getdescendants

Класс: geneont

Найти термины, которые являются потомками указанного термина генной онтологии (GO)

Синтаксис

DescendantIDs = getdescendants(GeneontObj, ID) [DescendantIDs, Counts] = getdescendants(GeneontObj, ID) ... = getdescendants(..., 'Depth', DepthValue, ...) ... = getdescendants(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getdescendants(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

DescendantIDs = getdescendants(GeneontObj, ID) поиски GeneontObj, объект geneont, для терминов GO, которые являются потомками терминов GO, указанных ID, который является идентификатором термина GO или вектором идентификаторов. Возвращается DescendantIDsвектор идентификаторов терминов GO, включающий ID. ID - неотрицательное целое число или вектор, содержащий неотрицательные целые числа.

[DescendantIDs, Counts] = getdescendants(GeneontObj, ID) также возвращает число находок каждого потомка. Counts - вектор столбца с тем же количеством элементов, что и члены в GeneontObj.

Совет

Counts возвращаемое значение полезно, когда вы подсчитываете количество в исследованиях по обогащению генов. Дополнительные сведения см. в разделе Обогащение генной онтологии в данных микрочипов.

... = getdescendants(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования getdescendants с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

... = getdescendants(..., 'Depth', DepthValue, ...) выполняет поиск по указанному количеству уровней, DepthValue, в генной онтологии. DepthValue является положительным целым числом. По умолчанию: Inf.

... = getdescendants(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиск указанных типов отношений, RelationtypeValue, в генной онтологии. RelationtypeValue - символьный вектор. Варианты: 'is_a', 'part_of', или 'both' (по умолчанию).

... = getdescendants(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) элементы управления, исключая ID, исходный запрашиваемый термин (ы), из выходных данныхDescendantIDs, если только термин не был найден во время поиска в генной онтологии. Варианты: true или false (по умолчанию).

Входные аргументы

`GeneontObj`	Генеонтный объект, например, созданный `geneont` функция конструктора.
`ID`	Идентификатор термина GO или вектор идентификаторов.
`DepthValue`	Положительное целое число, указывающее количество уровней для поиска вниз в генной онтологии.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, указывающий типы отношений для поиска в генной онтологии. Возможны следующие варианты: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (по умолчанию)
`ExcludeValue`	Элементы управления, исключая `ID`, исходный запрашиваемый термин (ы), из выходных данных`DescendantIDs`, если только термин не был достигнут во время поиска в генной онтологии. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

`DescendantIDs`	Вектор идентификаторов терминов GO, включая `ID`.
`Counts`	Вектор столбца с тем же количеством элементов, что и члены в `GeneontObj`, указывая количество находок каждого потомка.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество терминов в базе данных.
```
Gene Ontology object with 27827 Terms.
```

Получение потомков термина GO «aldo-keto reductase activity» с идентификатором GO 4033.

descendants = getdescendants(GO,4033)

descendants =

        4032
        4033
        8106
       32018
       32866
       32867
       46568
       50112
       50236

Создание подчиненной генной онтологии.
```
subontology = GO(descendants)

Gene Ontology object with 9 Terms.
```

Создайте и отобразите отчет о зависимых терминах генной онтологии, который включает идентификатор и имя GO.

rpt = [num2goid(cell2mat(get(subontology.terms,'id')))...
       get(subontology.terms,'name')]';
disp(sprintf('%s --> %s \n',rpt{:}))

GO:0004032 --> aldehyde reductase activity 
GO:0004033 --> aldo-keto reductase activity 
GO:0008106 --> alcohol dehydrogenase (NADP+) activity 
GO:0032018 --> 2-methylbutanal reductase activity 
GO:0032866 --> xylose reductase activity 
GO:0032867 --> arabinose reductase activity 
GO:0046568 --> 3-methylbutanal reductase activity 
GO:0050112 --> inositol 2-dehydrogenase activity 
GO:0050236 --> pyridoxine 4-dehydrogenase activity

Просмотр отношений подчиненной онтологии генов с помощью getmatrix метод создания матрицы соединений для передачи в biograph функция.
```
cm = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm,rpt(1,:));
view(BG)
```

См. также

goannotread | num2goid | term

Документация