geosoftread

Данные формата Read Gene Expression Omnibus (GEO) SOFT

Синтаксис

GEOSOFTData = geosoftread(File) GEOSOFTData = geosoftread(File,'TimeOut',TimeOutValue)

Входные аргументы

File

Одно из следующих действий:

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Файл, на который имеется ссылка, является файлом формата GSM, GDS или GPL. Если указано только имя файла, этот файл должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке MATLAB.
Символьный массив или вектор столбца строк, содержащий текст файла формата GEO SOFT.

Совет

Вы можете использовать getgeodata функции с помощью 'ToFile' для извлечения данных формата GEO SOFT из базы данных GEO и создания файла формата GEO SOFT.

TimeOutValue Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь.

Выходные аргументы

GEOSOFTData Структура MATLAB содержит информацию из файла формата GEO SOFT.

Описание

GEOSOFTData = geosoftread(File) считывает файл образца (GSM), файл набора данных (GDS) или файл платформы (GPL) формата Gene Expression Omnibus (GEO) SOFT, а затем создает структуру MATLAB, GEOSOFTData, со следующими полями.

Области	Описание
`Scope`	Тип файла для чтения (SAMPLE, DATASET или PLATFORM)
`Accession`	Регистрационный номер для записи в базе данных ГЭП.
`Header`	Информация об эксперименте с микрочипами.
`ColumnDescriptions`	Массив ячеек, содержащий описания столбцов в данных.
`ColumnNames`	Массив ячеек, содержащий имена столбцов в данных.
`Data`	Массив, содержащий данные микрочипов.
`Identifier`(только файлы GDS)	Массив ячеек, содержащий идентификаторы зондов.
`IDRef`(только файлы GDS)	Массив ячеек, содержащий индексы для зондов.

Примечание

В настоящее время geosoftread поддерживает записи Sample (GSM), Data Set (GDS) и Platform (GPL).

GEOSOFTData = geosoftread(File,'TimeOut',TimeOutValue) задает время ожидания подключения (в секундах) для чтения данных из удаленного файла или URL-адреса.

Примеры

Извлеките данные GSM с веб-сайта GEO и сохраните их в файле.

geodata = getgeodata('GSM3258','ToFile','GSM3258.txt');

Использовать geosoftread считывание локальной копии файла GSM вместо доступа к ней с веб-сайта GEO.

geodata = geosoftread('GSM3258.txt')

geodata = 

                 Scope: 'SAMPLE'
             Accession: 'GSM3258'
                Header: [1x1 struct]
    ColumnDescriptions: {6x1 cell}
           ColumnNames: {6x1 cell}
                  Data: {5355x6 cell}

Прочитайте файл GDS для фотосинтеза в протеобактериях.

gdsdata = geosoftread('GDS329.soft')

gdsdata = 

                 Scope: 'DATASET'
             Accession: 'GDS329'
                Header: [1x1 struct]
    ColumnDescriptions: {6x1 cell}
           ColumnNames: {6x1 cell}
                 IDRef: {5355x1 cell}
            Identifier: {5355x1 cell}
                  Data: [5355x6 double]

См. также

Представлен до R2006a

Документация