getrelatives

Класс: geneont

Найти термины, которые являются родственниками указанного термина генной онтологии (GO)

Синтаксис

RelativeIDs = getrelatives(GeneontObj, ID) [RelativeIDs, Counts] = getrelatives(GeneontObj, ID) ... = getrelatives(..., 'Height', HeightValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Depth', DepthValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Levels', LevelsValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) ... = getrelatives(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...)

Описание

RelativeIDs = getrelatives(GeneontObj, ID) поиски GeneontObj, объект geneont, для терминов GO, которые являются родственниками терминов GO, указанных ID, который является идентификатором термина GO или вектором идентификаторов. Возвращается RelativeIDsвектор идентификаторов терминов GO, включающий ID. ID - неотрицательное целое число или вектор, содержащий неотрицательные целые числа.

[RelativeIDs, Counts] = getrelatives(GeneontObj, ID) также возвращает число находок каждого родственника. Counts - вектор столбца с тем же количеством элементов, что и члены в GeneontObj.

Совет

Counts возвращаемое значение полезно, когда вы подсчитываете количество в исследованиях по обогащению генов. Дополнительные сведения см. в разделе Обогащение генной онтологии в данных микрочипов.

... = getrelatives(..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) требования getrelatives с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

... = getrelatives(..., 'Height', HeightValue, ...) выполняет поиск по указанному количеству уровней, HeightValue, в генной онтологии. HeightValue является положительным целым числом. По умолчанию: 1.

... = getrelatives(..., 'Depth', DepthValue, ...) выполняет поиск по указанному количеству уровней, DepthValue, в генной онтологии. DepthValue является положительным целым числом. По умолчанию: 1.

... = getrelatives(..., 'Levels', LevelsValue, ...) поиск вверх и вниз через заданное количество уровней, LevelsValue, в генной онтологии. LevelsValue является положительным целым числом. Если указано, оно переопределяет HeightValue и DepthValue.

... = getrelatives(..., 'Relationtype', RelationtypeValue, ...) поиск указанных типов отношений, RelationtypeValue, в генной онтологии. RelationtypeValue - символьный вектор. Варианты: 'is_a', 'part_of', или 'both' (по умолчанию).

... = getrelatives(..., 'Exclude', ExcludeValue, ...) элементы управления, исключая ID, исходный запрашиваемый термин (ы), из выходных данныхRelativeIDs, если только не был найден термин во время поиска в генной онтологии. Варианты: true или false (по умолчанию).

Входные аргументы

`GeneontObj`	Генеонтный объект, например, созданный `geneont` функция конструктора.
`ID`	Идентификатор термина GO или вектор идентификаторов.
`HeightValue`	Положительное целое число, указывающее количество уровней для поиска вверх в генной онтологии.
`DepthValue`	Положительное целое число, указывающее количество уровней для поиска вниз в генной онтологии.
`LevelsValue`	Положительное целое число, указывающее количество уровней вверх и вниз для поиска в генной онтологии. Если указано, оно переопределяет `HeightValue` и `DepthValue`.
`RelationtypeValue`	Вектор символов, указывающий типы отношений для поиска в генной онтологии. Возможны следующие варианты: `'is_a'` `'part_of'` `'both'` (по умолчанию)
`ExcludeValue`	Элементы управления, исключая `ID`, исходный запрашиваемый термин (ы), из выходных данных`RelativeIDs`, если только термин не был достигнут во время поиска в генной онтологии. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

`RelativeIDs`	Вектор идентификаторов терминов GO, включая `ID`.
`Counts`	Вектор столбца с тем же количеством элементов, что и члены в `GeneontObj`, указывающее количество обнаружений каждого родственника.

Примеры

Загрузите текущую версию базы данных Gene Ontology из Интернета в объект geneont в программном обеспечении MATLAB ®.
```
GO = geneont('LIVE', true)
```
Программное обеспечение MATLAB создает объект geneont и отображает количество терминов в базе данных.
```
Gene Ontology object with 27769 Terms.
```
Извлеките ближайших родственников для термина GO митохондриальной мембраны с идентификатором GO 31966.
```
relatives = getrelatives(GO,31966,'levels',1)

relatives =

        5741
        5743
       31090
       31966
       44429
```
Создание подчиненной генной онтологии.
```
subontology = GO(relatives)

Gene Ontology object with 5 Terms.
```

Создайте отчет о зависимых терминах генной онтологии, который включает идентификатор и имя GO.

rpt = get(subontology.terms,{'id','name'})

rpt = 

    [ 5741]             [1x28 char]
    [ 5743]             [1x28 char]
    [31090]    'organelle membrane'
    [31966]             [1x22 char]
    [44429]    'mitochondrial part'

Просмотр отношений подчиненной онтологии генов с помощью getmatrix метод создания матрицы соединений для передачи в biograph функция и окрашивать термин GO митохондриальной мембраны в красный цвет.
```
[cm acc rels] = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
BG.nodes(acc==31966).Color = [1 0 0];
view(BG)
```
Извлеките всех родственников для термина GO внешней мембраны митохондрий с идентификатором 5741.
```
relatives = getrelatives(GO,5741,'levels',inf);
```
Создание подчиненной генной онтологии.
```
subontology = GO(relatives)

Gene Ontology object with 13 Terms.
```
Просмотр отношений подчиненной онтологии генов с помощью getmatrix метод создания матрицы соединений для передачи в biograph функция и методы, и цвет митохондриальной внешней мембраны GO означает красный.
```
[cm acc rels] = getmatrix(subontology);
BG = biograph(cm, get(subontology.terms, 'name'));
BG.nodes(acc==5741).Color = [1 0 0];
view(BG)
```

См. также

goannotread | num2goid | term

Документация