geneont

Класс: geneont

Создание объекта geneont и объектов терминов

Синтаксис

GeneontObj = geneont GeneontObj = geneont('File', FileValue) GeneontObj = geneont('Live', LiveValue) GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue)

Описание

GeneontObj = geneont создает GeneontObj, генеонтный объект, из gene_ontology.obo в текущей папке MATLAB ®. Он также создает несколько объектов-терминов, по одному для каждого термина в объекте geneont.

GeneontObj = geneont('File', FileValue) создает GeneontObj, генеонтный объект, из FileValue, вектор символов, указывающий имя файла открытой биомедицинской онтологии (OBO), который находится в пути поиска MATLAB.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue) управляет созданием GeneontObj, объект geneont, из текущей версии базы данных Gene Ontology.

Варианты: true или false (по умолчанию).

Примечание

Полная база данных Gene Ontology может занять несколько минут при запуске этой функции с помощью 'Live' собственность.

GeneontObj = geneont('Live', LiveValue, 'ToFile', ToFileValue), когда LiveValue является true, создает GeneontObj, объект geneont из последней версии базы данных Gene Ontology и сохраняет содержимое этого файла в ToFileValue, вектор символов, указывающий имя файла или путь и имя файла.

Входные аргументы

`FileValue`	Вектор символов, указывающий имя файла в формате OBO, который находится в пути поиска MATLAB.
`LiveValue`	Управляет созданием самого современного объекта geneont. Войти `true` создать `GeneontObj`, объект geneont, из самой последней версии базы данных Gene Ontology. По умолчанию: `false`.
`ToFileValue`	Вектор символов, указывающий имя файла или путь и имя файла для сохранения содержимого текущей версии базы данных Gene Ontology.

Выходные аргументы

GeneontObj Объект MATLAB, содержащий информацию о онтологии генов.

Примеры

развернуть все

Создание объекта генной онтологии и изучение условий GO

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont.

GeneontObj = geneont('LIVE', true)

Отображается количество объектов терминов, связанных с объектом geneont.

Gene Ontology object with 47386 Terms.

Отображение информации об объекте geneont.

get(GeneontObj)

default_namespace: 'gene_ontology'
                    format_version: '1.2'
                      data_version: 'releases/2019-04-17'
                           version: ''
                              date: ''
                          saved_by: ''
                 auto_generated_by: ''
                         subsetdef: {15×1 cell}
                            import: ''
                    synonymtypedef: 'systematic_synonym "Systematic synonym" EXACT'
                           idspace: ''
    default_relationship_id_prefix: ''
                        id_mapping: ''
                            remark: 'Includes Ontology(OntologyID(OntologyIRI(<http://purl.obolibrary.org/obo/go/never_in_taxon.owl>))) [Axioms: 18 Logical Axioms: 0]'
                           typeref: ''
                  unrecognized_tag: {'ontology'  'go'}
                             Terms: [47386×1 geneont.term]

Поиск всех терминов GO в объекте geneont, содержащих символьный вектор ribosome на местах nameи используйте geneont.terms для создания массива структуры MATLAB объектов-терминов, содержащих эти термины.

comparison = regexpi(get(GeneontObj.terms,'name'),'ribosome');
indices = find(~cellfun('isempty',comparison));
terms_with_ribosmome = GeneontObj.terms(indices)

  33×1 struct array with fields:

    id
    name
    ontology
    definition
    comment
    synonym
    is_a
    part_of
    obsolete

Примечание

Хотя terms свойство представляет собой вектор столбца с дескрипторами для объектов-терминов, в окне команд MATLAB он отображается как массив структуры с одной структурой для каждого члена GO в объекте geneont.

См. также

geneont.terms | goannotread | num2goid | term

Документация