geoseriesread

Считывание данных формата серии GSE (Omnibus (GEO))

Синтаксис

GEOData = geoseriesread(File) GEOData = geoseriesread(File,'TimeOut',TimeOutValue)

Входные аргументы

File

Одно из следующих действий:

Символьный вектор или строка, указывающая имя файла, путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Указанный файл является файлом формата GSE (Gene Expression Omnibus (GEO) Series). Если указано только имя файла, он должен находиться в пути поиска MATLAB ® или в текущей папке MATLAB.
Символьный массив или вектор столбца строк, содержащий текст файла формата серии GEO (GSE).

Совет

Вы можете использовать getgeodata функции с помощью 'ToFile' свойство для извлечения данных формата серии GEO (GSE) из базы данных GEO и создания файла формата серии GEO (GSE).

TimeOutValue Время ожидания подключения в секундах, указанное как положительный скаляр. Значение по умолчанию - 5. Подробнее см. здесь.

Выходные аргументы

GEOData

Структура MATLAB содержит следующие поля:

Header - текст заголовка из файла формата серии GEO (GSE), обычно содержащий описание данных или информацию эксперимента.
Data - объект DataMatrix, содержащий данные из файла формата серии GEO (GSE). Столбцы и строки объекта DataMatrix соответствуют идентификаторам образцов и ссылочным идентификаторам соответственно из файла формата серии GEO (GSE).

Описание

GEOData = geoseriesread(File) считывает файл формата серии GSE, а затем создает структуру MATLAB, GEOData, со следующими полями.

Области	Описание
`Header`	Текст заголовка из файла формата серии GEO (GSE), обычно содержащий описание данных или информацию эксперимента.
`Data`	Объект DataMatrix, содержащий данные из файла формата серии GEO (GSE). Столбцы и строки объекта DataMatrix соответствуют идентификаторам образцов и ссылочным идентификаторам соответственно из файла формата серии GEO (GSE).

GEOData = geoseriesread(File,'TimeOut',TimeOutValue) задает время ожидания подключения (в секундах) для чтения данных из удаленного файла или URL-адреса.

Примеры

Извлеките данные серии (GSE) с веб-сайта GEO и сохраните их в файле.
```
geodata = getgeodata('GSE11287','ToFile','GSE11287.txt');
```
В следующем сеансе MATLAB можно получить доступ к данным серии (GSE) из локального файла, а не извлекать их с веб-сайта GEO.
```
geodata = geoseriesread('GSE11287.txt')

geodata = 

    Header: [1x1 struct]
      Data: [45101x6 bioma.data.DataMatrix]
```
Доступ к идентификаторам образцов с помощью colnames свойства объекта DataMatrix.
```
sampleIDs = geodata.Data.colnames

sampleIDs = 

  'GSM284935'  'GSM284936'  'GSM284937'  'GSM284938'  'GSM284939'  'GSM284940'
```

См. также

Темы

Объект DataMatrix

Представлен в R2008b

Документация