goannotread

Чтение аннотаций из аннотированного файла Gene Ontology

Синтаксис

Annotation = goannotread(File) Annotation = goannotread(File, ...'Fields', FieldsValue, ...) Annotation = goannotread(File, ...'Aspect', AspectValue, ...)

Входные аргументы

File

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла файла формата GAF.

FieldsValue

Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одно или несколько полей для чтения из аннотированного файла Gene Ontology. По умолчанию считываются все поля. Допустимые поля перечислены ниже.

AspectValue

Вектор или строка символа, указывающая один или несколько символов. Допустимыми аспектами являются:

P - Биологический процесс
F - Молекулярная функция
C - Сотовый компонент

По умолчанию: 'CFP', которая определяет чтение всех аспектов.

Выходные аргументы

Annotation Массив структур MATLAB ®, содержащий аннотации из файла с аннотациями Gene Ontology.

Описание

Примечание

goannotread поддерживает форматы файлов GAF 1.0 и 2.0.

Annotation = goannotread(File) преобразует содержимое File, аннотированный файл Gene Ontology, в Annotation, массив структур. Файлы должны иметь структуру, указанную консорциумом Gene Ontology, доступную по адресу:

http://www.geneontology.org/

Annotation = goannotread(File, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования goannotread с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

Annotation = goannotread(File, ...'Fields', FieldsValue, ...) указывает поля для чтения из аннотированного файла Gene Ontology. FieldsValue - символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одно или несколько полей. По умолчанию считываются все поля. Допустимые поля:

Database
DB_Object_ID
DB_Object_Symbol
Qualifier
GOid
DBReference
Evidence
WithFrom
Aspect
DB_Object_Name
Synonym
DB_Object_Type
Taxon
Date
Assigned_by

Annotation = goannotread(File, ...'Aspect', AspectValue, ...) указывает аспекты для чтения из аннотированного файла Gene Ontology. AspectValue - символьный вектор или строка, задающая один или несколько символов. Допустимыми аспектами являются:

P - Биологический процесс
F - Молекулярная функция
C - Сотовый компонент

По умолчанию: 'CFP', которая определяет чтение всех аспектов.

Примеры

свернуть все

Чтение аннотаций из аннотированного файла генной онтологии

Скачать gene_association.sgd.gz, файл, содержащий GO аннотации к генным продуктам Saccharomyces cerevisiae, от сайта дрожжевого генома до текущей папки MATLAB.
Распакуйте файл с помощью gunzip функция.
```
gunzip('gene_association.sgd.gz')
```

Загрузите файл.

SGDGenes = goannotread('gene_association.sgd');

Создание структуры с помощью GO аннотации и отображение списка первых пяти генов.
```
S = struct2cell(SGDGenes);
genes = S(3,1:5)'
```
```
genes = 

    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '15S_RRNA'
    '21S_RRNA'
```
Можно ограничить аннотации генами, связанными с молекулярной функцией (F) и к полям для символа гена и связанного ID, то есть DB_Object_Symbol и GOid.
```
sgdSelect = goannotread('gene_association.sgd','Aspect','F','Fields',{'DB_Object_Symbol','GOid'})
```
```
sgdSelect = 

  30701×1 struct array with fields:

    DB_Object_Symbol
    GOid
```
Создайте список генов и связанных терминов GO.
```
selectGenes = {sgdSelect.DB_Object_Symbol};
selectGO = [sgdSelect.GOid];
```

См. также

Представлен до R2006a

Документация