Получение данных формата Omnibus (GEO) для экспрессии генов
GEOData = getgeodata(AccessionNumber)
getgeodata(AccessionNumber, 'ToFile', ToFileValue)
GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue)
AccessionNumber | Вектор символов, указывающий уникальный идентификатор для записи образца GEO (GSM), набора данных (GDS), платформы (GPL) или серии (GSE) в базе данных GEO. Невозможно получить данные секвенирования следующего поколения с помощью этой функции. Совет
|
ToFileValue | Вектор символов, указывающий имя файла или путь и имя файла для сохранения данных. Если указано только имя файла, он будет сохранен в текущей папке MATLAB. |
TimeOutValue | Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь. |
GEOData | Структура MATLAB содержит информацию для записи GEO, извлеченной из базы данных GEO. |
GEOData = getgeodata(AccessionNumber)
| Область | Описание |
|---|---|
Scope | Тип извлекаемых данных (SAMPLE, DATASET, PLATFORM или SERIES) |
Accession | Регистрационный номер для записи в базе данных ГЭП. |
Header | Информация об эксперименте с микрочипами. |
ColumnDescriptions | Массив ячеек, содержащий описания столбцов в данных. |
ColumnNames | Массив ячеек, содержащий имена столбцов в данных. |
Data | Массив, содержащий данные микрочипов. |
Identifier(только файлы GDS) | Массив ячеек, содержащий идентификаторы зондов. |
IDRef(только файлы GDS) | Массив ячеек, содержащий индексы для зондов. |
Примечание
В настоящее время getgeodata поддерживает записи Sample (GSM), Data Set (GDS), Platform (GPL) и Series (GSE).
getgeodata( сохраняет данные, возвращенные из базы данных, в файл. AccessionNumber, 'ToFile', ToFileValue)
Примечание
Вы можете прочитать файл в формате GEO SOFT обратно в программное обеспечение MATLAB с помощью geosoftread функция. Вы можете прочитать файл в формате GEO SERIES обратно в программное обеспечение MATLAB с помощью geoseriesread функция.
Дополнительные сведения см. в разделе
GEOData = getgeodata(AccessionNumber,'TimeOut',TimeOutValue)
geoStruct = getgeodata('GSM1768')