Класс: BioIndexedFile
Извлечение записей из исходного файла, связанного с объектом BioIndexedFile, с помощью числового индекса
Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices)
Entries = getEntryByIndex(BioIFobj, Indices)BioIFobj, объект BioIndexedFile. Извлекает и объединяет записи, указанные в Indices, числовой вектор положительных целых чисел. Возвращается Entries, символьный вектор конкатенированных элементов. Значение каждого элемента в Indices должно быть меньше или равно количеству записей в исходном файле. Существует взаимосвязь «один к одному» между числом и порядком элементов в Indices и выходные данные Entries, даже если Indices имеет повторяющиеся записи.
|
Объект |
|
Числовой вектор положительных целых чисел. Значение каждого элемента должно быть меньше или равно количеству записей в исходном файле, связанном с |
|
Символьный вектор конкатенированных записей, извлеченных из исходного файла, связанного с |
Построить объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами генной онтологии (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Возвращает первую, третью и пятую записи из исходного файла:
% Access 1st, 3rd, and 5th entries subset_entries = getEntryByIndex(gene2goObj, [1 3 5]);
Этот метод используется для визуализации и просмотра подмножества записей в исходном файле в целях проверки.