gyrA и gyrB) расположены рядом друг с другом на геноме. Все операции чтения сортируются по ссылочному положению, как требуется cufflinks.

sams = ["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam",...
        "Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"];

Соберите транскриптом из выровненных считываний.

[gtfs,isofpkm,genes,skipped] = cufflinks(sams,cflOpt);

gtfs - список GTF-файлов, содержащих собранные изоформы.

Сравнение собранных изоформ с помощью cuffcompare.

stats = cuffcompare(gtfs);

Объединить собранные стенограммы с помощью cuffmerge.

mergedGTF = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput');

mergedGTF сообщает только одну стенограмму. Это потому, что два интересующих гена расположены рядом друг с другом, и cuffmerge не может различить два различных гена. Вести cuffmerge, использовать эталонный GTF (gyrAB.gtf), содержащий информацию об этих двух генах. Если файл находится не в том же каталоге, в котором выполняется cuffmerge из, необходимо также указать путь к файлу.

gyrAB = which('gyrAB.gtf');
mergedGTF2 = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput2',...
			'ReferenceGTF',gyrAB);

Рассчитайте плотность (уровни выражений) на основе выровненных чтений для каждого образца.

abundances1 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
                        'OutputDirectory','./cuffquantOutput1');
abundances2 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"],...
                        'OutputDirectory','./cuffquantOutput2');

Оцените значимость изменений в экспрессии генов и транскриптов между состояниями, выполнив дифференциальное тестирование с использованием cuffdiff. cuffdiff функция работает в два отдельных шага: функция сначала оценивает изобилие из выровненных считываний, а затем выполняет статистический анализ. В некоторых случаях (например, распределение вычислительной нагрузки между несколькими работниками) выполнение этих двух шагов по отдельности является желательным. После выполнения первого шага с cuffquant, затем можно использовать двоичный выходной файл CXB в качестве входных данных для cuffdiff для выполнения статистического анализа. Поскольку cuffdiff возвращает несколько файлов, укажите рекомендуемый выходной каталог.

isoformDiff = cuffdiff(mergedGTF2,[abundances1,abundances2],...
                      'OutputDirectory','./cuffdiffOutput');

Отображение таблицы, содержащей результаты теста дифференциальной экспрессии для двух генов gyrB и gyrA.

readtable(isoformDiff,'FileType','text')
ans =

  2×14 table

        test_id            gene_id        gene              locus             sample_1    sample_2    status     value_1       value_2      log2_fold_change_    test_stat    p_value    q_value    significant
    ________________    _____________    ______    _______________________    ________    ________    ______    __________    __________    _________________    _________    _______    _______    ___________

    'TCONS_00000001'    'XLOC_000001'    'gyrB'    'NC_000912.1:2868-7340'      'q1'        'q2'       'OK'     1.0913e+05    4.2228e+05          1.9522           7.8886      5e-05      5e-05        'yes'   
    'TCONS_00000002'    'XLOC_000001'    'gyrA'    'NC_000912.1:2868-7340'      'q1'        'q2'       'OK'     3.5158e+05    1.1546e+05         -1.6064          -7.3811      5e-05      5e-05        'yes'

Вы можете использовать cuffnorm для создания нормализованных таблиц выражений для дальнейшего анализа. cuffnorm результаты полезны, когда у вас есть много образцов, и вы хотите сгруппировать их или построить график уровней экспрессии для генов, которые важны в вашем исследовании. Обратите внимание, что невозможно выполнить дифференциальный анализ выражений с помощью cuffnorm.

Укажите массив ячеек, где каждый элемент является строковым вектором, содержащим имена файлов для одного образца с репликациями.

alignmentFiles = {["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
                  ["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"]}
isoformNorm = cuffnorm(mergedGTF2, alignmentFiles,...
                      'OutputDirectory', './cuffnormOutput');

Отображение таблицы, содержащей нормализованные уровни выражений для каждого транскрипта.

readtable(isoformNorm,'FileType','text')
ans =

  2×7 table

      tracking_id          q1_0          q1_2          q1_1          q2_1          q2_0          q2_2   
    ________________    __________    __________    __________    __________    __________    __________

    'TCONS_00000001'    1.0913e+05         78628    1.2132e+05    4.3639e+05    4.2228e+05    4.2814e+05
    'TCONS_00000002'    3.5158e+05    3.7458e+05    3.4238e+05    1.0483e+05    1.1546e+05    1.1105e+05

Имена столбцов, начинающиеся с q, имеют формат conditionX_N, указывающий, что столбец содержит значения для репликации N условия X.

Ссылки

[1] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертеа, Али Мортазави, Гордон Кван, Марике Дж. ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пэхтер. «Сборка и количественная оценка транскриптов с помощью РНК-Seq выявляет необъявленные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010 года): 511-15.

См. также

|

Темы

Внешние веб-сайты

Представлен в R2019a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка