Класс: BioIndexedFile
Извлечение записей из исходного файла, связанного с объектом BioIndexedFile, с помощью буквенно-цифрового ключа
Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key)
Entries = getEntryByKey(BioIFobj, Key)BioIFobj, объект BioIndexedFile. Извлекает и объединяет записи, указанные в Key, символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одну или более буквенно-цифровых клавиш. Возвращается Entries, символьный вектор конкатенированных элементов. Если ключи в исходном файле не уникальны, он возвращает все записи, соответствующие указанному ключу, все в позиции ключа в Key массив ячеек. Если ключи в исходном файле уникальны, существует взаимосвязь «один к одному» между количеством и порядком элементов в Key и выходные данные Entries.
|
Объект |
|
Символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько ключей в исходном файле, связанном с |
|
Символьный вектор конкатенированных записей, извлеченных из исходного файла, связанного с |
Построить объект BioIndexedFile для доступа к таблице, содержащей перекрестные ссылки между именами генов и терминами генной онтологии (GO):
% Create variable containing full absolute path of source file
sourcefile = which('yeastgenes.sgd');
% Create a BioIndexedFile object from the source file. Indicate
% the source file is a tab-delimited file where contiguous rows
% with the same key are considered a single entry. Store the
% index file in the Current Folder. Indicate that keys are
% located in column 3 and that header lines are prefaced with !
gene2goObj = BioIndexedFile('mrtab', sourcefile, '.', ...
'KeyColumn', 3, 'HeaderPrefix','!')Возвращает записи из исходного файла, указанные в AAC1 и AAD10 ключей:
% Access entries that have the keys AAC1 and AAD10
subset_entries = getEntryByKey(gene2goObj, {'AAC1' 'AAD10'});
Этот метод используется для визуализации и просмотра подмножества записей в исходном файле в целях проверки.