getancestors

Класс: geneont

Найти термины, которые являются предками указанного термина генной онтологии (GO)

Синтаксис

AncestorIDs = getancestors(GeneontObj, ID) [AncestorIDs, Counts] = getancestors(GeneontObj, ID) ... = getancestors(..., 'Height', HeightValue, ...) ... = getancestors(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getancestors(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

AncestorIDs = getancestors(GeneontObj, ID) поиски GeneontObj, объект geneont, для терминов GO, которые являются предками терминов GO, указанных ID, который является идентификатором термина GO или вектором идентификаторов. Возвращается AncestorIDsвектор идентификаторов терминов GO, включающий ID. ID - неотрицательное целое число или вектор, содержащий неотрицательные целые числа.

[AncestorIDs, Counts] = getancestors(GeneontObj, ID) также возвращает число найденных предков. Counts - вектор столбца с тем же количеством элементов, что и члены в GeneontObj.

Совет

Counts возвращаемое значение полезно, когда вы подсчитываете количество в исследованиях по обогащению генов. Дополнительные сведения см. в разделе Обогащение генной онтологии в данных микрочипов.

... = getancestors(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования getancestors с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

... = getancestors(..., 'Height', HeightValue, ...) выполняет поиск по указанному количеству уровней, HeightValue, в генной онтологии. HeightValue является положительным целым числом. По умолчанию: Inf.

... = getancestors(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиск указанных типов отношений, RelationtypeValue, в генной онтологии. RelationtypeValue - символьный вектор. Варианты: 'is_a', 'part_of', или 'both' (по умолчанию).

... = getancestors(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) элементы управления, исключая ID, исходный запрашиваемый термин (ы), из выходных данныхAncestorIDs, если только термин не был достигнут во время поиска в генной онтологии. Варианты: true или false (по умолчанию).

Входные аргументы

`GeneontObj`	Генеонтный объект, например, созданный `geneont` функция конструктора.
`ID`	Идентификатор термина GO или вектор идентификаторов.
`HeightValue`	Положительное целое число, указывающее количество уровней для поиска вверх в генной онтологии.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, указывающий типы отношений для поиска в генной онтологии. Возможны следующие варианты: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (по умолчанию)
`ExcludeValue`	Элементы управления, исключая `ID`, исходный запрашиваемый термин (ы), из выходных данных`AncestorIDs`, если только термин не был достигнут во время поиска в генной онтологии. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

`AncestorIDs`	Вектор идентификаторов терминов GO, включая `ID`.
`Counts`	Вектор столбца с тем же количеством элементов, что и члены в `GeneontObj`, указывая количество находок каждого предка.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество терминов в базе данных.
```
Gene Ontology object with 24316 Terms.
```

Получить предков термина генной онтологии с идентификатором 46680.

ancestors = getancestors(GO,46680)

ancestors =
        8150
        9636
       17085
       42221
       46680
       50896

Создание подчиненной генной онтологии.
```
subontology = GO(ancestors)

Gene Ontology object with 6 Terms.
```

Создайте и отобразите отчет о зависимых терминах генной онтологии, который включает идентификатор и имя GO.

rpt = get(subontology.terms,{'id','name'})

    [ 8150]    'biological_process'
    [ 9636]    'response to toxin' 
    [17085]             [1x23 char]
    [42221]             [1x29 char]
    [46680]    'response to DDT'   
    [50896]             [1x20 char]

Просмотр отношений подчиненной онтологии генов с помощью getmatrix метод создания матрицы соединений для передачи в biograph функция.
```
cm = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
view(BG)
```

См. также

goannotread | num2goid | term

Документация