Класс: geneont
Преобразовать объект geneont в матрицу взаимосвязей
[Matrix, ID, Relationship] = getmatrix(GeneontObj)
[ преобразует объект geneont, Matrix, ID, Relationship] = getmatrix(GeneontObj)GeneontObj, в Matrix, матрица значений отношений между узлами (индексы строк и столбцов), в которой 0 указывает на отсутствие связи, 1 указывает отношение «is_a», и 2 указывает отношение «part_of». ID является вектором-столбцом, перечисляющим идентификаторы генной онтологии, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix. Relationship является массивом ячеек символьных векторов, определяющих типы отношений.
GeneontObj | Генеонтный объект, например, созданный geneont функция конструктора. |
Matrix | Матрица значений отношений между узлами (индексы строк и столбцов), в которой 0 указывает на отсутствие связи, 1 указывает отношение «is_a», и 2 указывает отношение «part_of». |
ID | Вектор столбца, перечисляющий идентификаторы генной онтологии, которые соответствуют строкам и столбцам Matrix. |
Relationship | Массив ячеек символьных векторов, определяющих типы отношений. |
Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.
GO = geneont('LIVE',true) Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество терминов в базе данных.
Gene Ontology object with 27595 Terms.
Преобразовать этот генеонтный объект в матрицу взаимосвязей.
[MATRIX, ID, REL] = getmatrix(GO);
goannotread | num2goid | term